Te Whakaraupapa Whakaahua Katoa - Illumina
Ngā āhuatanga
● Wharepukapuka rua ki te raupapa i te tuhinga katoa: te whakahekenga o te rRNA whai muri ko te whakarite whare pukapuka PE150 me te whiriwhiri rahi whai muri ko te whakaritenga whare pukapuka SE50
● Whakaotia te tātari bioinformatics o te mRNA, lncRNA, circRNA, me te miRNA i roto i nga purongo bioinformatics motuhake
● Te tātari tahi o nga korero RNA katoa i roto i te ripoata whakakotahi, tae atu ki te tātari whatunga ceRNA.
Painga Ratonga
●Te Tatari Hohonu o nga Whatunga Whakahaere: Ko te tātari whatunga ceRNA ka taea e te raupapa hono o te mRNA, lncRNA, circRNA, me te miRNA me te rerenga mahi bioinformatic.
●Panui Matawhānui: Ka whakamahi matou i nga papaaarangi maha ki te tuhi i nga Ira Rereketanga (DEG) me te mahi i te tātaritanga whakarangatira e rite ana, e whakaatu ana i nga whakaaro ki nga tukanga pūkoro me te ngota ngota kei raro i te whakautu whakawhiti.
●Tohunga Nui: Me te rekoata o te katinga angitu i runga i te 2100 nga kaupapa tuhi katoa i roto i nga momo rohe rangahau, ka kawea mai e to taatau roopu te maha o nga wheako ki ia kaupapa.
●Mana Mana Kounga: Ka whakatinanahia e matou nga tohu whakahaere matua puta noa i nga waahanga katoa, mai i te tauira me te whakarite whare pukapuka ki te raupapatanga me te bioinformatics. Ma tenei aro turuki e whakarite te tukunga o nga hua o te kounga teitei.
●Tautoko i muri i te Hokonga: Ko ta matou herenga ka toro atu ki tua atu i te otinga kaupapa me te 3 marama i muri i te hokonga ratonga. I roto i tenei wa, ka tukuna e matou he kaupapa whaiwhai, awhina rapurongoa, me nga huihuinga Q&A hei whakatika i nga patai e pa ana ki nga hua.
Nga Whakaritenga Tauira me te Tukunga
| Whare Pukapuka | Rautaki raupapa | Raraunga e taunaki ana | Mana Kounga |
| kua pau te rRNA | Ilumina PE150 | 16 Gb | Q30≥85% |
| Rahi kua tohua | Ilumina SE50 | 10-20M panui |
Whakaritenga Tauira:
Nucleotides:
| Conc.(ng/μl) | Rahi (μg) | Maamaa | Te tapatahi |
| ≥ 80 | ≥ 1.6 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 He iti, karekau he pūmua, he poke DNA ranei e whakaatuhia ana i runga i te gel. | RIN≥6.0 5.0≥28S/18S≥1.0; he iti, he kore ranei te taumata teitei |
Tukunga Tauira Manakohia
Ipu: 2 ml ngongo centrifuge (Kāore i te tūtohutia te konumohe tine)
Tauira tapanga: Rōpū+whakaritea tauira A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Tukunga:
1. Tio-maroke: Me kiki nga tauira ki roto i nga peeke ka tanumia ki te huka-maroke.
2. RNAstable ngongo: Ka taea te whakamaroke tauira RNA i roto i te ngongo whakapumau RNA(hei tauira RNAstable®) ka tukuna ki te pāmahana rūma.
Te Rerenga Mahi Ratonga
Hoahoa whakamatautau
Te tuku tauira
tangohanga RNA
Te hanga whare pukapuka
Whakaraupapa
Te tātari raraunga
Nga ratonga muri-hoko
Bioinformatics
RNA whakaaturanga tirohanga
Nga ira rerekee
ceRNA tātaritanga
Ko nga miRNA kua whakaatuhia rereke me nga RNA e pa ana
Tuhurahia nga ahunga whakamua rangahau i whakahaerea e BMKGene' nga ratonga raupapa tuhinga tuhi katoa na roto i te kohinga o nga whakaputanga.
Dai, Y. et al. (2022) 'Ko nga korero korero matawhānui o nga mRNA, lncRNA me nga miRNA i roto i te mate Kashin-Beck i tautuhia e te RNA-sequencing', Molecular Omics, 18(2), wharangi 154–166. doi: 10.1039/D1MO00370D.
Liu, N. nan et al. (2022) 'Katoa te roanga o nga tuhinga whakamaarama mo te aatete makariri o Apis cerana i te maunga o Changbai i te wa o te takurua.', Gene, 830, wharangi 146503–146503. doi: 10.1016/J.GENE.2022.146503.
Wang, XJ et al. (2022) 'Multi-Omics Integration-Based Prioritization of Cometing Endogenous RNA Regulation Networks in Small Cell Lung Cancer: Nga Ahuatanga Molecular and Drug Candidates', Frontiers in Oncology, 12, wh. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xu, P. et al. (2022) 'Ko te tātaritanga whakauru o nga whakaaturanga whakaaturanga lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA e whakaatu ana i nga tirohanga hou ki nga tikanga ka taea te whakautu ki nga nematodes-aa-aa i te pīnati', BMC Genomics, 23(1), wharangi 1–12. doi: 10.1186 / S12864-022-08470-3 / WHAKAMAHI / 7.
Yan, Z. et al. (2022) 'Ko te raupapa RNA katoa-whakaahua e whakaatu ana i nga tikanga ngota e pa ana ki te pupuri i te kounga o muri i te hauhaketanga i roto i te broccoli na roto i te whakamaaramatanga LED whero', Postharvest Biology and Technology, 188, wh. 111878. doi: 10.1016/J.POSTHARVBIO.2022.111878.
