Te raupapa RNA karihi kotahi
Kaupapa Hangarau
Ko te wehenga o te karihi ka tutuki e te 10× Genomics Chromium ™, kei roto i te punaha microfluidics e waru nga hongere me nga whakawhiti rua. I roto i tenei punaha, he pirepire rei me nga tohu tohu me te tuatahi, nga enzymes me te karihi kotahi ka whakauruhia ki roto i te topata hinu nanoliter-rahi, ka whakaputahia te Gel Bead-in-Emulsion (GEM). I te wa i hangaia ai te GEM, ka mahia te lysis pūtau me te tuku o nga tohu tohu ki ia GEM. Ko te mRNA ka huri whakamuri ki roto i nga ngota ngota cDNA me te 10x barcodes me te UMI, he mea nui ake ki te hanga whare pukapuka raupapa paerewa.
Ngā āhuatanga
● Te whakarite i te whakatārewatanga karihi kotahi mai i nga kopa tio
● Te hanga o te Gel Bead-in-Emulsion (GEM) ka whai i te cDNA synthesis
● Ko ia pirepire i roto i te GEM ka utaina ki nga mea tuatahi e 4 nga waahanga:
poly(dT) hiku mo te mRNA priming me te cDNA synthesis,
Tautuhi Molecular Unique (UMI) hei whakatika i te rītaha whakakaha
10x paewaehere
Te raupapa here o te panui wahanga 1 te tuatahi o te raupapa
Nga painga
Ko te raupapa RNA karihi-kotahi ka huri i nga herenga o te raupapa RNA pūtau-kotahi, ka taea:
● Te whakamahi i nga tauira tio me te kore e iti noa ki nga tauira hou
● He iti te ahotea o nga pūtau tio ina whakaritea ki te maimoatanga enzymatic o nga pūtau hou, ka kitea i roto i nga raraunga whakawhiti i roto i te ahua o nga ira iti ake te ahotea.
● Kaore e hiahiatia kia tangohia i mua i nga toto toto whero
● Te diameter pūtau mutunga kore
● He maha nga tauira e tika ana mo te tātaritanga, tae atu ki nga momo kiko uaua me nga momo kopa e kaha ana ki te kapoipoi, ki te pakaru ranei i te wa e wehea ana te kiko.
Ko nga tauira e kore e taea te tātari ma te raupapa RNA pūtau-kotahi me te whai waahi mo te raupapa RNA karihi kotahi:
| Pūtau / Tissue | Te take |
| Whakakorea te kiko tio | Kaore e taea te tiki whakahaere hou, kua tiakina roa ranei |
| Pūtau uaua, Megakaryocyte, Ngako… | He nui rawa te diameter o te pūtau hei uru ki te taputapu |
| ate… | He pakarukaru rawa ki te pakaru, kare e taea te wehewehe nga pūtau kotahi |
| Pūtau neuron, roro… | He tairongo ake, he ngawari ki te whakapouri, ka huri i nga hua raupapa |
| Pancreas, Thyroid… | He taonga i roto i nga enzymes endogenous, e pa ana ki te hanga o te whakatārewatanga pūtau kotahi |
Kotahi-kaupapa vs Kotahi-pūtau
| Kohanga-kotahi | Pūtau-kotahi |
| Te diameter pūtau mutunga kore | Te diameter pūtau: 10-40 μm |
| Ko te rauemi ka taea te kiko tio | Ko te rauemi me he kiko hou |
| Te ahotea iti o nga pūtau tio | Ka taea e te maimoatanga o te enzyme te tauhohenga o te ahotea pūtau |
| Kaore e tika kia tangohia nga toto toto whero | Me tango nga toto toto whero |
| Ko te Nuclear te whakaputa korero koiora | Ko te pūtau katoa e whakaatu ana i nga korero koiora |
Whakatakotoranga
| Nga Whakaritenga Tauira | Whare Pukapuka | Rautaki raupapa | Raraunga e taunaki ana | Mana Kounga |
| Te kiko kararehe ≥ 200 mg Te kiko tipu ≥ 400 mg | 10x Genomics sn cDNA whare pukapuka | Ilumina PE150 | 100K PE panui mo ia pūtau (100-200 Gb) | 700-1200 karihi/μl me te karihi tapatahi ka kitea i raro i te karu |
Mo te roanga atu o nga korero mo te aratohu whakarite tauira me te rerenga mahi ratonga, tena koa korero ki atohunga BMKGENE
Te Rerenga Mahi Ratonga
Kei roto ko te tātaritanga e whai ake nei:
● Mana Kounga: te maha o nga pūtau, te kitenga ira, te tautuhi tika o nga pūtau, nga ngota ngota RNA me te inenga korero
● Tātari Tauira Roto:
Huihuinga pūtau me te tuhi tuhi
Te Whakaaturanga Whakaaturanga rereke: te tautuhi i nga DEG i roto i nga tautau
Tuhituhi mahi me te whakarangatira i nga DEG kahui
● Tātari-a-rōpū:
Te whakakotahitanga o nga raraunga
Te Whakaaturanga Whakaaturanga rereke: te tautuhi i nga DEG i roto i nga roopu
Tuhituhi mahi me te whakarangatira i nga DEG roopu
● Tātaritanga Arā Atu Anō:
Te tātari huringa pūtau
Tātaritanga wā pseudotime
Tātaritanga kōrero pūtau (CellPhoneDB)
Tātari Whakarangatira Huinga Ira (GSEA)
Te tātari tauira-roto
Huihuinga pūtau:
Te Whakaaturanga Whakaaturanga Rerekētanga: te huinga DEGs
Te tātari i waenga-rōpū
Te Tirohanga Whakaaturanga Rerekē: DEG Rōpū
Tātaritanga Arā Atu Anō:
Tātari wā Pseudotime:
Tātari huringa pūtau:
Torotoro nga ahunga whakamua i mahia e nga ratonga raupapa RNA karihi-kotahi a BMKGene e 10X Chromium i roto i enei whakaputanga rongonui:
Wang, L. et al. (2021) 'Whakakitea te tātaritanga transcriptomic pūtau-kotahi te whenua parepare o te pūkahukahu i roto i te whakakahatanga o te mate huango-atete',Nga Mahi a te National Academy of Sciences of the United States of America, 118(2), wh. e2005590118. doi: 10.1073/pnas.2005590118
Zheng, H. et al. (2022) 'He Whatunga Whakahaere-a-ao mo te Whakaaturanga Ira Whakakorehia me te Waitohu Metabolic Abnormal i roto i nga Pūtau Whakatau i roto i te Microenvironment of Graves' Disease and Hashimoto's Thyroiditis',Frontiers in Immunology, 13, wh. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
Tian, H. et al. (2023) 'Ka hurahia e te tuhinga tuhi-tautahi te rerekee me nga urupare aukati o nga leukocytes i muri i te werohanga me te Edwardsiella tarda kua kore e whakahohe i roto i te pupuhi (Paralichthys olivaceus)',Ahumoana, 566, wh. 739238. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739238.
Yu, Y. et al. (2023) 'Ka whakapai ake te whakamaarama Photodynamic i nga hua o te aukati i te aukati i te aukati ma te whakahou i te mate pukupuku anti-tumor i roto i nga turoro mate pukupuku puku',Te Matepukupuku Peeke, 26(5), api 798–813. doi: 10.1007/S10120-023-01409-X/METRICS.
