BMKMANU S1000 Просторен транскриптом
BMKMANU S1000 Просторна транскриптом техничка шема
Карактеристики
● Резолуција: 5 µM
● Дијаметар на точка: 2,5 µM
● Број на точки: приближно 2 милиони
● 3 можни формати на областа за фотографирање: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm или 15 mm * 20 mm
● Секоја мушка со баркод е наполнета со прајмери составени од 4 делови:
поли(dT) опашка за грундирање на mRNA и синтеза на cDNA
Единствен молекуларен идентификатор (UMI) за корекција на пристрасноста на засилувањето
Просторен баркод
Секвенца за врзување на прајмер за секвенционирање делумно читање 1
● H&E и флуоресцентно боење на пресеците
● Можност за користењетехнологија за сегментација на клетки: интеграција на боење H&E, флуоресцентно боење и секвенционирање на РНК за да се одредат границите на секоја клетка и правилно да се додели генската експресија на секоја клетка.
Предности на BMKMANU S1000
●Субклеточна резолуција: Секоја област на фаќање содржеше >2 милиони просторни баркодирани точки со дијаметар од 2,5 µm и растојание од 5 µm помеѓу центрите на точки, што овозможува просторна транскриптомска анализа со субклеточна резолуција (5 µm).
●Анализа на резолуција на повеќе нивоа:Флексибилна анализа на повеќе нивоа која се движи од 100 μm до 5 μm за разрешување на различни карактеристики на ткивото со оптимална резолуција.
lМожност за користење „Три во еден слајд“ Технологија за клеточна сегментација:Комбинирајќи флуоресцентно боење, боење H&E и секвенционирање на РНК на еден слајд, нашиот алгоритам за анализа „три-во-едно“ ја овластува идентификацијата на клеточните граници за последователна транскриптомија базирана на клетки.
●Компатибилен со повеќе платформи за секвенционирање: Достапни се и NGS и долгочитаното секвенционирање.
●Флексибилен дизајн на 1-8 активна област за снимање: Големината на областа за фотографирање е флексибилна, може да се користат 3 формати (6,8 mm * 6,8 mm., 11 mm * 11 mm и 15 mm * 20 mm)
●Едношалтерска услуга: Ги интегрира сите чекори засновани на искуство и вештина, вклучувајќи крио-секција, боење, оптимизација на ткиво, просторно баркодирање, подготовка на библиотека, секвенционирање и биоинформатика.
●Сеопфатна биоинформатика и корисничка визуелизација на резултатите:пакетот вклучува 29 анализи и 100+ фигури со висок квалитет, комбинирани со употреба на внатрешен софтвер развиен за визуелизирање и приспособување на разделување на ќелиите и групирање точки.
●Прилагодена анализа и визуелизација на податоци: достапни за различни барања за истражување
●Високо квалификуван технички тим: со искуство во повеќе од 250 типови ткива и 100+ видови, вклучувајќи луѓе, глувци, цицачи, риби и растенија.
●Ажурирања во реално време на целиот проект: со целосна контрола на експерименталниот напредок.
●Изборна заедничка анализа со едноклеточно секвенционирање на mRNA
Спецификации за услуги
|
Примерок Барања
| Библиотека |
Стратегија за секвенционирање
| Препорачани податоци | Контрола на квалитет |
| Крио примероци вградени во OCT, 3 блока по примерок | S1000 cDNA библиотека | Illumina PE150 (други платформи достапни) | 100K PE читања на 100 uM (60-150 Gb) | RIN> 7 |
За повеќе детали за упатствата за подготовка на примероци и работниот тек на услугата, слободно разговарајте со aексперт за BMKGENE
Тек на услужна работа
Во фазата на подготовка на примерокот, се врши иницијално испитување за екстракција на РНК за да се обезбеди висококвалитетна РНК може да се добие. Во фазата на оптимизација на ткивото, деловите се обоени и визуелизирани и условите за пропустливост за ослободување на mRNA од ткивото се оптимизирани. Оптимизираниот протокол потоа се применува за време на изградбата на библиотеката, проследено со секвенционирање и анализа на податоците.
Целосниот работен тек на услугата вклучува ажурирања во реално време и потврди на клиентите за да се одржи одговорна јамка за повратни информации, обезбедувајќи непречено извршување на проектот.
Податоците генерирани од BMKMANU S1000 се анализирани со помош на софтверот „BSTMatrix“, кој е независно дизајниран од BMKGENE, генерирајќи матрица за изразување на гени. Оттука, се генерира стандарден извештај кој вклучува контрола на квалитетот на податоците, анализа на внатрешен примерок и анализа меѓу групите.
● Контрола на квалитетот на податоците:
Излез на податоци и дистрибуција на оценки за квалитет
Откривање на гени по точка
Покривање на ткиво
● Анализа на внатрешен примерок:
Богатство на гени
Групирање на точки, вклучувајќи анализа на намалени димензии
Анализа на диференцијална експресија помеѓу кластерите: идентификација на гените за маркери
Функционална прибелешка и збогатување на гените за маркери
● Анализа меѓу групите:
Повторна комбинација на дамки од двата примероци (на пр. заболени и контролни) и ре-кластер
Идентификација на гените за маркери за секој кластер
Функционална прибелешка и збогатување на гените за маркери
Диференцијално изразување на ист кластер помеѓу групи
Дополнително, BMKGENE го разви „BSTViewer“ е алатка погодна за корисникот која му овозможува на корисникот да ја визуелизира генската експресија и кластерирањето на точки со различни резолуции.
BMKGene разви софтвер за корисничка визуелизација
BSTViewer кластерирање точки со резолуција на повеќе нивоа
BSTCellViewer: автоматско и рачно разделување на ќелиите
Анализа на внатрешен примерок
Групирање на точки:
Идентификација и просторна дистрибуција на гените на маркери:
Меѓугрупна анализа
Комбинација на податоци од двете групи и повторно групирање:
Маркерски гени на нови кластери:
Истражете ги напредоците олеснети од услугите за просторна транскриптомија на BMKGene со технологијата BMKManu S1000 во оваа објавена публикација:
Сонг, X. et al. (2023) „Просторната транскриптомика открива клетки на хлоренхим индуцирани од светлина вклучени во промовирање на регенерација на пука во калус од домати“,Зборник на трудови на Националната академија на науките на Соединетите Американски Држави, 120 (38), стр. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
Вие, Y. et al. (2023) „Систематска споредба на просторните транскриптомски методи базирани на секвенционирање“,bioRxiv, стр. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
