Секвенционирање на mRNA со целосна должина -pacbio
Карактеристики
● Синтеза на cDNA од поли-а mRNA проследена со подготовка на библиотека
● Секвенционирање во режимот CCS, генерирање на хифи читања
● Секвенционирање на записниците со целосна должина
● Анализата не бара референтен геном; Сепак, може да се вработи
● Биоинформатичката анализа овозможува анализа на записници изоформ lncrNA, гени фузии, поли-аденилација и структура на гени
Предности на услугата
●Висока точност: Hifi чита со точност> 99,9% (Q30), споредлив со NGS
● Алтернативна анализа на спојување: Секвенционирање на целиот записник овозможува идентификација и карактеризација на изоформ
●Широка експертиза: Со евиденција за завршување на над 1100 Pacbio целосни транскриптивни проекти и обработка на над 2300 примероци, нашиот тим носи богатство на искуство на секој проект.
●Поддршка по продажбата: Нашата заложба се протега надвор од завршувањето на проектот со 3-месечен период на услуга по продажба. За тоа време, ние нудиме следење на проектот, помош за смена на проблеми и сесии за Q&A за решавање на какви било прашања поврзани со резултатите.
Барања за примероци и испорака
| Библиотека | Стратегија за секвенцирање | Препорачани податоци | Контрола на квалитетот |
| Библиотеката за MRNA CCS збогатена со полиа | Pacbio Sequel II Pacbio Revio | 20/40 GB 5/10 m CCS | Q30≥85% |
Барања за примероци:
Нуклеотиди:
● Растенија:
Корен, стебло или ливче: 450 мг
Лист или семе: 300 мг
Овошје: 1,2 g
● Animalивотно:
Срце или црево: 300 мг
Висцера или мозок: 240 мг
Мускул: 450 мг
Коски, коса или кожа: 1g
● Артроподи:
Инсекти: 6G
Crustacea: 300 mg
● Цела крв: 1 цевка
● клетки: 106 клетки
| Конкон (ng/μl) | Количина (μg) | Чистота | Интегритет |
| 100 ≥ | ≥ 1,0 | OD260/280 = 1,7-2.5 OD260/230 = 0,5-2,5 Ограничена или без загадување на протеини или ДНК прикажана на гел. | За растенија: Rin≥7.5; За животни: Rin≥8.0; 5.0≥ 28s/18S≥1.0; ограничено или без основно покачување |
Препорачана испорака на примероци
Контејнер: 2 ml цевка за центрифуга (калај фолија не се препорачува)
Етикетирање на примерокот: Група+Репликација на ЕГ А1, А2, А3; Б1, Б2, Б3.
Испорака:
1. Сува-мраз: Примероците треба да бидат спакувани во торби и да се закопаат во сув мраз.
2.
Проток на работа на услуги
Дизајн на експерименти
Испорака на примерок
Екстракција на РНК
Библиотека изградба
Секвенцирање
Анализа на податоците
Услуги по продажба
Вклучува следнава анализа:
● Контрола на квалитетот на суровините на податоците
● Алтернативна анализа на полиаденилација (АПА)
● Анализа на препис на фузија
● Алтернативна анализа на спојување
● Анализа на Универзални ортолози со единечна копија (Busco)
● Нова анализа на препис: Предвидување на секвенци за кодирање (ЦД -а) и функционално прибележување
● Анализа на lncRNA: предвидување на lncRNA и цели
● Идентификација на микросателит (SSR)
Анализа на Буско
Алтернативна анализа на спојување
Алтернативна анализа на полиаденилација (АПА)
Функционално прибележување на нови записници
Истражете ги напредокот олеснети со услугите за секвенционирање на MRNA на BMKGene на нанопоре со целосна должина на mRNA во оваа претставена публикација.
Ма, Ј. Et al. (2023) „Компаративна анализа на методите за секвенционирање на Pacbio и ONT RNA за идентификација на отровот на Nemopilema Nomurai“, геномика, 115 (6), стр. 110709. Doi: 10.1016/j.ygeno.2023.110709.
Чао, П. и др. (2019) „Развојната динамика на Populus STEM Transcriptome“, весник за биотехнологија на растенијата, 17 (1), стр. 206–219. doi: 10.1111/pbi.12958.
Денг, Х. и др. (2022) „Динамички промени во содржината на аскорбинска киселина за време на развој на овошје и зреење на актинидија латифолија (овошна култура богата со аскорбат) и придружните молекуларни механизми“, Меѓународен весник на молекуларни науки, 23 (10), стр. 5808. DOI: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Хуа, Х. и др. (2022) „Ефективно предвидување на биосинтетичките патеки гени вклучени во биоактивни полифилини во Париз Полифила“, Комуникациска биологија 2022 5: 1, 5 (1), стр. 1-10. doi: 10.1038/S42003-022-03000-Z.
Лиу, М. и др. (2023) „Комбинирана анализа на Pacbio Iso-Seq и Illumina RNA-Seq на Tuta Absostuta (Meyrick) транскриптом и цитохром P450 гени“, инсекти, 14 (4), стр. 363. Doi: 10.3390/инсекти14040363/s1.
Ванг, Лијун и др. (2019) 'Истражување на транскриптоматска сложеност со употреба на Pacbio единечна молекула анализа во реално време во комбинација со секвенционирање на Illumina RNA за подобро разбирање на биосинтезата на рицинолеинска киселина во рицинус комунис', BMC геномика, 20 (1), стр. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
