BMKMANU S3000_Просторен транскриптом
BMKMANU S3000 Просторна транскриптом техничка шема
Карактеристики
- Резолуција: 3,5 µM
- Дијаметар на точка: 2,5 µM
- Број на точки: приближно 4 милиони
- 3 можни формати на областа за фотографирање: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm или 15 mm * 20 mm
- Секоја мушка со баркод е наполнета со прајмери составени од 4 делови:
• поли(dT) опашка за прајминг на mRNA и синтеза на cDNA,
• Единствен молекуларен идентификатор (UMI) за корекција на пристрасноста на засилувањето
• Просторен баркод
• Секвенца за врзување на прајмер за секвенционирање делумно читање 1
- H&E и флуоресцентно боење на пресеците
- Можност за употреба на технологија за сегментација на клетки: интеграција на боење H&E, флуоресцентно боење и секвенционирање на РНК за да се одредат границите на секоја клетка и правилно да се додели генската експресија на секоја клетка. Обработка низводно Анализа на просторно профилирање врз основа на корпа за ќелии.
- Можно е да се постигне анализа на повеќе нивоа на резолуција: Флексибилна анализа на повеќе нивоа која се движи од 100um до 3,5 um за разрешување на различни карактеристики на ткивото при оптимална резолуција.
Предности на BMKMANU S3000
-Удвојување на точките за фаќање на 4 милиони: со подобрена резолуција од 3,5 uM, што доведува до повисоко откривање на гени и UMI по клетка. Ова резултира со подобрено групирање на клетките врз основа на профилите на транскрипција, со пофини детали што одговараат на структурата на ткивата.
- Субклеточна резолуција:Секоја област за фаќање содржеше >2 милиони просторни баркодирани точки со дијаметар од 2,5 µm и растојание од 5 µm помеѓу точките центри, што овозможува просторна анализа на транскриптом со субклеточна резолуција (5 µm).
-Анализа на резолуција на повеќе нивоа:Флексибилна анализа на повеќе нивоа која се движи од 100 μm до 5 μm за разрешување на различни карактеристики на ткивото со оптимална резолуција.
-Можност за користење технологија за сегментација на ќелии „Три во еден слајд“:комбинирајќи флуоресцентно боење, боење H&E и секвенционирање на РНК на еден слајд, нашиот алгоритам за анализа „три-во-едно“ ја овластува идентификацијата на границите на клетките за последователна транскриптомија базирана на клетки.
-Компатибилен со повеќе платформи за секвенционирање: достапни се и NGS и долгочитано секвенционирање.
-Флексибилен дизајн на 1-8 активни области за фаќање: големината на областа за фотографирање е флексибилна, може да се користат 3 формати (6,8 mm * 6,8 mm., 11 mm * 11 mm и 15 mm * 20 mm)
-Едношалтерска услуга: ги интегрира сите чекори засновани на искуство и вештини, вклучувајќи крио-секција, боење, оптимизација на ткиво, просторно баркодирање, подготовка на библиотека, секвенционирање и биоинформатика.
-Сеопфатна биоинформатика и корисничка визуелизација на резултатите:пакетот вклучува 29 анализи и 100+ фигури со висок квалитет, комбинирани со употреба на внатрешен софтвер развиен за визуелизирање и приспособување на разделување на ќелиите и групирање точки.
-Прилагодена анализа и визуелизација на податоци: достапни за различни барања за истражување
-Високо квалификуван технички тим: со искуство во повеќе од 250 типови ткива и 100+ видови, вклучувајќи луѓе, глувци, цицачи, риби и растенија.
-Ажурирања во реално време за целиот проект: со целосна контрола на експерименталниот напредок.
-Факултативна заедничка анализа со едноклеточно секвенционирање на mRNA
Спецификации за услуги
| Примерок барања | Библиотека | Стратегија за секвенционирање | Препорачани податоци | Контрола на квалитет |
| Крио примероци вградени во OCT (Оптимален дијаметар: прибл. 6×6×6 mm³) 2 блока по примерок 1 за експеримент, 1 за резервна копија | S3000 cDNA библиотека | Illumina PE150 | 160K PE читања на 100υM (250 Gb) | RIN > 7 |
За повеќе детали за упатствата за подготовка на примероци и работниот тек на услугата, слободно разговарајте со aексперт за BMKGENE
Тек на услужна работа
Во фазата на подготовка на примерокот, се врши иницијално испитување за екстракција на РНК за да се обезбеди висококвалитетна РНК може да се добие. Во фазата на оптимизација на ткивото, деловите се обоени и визуелизирани и условите за пропустливост за ослободување на mRNA од ткивото се оптимизирани. Оптимизираниот протокол потоа се применува за време на изградбата на библиотеката, проследено со секвенционирање и анализа на податоците.
Целосниот работен тек на услугата вклучува ажурирања во реално време и потврди на клиентите за да се одржи одговорна јамка за повратни информации, обезбедувајќи непречено извршување на проектот.
Податоците генерирани од BMKMANU S3000 се анализирани со помош на софтверот „BSTMatrix“, кој е независно дизајниран од BMKGENE, генерирајќи матрица за изразување на гени на ниво на ќелија и повеќе нивоа на резолуција. Оттука, се генерира стандарден извештај кој вклучува контрола на квалитетот на податоците, анализа на внатрешен примерок и анализа меѓу групите.
- Контрола на квалитетот на податоците:
- Излез на податоци и дистрибуција на бодови за квалитет
- Откривање на гени по точка
- Покривање на ткиво
- Анализа на внатрешен примерок:
- Богатство на гени
- Кластерирање на точки, вклучувајќи анализа на намалени димензии
- Анализа на диференцијална експресија помеѓу кластери: идентификација на маркерски гени
- Функционална прибелешка и збогатување на гените за маркери
- Меѓугрупна анализа
- Ре-комбинација на дамки од двата примероци (на пр. заболени и контролни) и ре-кластер
- Идентификација на маркерски гени за секој кластер
- Функционална прибелешка и збогатување на гените за маркери
- Диференцијално изразување на ист кластер помеѓу групи
Дополнително, развиениот „BSTViewer“ на BMKGene е алатка прифатлива за корисникот која му овозможува на корисникот да ја визуелизира генската експресија и групирањето на точки со различни резолуции.
BMKGene нуди услуги за просторно профилирање со прецизна резолуција на една ќелија (врз основа на корпа за ќелии или квадратна корпа на повеќе нивоа од 100um до 3,5um).
Податоците за просторно профилирање од ткивните делови на слајдот S3000 се изведуваат добро како подолу.
Студија на случај 1: Мозок на глушец
Анализата на дел од мозокот на глувчето со S3000 резултираше со идентификација на ~ 94 000 клетки, со средна секвенца од ~ 2000 гени по клетка. Подобрената резолуција од 3,5 uM резултираше со многу детално групирање на клетките засновани на транскрипциски обрасци, при што кластерите на клетки ги имитираат диференцираните структури на мозокот. Ова лесно се забележува со визуелизирање на распределбата на клетките групирани како олигодендроцити и микроглија клетки, кои се речиси исклучиво лоцирани во сивата и белата маса, соодветно.
Студија на случај 2: Ембрион на глушец
Анализата на дел од ембрион на глушец со S3000 резултираше со идентификација на ~ 2200 000 клетки, со средна секвенција од ~ 1600 гени по клетка. Подобрената резолуција од 3,5 uM резултираше со многу детално групирање на клетките врз основа на транскрипциони обрасци, со 12 кластери во областа на окото и 28 кластери во областа на мозокот.
Групирање на клетки за анализа на внатрешен примерок:
Идентификација и просторна дистрибуција на гените на маркери:
- поголема субклеточна резолуција: во споредба со слајдот S1000, секоја област за снимање на S3000 содржела >4 милиони просторни баркодирани точки со дијаметар од 2,5 µm и растојание од 3,5 µm помеѓу точките центри, што овозможува просторна транскриптом анализа со повисока субклеточна резолуција (квадратна корпа: 3,5 µm).
- Поголема ефикасност на снимање: во споредба со S1000 slide, Median_UMI се зголемува од 30% на 70%, Median_Gene се зголемува од 30% на 60%
Шема на чип S1000:
Шема на чип S3000:
