Обезбедена сегрегантна анализа
Предности на услугата
Takagi et al., Plant Journal, 2013 година
● Точна локализација: Мешање на рефлекси со 30+30 до 200+200 лица за да се минимизира бучавата во позадина; Не-синонимни предвидувања на кандидатски регион засновани на мутатити.
● Сеопфатна анализа: Длабоко анотација на функцијата на гените на кандидатот, вклучувајќи NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG, итн.
● Побрзо време на пресврт: Брза локализација на гени во рок од 45 работни дена.
● Огромно искуство: BMK придонесе во илјадници карактеристики на локализација, опфаќајќи различни видови како земјоделски култури, водни производи, шума, цвеќиња, овошје, итн.
Спецификации на услугите
Население:
Одделување на потомството на родителите со спротивставени фенотипови.
на пр. F2 потомство, засилување (п.н.е.), рекомбинантна влезна линија (RIL)
Мешање базен
За квалитативни црти: 30 до 50 лица (минимум 20)/најголемиот дел
За квантитативна тратис: Топ 5% до 10% лица со екстремни фенотипови кај целата популација (минимум 30+30).
Препорачана длабочина на секвенционирање
Најмалку 20x/родител и 1x/потомство индивидуа (на пр. За мешање на базен од 30+30 индивидуа, длабочина на секвенционирање ќе биде 30x по најголемиот дел)
Анализи на биоинформатика
● Ревцетирање на целиот геном
● Обработка на податоци
● Повикување на SNP/INDEL
● Скрининг на регионот на кандидатот
● Анотација на функцијата на генот на кандидатот
Барања за примероци и испорака
Барања за примероци:
Нуклеотиди:
| примерок од gDNA | Примерок од ткиво |
| Концентрација: ≥ 30 ng/μl | Растенија: 1-2 g |
| Количина: ≥2 μg (Волм ≥15 μl) | Animивотни: 0,5-1 Г. |
| Чистота: OD260/280 = 1,6-2.5 | Цела крв: 1,5 ml |
Проток на работа на услуги
Дизајн на експерименти
Испорака на примерок
Екстракција на РНК
Библиотека изградба
Секвенцирање
Анализа на податоците
Услуги по продажба
1. База за анализа на асоцијација на растојание од Евклид (ЕД) за да се идентификува регионот на кандидатот. На следната слика
Х-оска: број на хромозом; Секоја точка претставува ED вредност на SNP. Црната линија одговара на вклопената вредност на ЕД. Повисоката вредност на ЕД укажува на позначајна поврзаност помеѓу страницата и фенотипот. Црвената цртичка претставува праг на значајна асоцијација.
2. Анализата на асоцијација без SNP-индекс заснована на SNP
Х-оска: број на хромозом; Секоја точка претставува вредност на SNP-индекс. Црната линија се залага за вградена вредност на SNP-индекс. Колку е поголема вредноста, толку е позначајно здружението.
Случај на БМК
Квантитативниот локус на карактеристиките на карактеристиките на големите ефекти FNL7.1 кодира доцна ембриогенеза изобилство протеини поврзани со должина на вратот на вратот во краставица
Објавено: Весник на растителни биотехнологија, 2020 година
Стратегија за секвенцирање:
Родители (Jin5-508, YN): Целиот геном резиденција за 34 × и 20.
ДНК базени (50 долги вратови и 50 кратки вратови): Резервирање за 61 × и 52
Клучни резултати
Во оваа студија, сегрегирањето на населението (F2 и F2: 3) беше генерирано со преминување на линија со долги врата од краставици Jin5-508 и yn со краток врат. Два ДНК базени беа изградени од 50 екстремни лица со долг врат и 50 екстремни лица со кратки врати. Голем ефект QTL беше идентификуван на CHR07 со анализа на BSA и традиционално мапирање на QTL. Кандидатскиот регион беше дополнително намален со фино мапирање, квантификација на изразување на гени и трансгенски експерименти, што откри клучен ген во контролата на должината на вратот, CSFNL7.1. Покрај тоа, се покажа дека полиморфизмот во CSFNL7.1 промоторниот регион е поврзан со соодветниот израз. Понатамошната филогенетска анализа сугерираше дека локусот FNL7.1 веројатно ќе потекнува од Индија.
 QTL-мапирање во анализата на БСА за да се идентификува кандидатскиот регион поврзан со должината на вратот на краставицата |  Профилите на леб од краставица со должина на вратот QTL идентификувани на CHR07 |
Xu, X., et al. „Квантитативната локус на карактеристиките на карактеристиките на карактеристиките FNL7.1 кодира доцна ембриогенеза во изобилство протеини поврзани со должина на вратот на вратот во краставица“. Plant Biotechnology Journal 18.7 (2020).
