Whakaraupapa RNA Prokaryotic
Ngā āhuatanga
● Ko te tukatuka tauira RNA ko te whakahekenga o te rRNA ka whai i te whakatikatika whare pukapuka RNA.
● Te tātari bioinformatic i runga i te whakahāngaitanga ki te momo tohutoro
● Ko te tātaritanga kei roto ko te whakaaturanga ira me nga DEG engari ko te hanganga tuhinga me te tātari sRNA
Painga Ratonga
●Mana Mana Kounga: ka whakatinanahia e matou nga tohu whakahaere matua puta noa i nga waahanga katoa, mai i te tauira me te whakarite whare pukapuka ki te raupapatanga me te bioinformatics. Ma tenei aro turuki e whakarite te tukunga o nga hua o te kounga teitei.
●Raraunga Whakaraupapa Tau-tau: na te mea ko te whakaritenga o te whare pukapuka RNA he aronga, ka taea te tautuhi i nga tuhinga anti-sense.
●Whakaotia te tātaritanga kua whakahāngaitia ki nga tuhinga Prokaryotic: kei roto i te pipeline bioinformatic ehara i te tātari anake o te whakaaturanga ira engari ano te tātaritanga o te hanganga tuhinga, tae atu ki te tautuhi i nga operon, UTR me nga kaiwhakatairanga. Kei roto ano hoki te tātaritanga o nga sRNA, ara te tuhi korero me te matapae mo te hanganga tuarua me nga whaainga.
●Tautoko i muri i te Hokonga: ko ta matou herenga ka toro atu ki tua atu i te otinga kaupapa me te 3 marama i muri i te hokonga mahi. I roto i tenei wa, ka tukuna e matou he kaupapa whai ake, he awhina rapurongoa, me nga huihuinga Q&A hei whakatika i nga patai e pa ana ki nga hua.
Nga Whakaritenga Tauira me te Tukunga
| Whare Pukapuka | Rautaki raupapa | Raraunga e taunaki ana | Mana Kounga |
| rRNA kua pau te whare pukapuka aronga | Ilumina PE150 | 1-2 Gb | Q30≥85% |
Whakaritenga Tauira:
| Conc.(ng/μl) | Rahi (μg) | Maamaa | Te tapatahi |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280=1.8-2.0 OD260/230=1.0-2.5 He iti, karekau he pūmua, he poke DNA ranei e whakaatuhia ana i runga i te gel. | RIN≥6.5 |
Tukunga Tauira Manakohia
Ipu: 2 ml ngongo centrifuge (Kāore i te tūtohutia te konumohe tine)
Tauira tapanga: Rōpū+whakaritea tauira A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Tukunga:
1. Tio-maroke: Me kiki nga tauira ki roto i nga peeke ka tanumia ki te huka-maroke.
2. Nga ngongo RNAstable: Ka taea te whakamaroke i nga tauira RNA ki te ngongo whakapumau RNA(hei tauira RNAstable®) ka tukuna ki te pāmahana rūma.
Te Rerenga Mahi Ratonga
Te tuku tauira
Te hanga whare pukapuka
Whakaraupapa
Te tātari raraunga
Nga ratonga muri-hoko
Rerengamahi o te tātari bioinformatic
Kei roto ko te tātaritanga e whai ake nei:
● Mana kounga raraunga raw
● Te whakahāngai ki te ira tohutoro
● Te Aromatawai Kounga o te Whare Pukapuka: Ko te wehewehenga o te wehenga RNA, te rahi whakauru me te whakamaarama raupapa
● Tuhituhi mahi o nga ira tohu matapae
● Te Tirohanga Whakaaturanga: te honohono me te Waahanga Matua (PCA)
● Whakaaturanga Ira Rerekē (DEG)
● Tuhituhi mahi me te whakarangatira i nga DEG
● sRNA Analysis: matapae, tuhipoka, whainga, me te matapae hanganga tuarua
● Transcript Structure Analysis: operon, tuunga timatanga me te mutunga, rohe kore i whakamaoritia (UTS), kaiwhakatairanga, me te tātaritanga SNP/InDel
Raupapatanga waiwai
Tuhituhi mahi o nga ira whakawaehere
Te hononga i waenga i nga tauira
Te tātaritanga o nga ira rerekee (DEGs).
Te tātari whakarangatira mahi
sRNA tuhipoka
Torotoro nga ahunga whakamua i mahia e nga ratonga raupapa mRNA roa-katoa a Nanopore a BMKGene i roto i tenei whakaputanga.
Guan, CP et al. (2018) 'Nga Huringa Panuitanga o te Ao o te Hanga Kiriata-Koiora Staphylococcus epidermidis Te Whakautu ki nga Alkaloids Tapeke o Sophorea alopecuroides',Ko te Tuhituhi a Polish mo te Microbiology, 67(2), wh. 223. doi: 10.21307/PJM-2018-024.
