-
Te raupapa RNA karihi kotahi
Ko te whakawhanaketanga o te hopu putau-kotahi me nga tikanga hanga wharepukapuka ritenga, i honoa me te raupapatanga teitei, kua huri i nga rangahau whakaputanga ira i te taumata o te pūtau. Ma tenei pakaruhanga ka taea te tātaritanga hohonu me te matawhānui o te taupori pūtau uaua, te hinga i nga here e pa ana ki te whakaputanga ira toharite ki runga i nga pūtau katoa, me te pupuri i te rereketanga pono i roto i enei taupori. Ahakoa ko te raupapa RNA pūtau-kotahi (scRNA-seq) he painga kaore e taea te whakakore, ka pa ki nga wero i roto i etahi kopa ka uaua te hanga o te whakatārewatanga o te pūtau kotahi me te hiahia tauira hou. I BMKGene, ka whakatauhia e matou tenei raru ma te tuku i te raupapa RNA karihi kotahi (snRNA-seq) ma te whakamahi i te hangarau 10X Genomics Chromium hou. Ko tenei huarahi ka whakawhanuihia te awhiowhio o nga tauira ka taea ki te wetewete tuhinga i te taumata-a-taumata.
Ko te wehenga o te karihi ka tutuki ma te maramara 10X Genomics Chromium auaha, e whakaatu ana i te punaha microfluidics e waru nga hongere me nga whakawhiti rua. I roto i tenei punaha, ko nga pirepire gel e whakauru ana i nga tohu tohu, i nga mea tuatahi, i nga enzymes, me te karihi kotahi ka kapi ki roto i nga pata hinu nanoliter-rahi, ka hangaia he Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Whai muri i te hanganga o te GEM, ka puta te lysis pūtau me te tuku tohu tohu i roto i ia GEM. I muri mai, ka tukuna nga ngota ngota mRNA ki roto i nga cDNA, ka whakauru i nga tohu tohu 10X me nga Kaitohu Molecular Unique (UMI). Ko enei cDNA ka tukuna ki te hanganga whare pukapuka raupapa paerewa, e whakahaere ana i te torotoro pakari me te matawhānui o nga whakaaturanga whakaaturanga ira i te taumata-tautahi.
Paerewa: 10× Genomics Chromium me Illumina NovaSeq Platform
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Ko te transcriptomics mokowhiti he hangarau hou e taea ai e nga kairangahau te tirotiro i nga tauira whakaaturanga ira i roto i nga kopa me te pupuri i o raatau horopaki mokowā. Ko tetahi papaahi kaha i tenei rohe ko te 10x Genomics Visium me te raupapa Illumina. Ko te maataapono o te 10X Visium kei runga i tetahi maramara motuhake me te waahi hopu kua tohua hei whakanoho i nga waahanga kiko. Kei roto i tenei waahi hopu nga waahi tohu, e rite ana ki tetahi waahi mokowā motuhake i roto i te kiko. Ko nga ngota ngota RNA i hopukina mai i te kiko ka tapaina ki nga tohu molecular identifiers (UMIs) i roto i te tukanga whakawhiti whakamuri. Ko enei waahi tohu me nga UMI ka taea te mapi mokowā tika me te inenga o te whakaaturanga ira i te taumira o te pūtau kotahi. Ko te whakakotahitanga o nga tauira mokowhiti me nga UMI ka whakarite i te tika me te motuhake o nga raraunga i hangaia. Ma te whakamahi i tenei hangarau Spatial Transcriptomics, ka hohonu ake te maarama o nga kairangahau ki te whakahaere mokowā o nga pūtau me nga taunekeneke irapoi matatini e puta ana i roto i nga kopa, e whakaatu ana i nga whakaaro nui ki nga tikanga e whai ana i nga mahi koiora i roto i nga waahi maha, tae atu ki te oncology, neuroscience, te koiora whanaketanga, immunology. , me nga rangahau huaota.
Paerewa: 10X Genomics Visium me Illumina NovaSeq
-
Te Whakaraupapa mRNA-Nanopore
Ahakoa ko te raupapatanga mRNA e ahu mai ana i te NGS he taputapu maha mo te ine i te whakaputanga ira, na te whakawhirinaki ki nga panui poto ka aukati i te kaha ki nga tātaritanga tuhinga matatini. I tetahi atu taha, ko te raupapa nanopore e whakamahi ana i nga hangarau panui-roa, e taea ai te raupapa o nga tuhinga mRNA roa-katoa. Ko tenei huarahi ka whakahaere i te torotoro matawhānui o te momo momo momo, te whakakotahitanga ira, te poly-adenylation, me te inenga o te mRNA isoforms.
Ko te raupapa Nanopore, he tikanga e whakawhirinaki ana ki nga tohu hiko o te nanopore kotahi-rolepore, e whakarato ana i nga hua i roto i te waa. Ma te aratakihia e nga pūmua motopaika, ka herea te DNA pae-rua ki nga pūmua nanopore kua mau ki roto i te kiriata koiora, ka wetewete i te wa e haere ana i te hongere nanopore i raro i te rereketanga ngaohiko. Ko nga tohu hiko motuhake i hangaia e nga turanga rereke i runga i te whenu DNA ka kitea, ka whakarōpūhia i roto i te waa-a-waa, e whakahaere ana i te raupapa nucleotide tika me te haere tonu. Ko tenei huarahi auaha ka hinga i nga herenga panui-poto me te whakarato i te papaaho hihiko mo te tātaritanga ira ira uaua, tae atu ki nga rangahau tuhinga matatini, me nga hua tonu.
Papaaho: Nanopore PromethION 48
-
Te raupapa mRNA roa-katoa -PacBio
Ahakoa ko te raupapa mRNA i runga i te NGS he taputapu maha mo te ine i te whakaputanga ira, na te whakawhirinaki ki nga panui poto ka aukati i te whakamahi i roto i nga tātaritanga tuhinga matatini. I tetahi atu taha, ko te raupapa PacBio (Iso-Seq) e whakamahi ana i nga hangarau panui-roa, e taea ai te raupapa o nga tuhinga roa mRNA. Ko tenei huarahi ka whakahaere i te torotoro matawhānui o te momo hono, te whakakotahitanga ira, me te poly-adenylation. Heoi ano, tera ano etahi atu whiringa mo te inenga korero ira na te nui o nga raraunga e hiahiatia ana. Ko te hangarau raupapa PacBio e whakawhirinaki ana ki te raupapa-a-roopu kotahi, wa-tuuturu (SMRT), e whakarato ana i te painga motuhake ki te hopu i nga tuhinga roa mRNA. Ko tenei huarahi auaha ko te whakamahi i nga kaiarahi ngaru-kore (ZMWs) me nga puna hangahanga moroiti e taea ai te mataki i te wa-tui mo nga mahi polymerase DNA i te wa e raupapa ana. I roto i enei ZMW, ka whakahiatohia e te polymerase DNA a PacBio he whenu taapiri o te DNA, ka whakaputa i nga panui roa e toro ana i te katoa o nga tuhinga mRNA. Ko te mahi a PacBio i roto i te aratau Raupapa Whakaaetanga Porohita (CCS) ka whakarei ake i te tika ma te whakaraupapa tonu i taua ngota ngota. Ko nga panui HiFi i hangaia he tika te whakataurite ki te NGS, ka whai waahi atu ki te tātaritanga matawhānui me te pono o nga ahuatanga whakawhiti korero uaua.
Paerewa: PacBio Sequel II; PacBio Revio
-
Eukaryotic mRNA Sequencing-NGS
Ko te raupapatanga mRNA, he hangarau whai kiko, ka whakamana i te whakamaarama matawhānui o nga tuhinga mRNA katoa i roto i nga pūtau i raro i nga tikanga motuhake. Na te whanuitanga o ana tono, ka hurahia e tenei taputapu mata-matau nga korero mo te whakaputa ira ira, nga hanganga ira, me nga tikanga rapoi e hono ana ki nga momo tikanga koiora. I whakamahia nuitia i roto i te rangahau taketake, te taatai haumanu, me te whanaketanga raau taero, ko te raupapa mRNA e whakaatu ana i nga maaramatanga ki nga uauatanga o te hihiko pūkoro me te ture ira, e whakaohooho ana i te maarama mo tona kaha ki nga momo mara.
Paerewa: Illumina NovaSeq X; DNSSEQ-T7
-
Kore-Reference based mRNA Sequencing-NGS
Ko te raupapa mRNA e whakamana ana i te whakamaarama matawhānui o nga tuhinga mRNA katoa i roto i nga pūtau i raro i nga tikanga motuhake. Ko tenei hangarau hou he taputapu kaha, e hura ana i nga korero mo te whakaputa ira ira, nga hanganga ira, me nga tikanga rapoi e hono ana ki nga momo tikanga koiora. I whakamahia nuitia i roto i te rangahau taketake, te tātari haumanu, me te whanaketanga raau taero, ko te raupapa mRNA e whakaatu ana i nga maaramatanga ki nga uauatanga o te hihiko pūkoro me te ture ira.
Paerewa: Illumina NovaSeq X; DNSSEQ-T7
-
Roa Kore-waehere Whakaraupapa-Illumina
Ko nga RNA kore-whakawaehere roa (lncRNAs) he roa ake i te 200 nucleotides he iti nei te kaha ki te whakawaehere, he mea tino nui i roto i te RNA kore-waehere. Ka kitea i roto i te karihi me te cytoplasm, ka whai waahi nui enei RNA i roto i nga ture epigenetic, transcriptional, me muri-whakawhitinga, e whakaatu ana i to raatau hiranga ki te hanga i nga tukanga pūkoro me te ngota. Ko te raupapa LncRNA he taputapu kaha i roto i te rereketanga o te Pūtau, Ontogenesis, me nga mate Tangata.
Paerewa: Illumina NovaSeq
-
RNA Sequencing-Illumina iti
Ko nga ngota ngota RNA iti (sRNA), kei roto ko nga microRNAs (miRNAs), nga RNA pokanoa iti (siRNAs), me nga piwi-interacting RNAs (piRNAs). I roto i enei, ko nga miRNA, tata ki te 18-25 nucleotides te roa, he mea tino rongonui mo o raatau mana whakahaere i roto i nga momo momo mahi pūkoro. Ma nga tauira korero motuhake me te waahanga-motuhake, ka whakaatu nga miRNA i te tino tiaki puta noa i nga momo rereke.
Paerewa: Illumina NovaSeq
-
CircRNA Sequencing-Illumina
Ko te raupapa RNA porowhita (circRNA-seq) he tohu me te tātari i nga RNA porohita, he karaehe ngota ngota RNA e hanga ana i nga koropiko kati na te kore-canonical splicing takahanga, e whakarato ana i tenei RNA ki te mau tonu. Ahakoa kua kitea etahi circRNAs hei hautai microRNA, he whakakorikori i nga microRNAs me te aukati i a raatau ki te whakahaere i o raatau mRNAs, ko etahi atu circRNA ka taea te taunekeneke ki nga pūmua, te whakarereke i te whakaaturanga ira, te whai waahi ranei i roto i nga tukanga pūkoro. Ko te tātari whakaaturanga circRNA e whakarato ana i nga tirohanga ki nga mahi ture o enei ngota ngota me o raatau hiranga i roto i nga momo momo tukanga pūkoro, nga waahanga whanaketanga, me nga ahuatanga o te mate, e whai waahi ana ki te maaramatanga hohonu ki te uaua o te ture RNA i roto i te horopaki o te whakaaturanga ira.
-
Te Whakaraupapa Whakaahua Katoa - Illumina
Ko te raupapa tuhinga katoa e tuku ana i te huarahi matawhānui ki te whakaatu i nga momo ngota ngota RNA kanorau, ka uru ki nga tohu (mRNA) me nga RNA kore-waehere (lncRNA, circRNA, me te miRNA). Ka hopuhia e tenei tikanga te katoa o te tuhinga o nga pūtau motuhake i tetahi wa, ka taea te maarama ki te katoa o nga tikanga pūkoro. Kei te mohiotia ano ko "te raupapa RNA katoa," ko te whai ki te hura i nga whatunga ture whakaraerae i te taumata transcriptome, ka taea te tātari hohonu penei i te whakataetae RNA endogenous (ceRNA) me te tātaritanga RNA tahi. Ka tohu tenei i te taahiraa tuatahi ki te tohu mahi, ina koa ki te wetewete i nga whatunga ture e pa ana ki nga taunekeneke ceRNA-a-circRNA-miRNA-mRNA.
