Анализа на асоцијација на ниво на геном
Работен тек
Предности на услугата
●Широка експертиза и евиденција за објавување: со акумулирано искуство во GWAS, BMKGene има завршено стотици проекти за видови во истражувањето на популацијата GWAS, им помогна на истражувачите да објават повеќе од 100 статии, а кумулативниот фактор на влијание достигна 500.
● Сеопфатна биоинформатичка анализа: работниот тек вклучува анализа на асоцијација на особини на SNP, доставувајќи сет на кандидатски гени и нивна соодветна функционална прибелешка.
●Високо квалификуван тим за биоинформатика и краток циклус на анализа: со големо искуство во напредна геномска анализа, тимот на BMKGene обезбедува сеопфатни анализи со брзо време на пресврт.
●Поддршка по продажбата:Нашата посветеност се протега надвор од завршувањето на проектот со 3-месечен период на услуга по продажбата. Во ова време, нудиме следење на проектот, помош за решавање проблеми и сесии за прашања и одговори за да одговориме на какви било прашања поврзани со резултатите.
Спецификации и барања за услуги
| Вид на секвенционирање | Препорачана скала на население | Стратегија за секвенционирање | Барања за нуклеотиди |
| Секвенционирање на целиот геном | 200 примероци | 10x | Концентрација: ≥ 1 ng/µL Вкупна количина≥ 30ng Ограничена или без деградација или контаминација |
| Специфичен-локус засилен фрагмент (SLAF) | Длабочина на ознаката: 10x Број на ознаки: < 400 Mb: се препорачува WGS < 1Gb: 100K ознаки 1 GB > 2Gb: 300K ознаки Максимум 500 илјади ознаки | Концентрација ≥ 5 ng/µL Вкупна количина ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280=1,6-2,5 Агарозен гел: нема или ограничена деградација или контаминација
|
Избор на материјал
Различни сорти, подвидови, локални раси/банки на гени/мешани семејства/диви ресурси
Различни сорти, подвидови, предели
Семејство со полу-сиб/семејство со полно-сиб/диви ресурси
Тек на услужна работа
Дизајн на експеримент
Испорака на примероци
Екстракција на РНК
Изградба на библиотека
Секвенционирање
Анализа на податоци
Услуги по продажба
Ја вклучува следната анализа:
- Анализа на асоцијација на ниво на геном: LM, LMM, EMMAX, FASTLMM модел
- Функционална прибелешка на кандидатските гени
Анализа на асоцијација на особини на SNP – заплет на Менхетен
Анализа на асоцијација на SNP-trait – QQ заплет
Истражете ги достигнувањата олеснети од услугите на BMKGene de GWAS преку курирана колекција на публикации:
Lv, L. et al. (2023) „Увид во генетската основа на толеранција на амонијак кај жилет Sinonovacula constricta со студија за асоцијација на геном“,Аквакултура, 569, стр. 739351. дои: 10.1016/Ј.АКВАКУЛТУРА.2023 година.739351.
Ли, X. и сор. (2022) „Мулти-омските анализи на 398 пристапи на просо од лисичка опашка откриваат геномски региони поврзани со припитомување, особини на метаболити и антиинфламаторни ефекти“,Молекуларно растение, 15 (8), стр. 1367–1383. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Ли, Ј. и сор. (2022) „Мапирање на асоцијација на ниво на геном на едвај фенотипови без кора во суша средина“,Граници во науката за растенијата, 13, стр. 924892. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.
Жао, X. и сор. (2021) „GmST1, кој шифрира сулфотрансфераза, дава отпорност на видовите на вирусот на мозаик од соја G2 и G3“,Растенија, клетка и животна средина, 44 (8), стр. 2777-2792. doi: 10.1111/PCE.14066.
