Собрание за геном на габични геноми
BMKgene нуди разноврсни решенија за габични геноми, угостителство за различни истражувачки потреби и посакувана комплетност на геномот. Користењето само со кратко читање на илумина секвенционирање само овозможува генерирање на нацрт геном. Секвенционирање на кратки читања и долго читање со употреба на нанопор или Pacbio се комбинираат за повеќе рафиниран габичен геном со подолги контексти. Покрај тоа, интегрирањето на hi-c секвенционирањето дополнително ги подобрува можностите, овозможувајќи постигнување на целосен геном на ниво на хромозом.
Карактеристики на услугите
Со три можни опции за избор во зависност од посакуваниот степен на комплетност на геномот:
Option Нацрт опција за геном: Секвенционирање на кратки читања со Illumina novaseq PE150.
Option Опција за габичен фино геном:
Анкета за геном: Илумина Новасек PE150.
Собрание на геном: Pacbio Revio (Hifi чита) или Nanopore Prometthion 48.
● габичен геном на ниво на хромозом:
Анкета за геном: Илумина Новасек PE150.
Собрание на геном: Pacbio Revio (Hifi чита) или Nanopore Prometthion 48.
Contig прицврстување со склопување hi-c.
Предности на услугата
●Достапни се повеќе стратегии за секвенционирање: За различни истражувачки цели и барања за комплетноста на геномот
●Комплетен работен тек на биоинформатика:Ова вклучува склопување на геном и предвидување на повеќе геномски елементи, функционално прибележување на генот и прицврстување на контекст.
●Широка експертиза: Со собрани над 12.000 микробиолошки геноми, носиме повеќе од една деценија искуство, високо квалификуван тим за анализа, сеопфатна содржина и одлична поддршка за пост-продажба.
●Поддршка за пост-продажба:Нашата заложба се протега надвор од завршувањето на проектот со 3-месечен период на услуга по продажба. За тоа време, ние нудиме следење на проектот, помош за смена на проблеми и сесии за Q&A за решавање на какви било прашања поврзани со резултатите.
Спецификации на услугите
| Услуга | Стратегија за секвенцирање | Контрола на квалитетот |
| Нацрт геном | Illumina PE150 100x | Q30≥85% |
| Фин геном | Анкета за геном: Илумина PE150 50 x Собрание: Pacbio hifi 30x или Nanopore 100x | contig n50 ≥1mb （pacbio unicellular） contig n50 ≥2mb （ont unicellular） CONTIG N50 ≥500kb （Други |
| Геном на ниво на хромозом | Анкета за геном: Илумина PE150 50 x Собрание: Pacbio hifi 30x или Nanopore 100x Hi-C Собрание 100x | Сооднос на прицврстување на Contig> 90%
|
Услуги за услуги
| Концентрација (ng/μL) | Вкупна количина (μg) | Волумен (мл) | OD260/280 | OD260/230 | |
| Пацибио | ≥ 20 | ≥2 | ≥ 20 | 1.7-2.2 | .11.6 |
| Нанопор | ≥ 40 | ≥2 | ≥ 20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Илумина | ≥1 | .0.06 | ≥ 20 | - | - |
Уницелуларна габа: .53,5х1010 клетки
Макро габа: ≥ 10 g
Проток на работа на услуги
Испорака на примерок
Библиотека изградба
Секвенцирање
Анализа на податоците
Услуги по продажба
Вклучува следнава анализа:
Анкета за геном:
- Контрола на квалитетот на податоците за секвенцирање
- Проценка на геном: Големина, хетерозиготност, повторувачки елементи
Собрание на фино геном:
- Контрола на квалитетот на податоците за секвенцирање
- Де НовоСобрание
- Анализа на компонентата на геном: предвидување на ЦД -а и повеќе геномски елементи
- Функционална прибелешка со повеќе општи бази на податоци (GO, KEGG, итн.) И напредни бази на податоци (картичка, VFDB, итн.)
Hi-C Собрание:
- Проценка на библиотеката HI-C.
- Контроли за прицврстување на кластерирање, нарачка и ориентирање
- Евалуација на склопот на hi-c: Врз основа на референтен геном и топлинска мапа
Анкета за геном: К-Мер дистрибуција
Собрание на геном: Ген хомологно прибележување (база на податоци NR)
Собрание на геном: Функционално прибележување на генот (GO)
Истражете ги напредокот олеснети од услугите за склопување на габични геноми на BMKGene преку курирана колекција на публикации.
Хао, Ј и др. (2023) „Интегрирано омичко профилирање на лековити печурки inonotus obliquus под потопени услови“,БМЦ геномика, 24 (1), стр. 1–12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/Слика/3.
Лу, Л. и др. (2023) „Секвенционирање на геномот ја открива еволуцијата и патогените механизми на пченицата остриот патоген за очила ризоктонија жици“,Списание за земјоделски култури, 11 (2), стр. 405–416. doi: 10.1016/j.cj.2022.07.024.
Angанг, Х. и др. (2023) „Ресурси за геном за четири видови Clarireedia кои предизвикуваат место на долар на разновидни трева“,Заболувања на растенија, 107 (3), стр. 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Angанг, СС и др. (2023) „Генетски и молекуларен доказ за тетраполарен систем за парење во јадлива печурка Грифола Фрондоза“,,Весник на габи, 9 (10), стр. 959. Doi: 10.3390/jof9100959/s1.
