Секвенционирање на мРНК со целосна должина-Нанопора
Карактеристики
● Фаќање на поли-А mRNA проследено со синтеза на cDNA и подготовка на библиотека
● Редоследување на целосните транскрипти
● Биоинформатска анализа базирана на усогласување со референтен геном
● Биоинформатската анализа вклучува не само изразување на ниво на ген и изоформа, туку и анализа на lncRNA, фузија на гени, полиаденилација и генска структура
Предности на услугата
●Квантификација на изразување на ниво на изоформа: овозможување детална и точна анализа на изразување, откривање на промена која може да се маскира кога се анализира целата генска експресија
●Намалени барања за податоци:Во споредба со секвенционирањето на следната генерација (NGS), секвенционирањето на нанопор покажува помали барања за податоци, што овозможува еквивалентни нивоа на заситеност на квантификација на генската експресија со помали податоци.
●Поголема точност на квантификација на изразување: и на ниво на ген и изоформа
●Идентификација на дополнителни транскриптомски информации: алтернативна полиаденилација, фузиони гени и lcnRNA и нивните целни гени
●Широка експертиза: Нашиот тим носи богато искуство за секој проект, имајќи завршено преку 850 проекти со целосна должина на транскриптом на Nanopore и обработени над 8.000 примероци.
●Пост-продажна поддршка: нашата посветеност се протега надвор од завршувањето на проектот со 3-месечен период на услуга по продажбата. Во ова време, нудиме следење на проектот, помош за решавање проблеми и сесии за прашања и одговори за да одговориме на какви било прашања поврзани со резултатите.
Примерок барања и испорака
| Библиотека | Стратегија за секвенционирање | Препорачани податоци | Контрола на квалитет |
| Поли А збогатен | Illumina PE150 | 6/12 Gb | Просечен резултат за квалитет: Q10 |
Барања за примероци:
Нуклеотиди:
| Конк.(ng/μl) | Количина (μg) | Чистота | Интегритет |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Ограничена или никаква контаминација на протеини или ДНК е прикажана на гелот. | За растенија: RIN≥7,0; За животни: RIN≥7,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; ограничена или без основна елевација |
● Растенија:
Корен, стебло или ливче: 450 mg
Лист или семе: 300 mg
Овошје: 1,2 гр
● Животно:
СРЦЕ или ЦРЕВА: 300 mg
Висцера или мозок: 240 mg
Мускули: 450 mg
Коски, коса или кожа: 1гр
● Членконоги:
Инсекти: 6гр
Рака: 300 mg
● Цела крв: 1 цевка
● Клетки: 106 клетките
Препорачана испорака на примероци
Контејнер: Цевче за центрифуга од 2 ml (не се препорачува лимена фолија)
Обележување на примерокот: Група+реплика на пр. A1, A2, A3; Б1, Б2, Б3.
Испорака:
1. Сув мраз: примероците треба да се пакуваат во вреќи и да се закопаат во сув мраз.
2. РНК стабилни цевки: РНК примероците може да се сушат во епрувета за стабилизација на РНК (на пр. RNAstable®) и да се испратат на собна температура.
Тек на услужна работа
Нуклеотиди:
Испорака на примероци
Изградба на библиотека
Секвенционирање
Анализа на податоци
Услуги по продажба
Тек на услужна работа
Ткиво:
Дизајн на експеримент
Испорака на примероци
Екстракција на РНК
Изградба на библиотека
Секвенционирање
Анализа на податоци
Услуги по продажба
● Обработка на необработени податоци
● Идентификација на препис
● Алтернативно спојување
● Квантификација на изразување во генско ниво и ниво на изоформи
● Анализа на диференцијални изрази
● Прибелешка и збогатување на функции (DEG и DET)
Алтернативна анализа на спојување
Алтернативна полиаденилација анализа (АПА)
lncRNA предвидување
Прибелешка на нови гени
Кластерирање на DET
Протеинско-протеински мрежи во DEG
Истражете ги достигнувањата олеснети од услугите за секвенционирање на mRNA со целосна должина на BMKGene на Nanopore преку курирана колекција на публикации.
Гонг, Б. и сор. (2023) 'Епигенетско и транскрипциско активирање на секреторната киназа FAM20C како онкоген во глиом', Журнал за генетика и геномика, 50(6), стр. 422-433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
Тој, З. и сор. (2023) „Секвенционирањето на транскриптомите со целосна должина на лимфоцитите што реагираат на IFN-γ открива Th1-искривен имунолошки одговор кај флондер (Paralichthys olivaceus)“, Fish & Shellfish Immunology, 134, стр. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ma, Y. и сор. (2023) „Компаративна анализа на методите за секвенционирање на РНК на PacBio и ONT за идентификација на отровот на Nemopilema Nomurai“, Геномикс, 115(6), стр. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Ју, Д. и сор. (2023) „Нано-сек анализата открива различна функционална тенденција помеѓу егзосомите и микровезикулите добиени од hUMSC“, Истражување и терапија со матични клетки, 14(1), стр. 1-13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/ТАБЕЛИ/6.
