Еукариотска mRNA анализа (достапни опции засновани на референца и de novo)
Овој цевковод користи податоци NGS RNA-Seq како влез и произведува резултати од повеќе низводно анализи вклучувајќи, но не ограничувајќи се на: секвенционирање на проценка на квалитетот на податоците,де новоприбелешка на местото на транскрипција, анализа на спојување на променливи, анализа на диференцијални изрази, анотација на функции и анализа на збогатување.
Долга некодирачка РНК анализа
Долгите некодирачки РНК (lncRNA) се некодирачки транскрипти со должина подолга од 200 nt и познати по тоа што играат улоги во организацијата и регулацијата на хроматин. Технологиите за секвенционирање со висок пропусен опсег и биоинформатиката го поттикнаа нашето разбирање на секвенците на lncRNA и информациите за позиционирање за да ги идентификуваме lncRNA со клучни регулаторни функции. Овој цевковод обезбедува lncRNA анализа како дополнение на анализите споменати во цевководот Еукариотска mRNA анализа.
Секвенционирање на засилувачи на 16S/18S/ITS
Нафтоводот за анализа на микробиолошка разновидност Amplicon Sequencing беше развиен врз основа на долгогодишно искуство во анализа на проекти за микробиолошка разновидност. Гасоводот содржи стандардизирана основна анализа, која ја покрива содржината на мејнстрим анализа на тековните микробиолошки истражувања и персонализирана анализа. Извештајот за анализа е богат и сеопфатен, со можност за извршување на разновидна лична анализа. Дополнително, примероците и групите може да се менуваат во лет за дополнително прилагодување и контрола.
Анализа на метагеномијата на пушка
Гасоводот Shotgun Metagenomic Analysis користи NGS податоци од мешани геномски материјали извлечени од примероци од животната средина. Вклучените анализи обезбедуваат детални информации за разновидноста и изобилството на видовите, структурата на популацијата, филогенетскиот однос, функционалните гени и мрежите за корелација со факторите на животната средина.
Анализа на варијанти на NGS-WGS
Анализата на варијантите NGS-WGS е интегрирана линија за откривање варијанти што врши контрола на квалитетот на податоците, усогласување на секвенците, прибелешки и анализа на генска мутација. Гасоводот ги следи најдобрите практики на GATK за откривање SNP и InDel и користи Manta за повикување на структурни варијанти.
Студија за асоцијација за широк геном (GWAS)
Гасоводот GWAS е низводно анализа која ги зема претходно генерираните датотеки VCF и соодветните податоци за фенотипот за група поединци како влез. Користејќи специфични статистички методологии, GWAS има за цел да открие варијации на нуклеотиди ширум геномот во корелација со фенотипските разлики. Тој игра клучна улога во истражувањето на функционалните гени поврзани со сложени човечки болести и сложени особини кај растенијата и животните.
Анализа на масовна сегрегација (BSA)
Анализата на BSA вклучува здружување на индивидуи со екстремни фенотипски особини од популација што се сегрегира. Со споредување на диференцијални локуси помеѓу здружените примероци, овој пристап брзо ги идентификува тесно поврзаните молекуларни маркери поврзани со целните гени. Широко користен во генетското мапирање на растенија и животни, тој е вредна алатка за размножување со помош на маркери.
Анализа на еволутивна генетика
Работниот тек на анализата на еволутивна генетика го користи долгогодишното искуство на BMKGENE во проектите за генетска еволуција и вклучува изградба на филогенетско дрво, анализа на нерамнотежа на поврзаноста, проценка на генетската разновидност, селективна идентификација, анализа на сродство, анализа на главната компонента и карактеризација на структурата на населението.
