-
BMKMANU S3000_Spatial Transcriptome
Ko nga tuhinga tuhi mokowā kei mua i te mahi auaha putaiao, e whakamana ana i nga kairangahau ki te ruku ki nga tauira whakaputanga ira uaua i roto i nga kopa me te pupuri i o raatau horopaki mokowā. I waenganui i nga momo papaaho, kua whakawhanakehia e BMKGene te BMKManu S3000 Spatial Transcriptome Chip, e whakanui ana i te taumira whakarei ake o te 3.5µm, ka eke ki te awhe subcellular, me te whakaahei i nga tautuhinga taumira taumata-maha. Ko te maramara S3000, tata ki te 4 miriona nga waahi, e whakamahi ana i nga microwell kua whakakikoruatia ki nga pirepire kua utaina ki nga tirotiro hopu mokowhiti. He whare pukapuka cDNA, he mea whakarangatira ki nga tohu tohu mokowhiti, kua whakaritea mai i te maramara S3000, a muri iho ka whakaraupapahia i runga i te papaaho Illumina NovaSeq. Ko te whakakotahitanga o nga tauira mokowhiti me nga UMI ka whakarite i te tika me te motuhake o nga raraunga i hangaia. Ko te maramara BMKManu S3000 he tino whai kiko, e tuku ana i nga tautuhinga taumira taumata-maha ka taea te whakatika ki nga momo kopa me nga taumata taipitopito e hiahiatia ana. Ma tenei urutau ka tuu te maramara hei whiringa tino pai mo nga rangahau mokowhiti mokowhiti kanorau, me te whakarite i te kohinga mokowā me te haruru iti. Ma te whakamahi i te hangarau wehewehe pūtau me te BMKManu S3000 ka taea te whakatau i nga raraunga whakawhiti ki nga rohe o nga pūtau, ka puta he tātaritanga he tikanga koiora tika. I tua atu, ko te pai ake o te whakataunga o S3000 ka nui ake te maha o nga ira me nga UMI kua kitea mo ia pūtau, e taea ai te tātaritanga tika ake o nga tauira tuhi mokowā me te kohinga o nga pūtau.
-
Te raupapa RNA karihi kotahi
Ko te whakawhanaketanga o te hopu putau-kotahi me nga tikanga hanga wharepukapuka ritenga, i honoa me te raupapatanga teitei, kua huri i nga rangahau whakaputanga ira i te taumata o te pūtau. Ma tenei pakaruhanga ka taea te tātaritanga hohonu me te matawhānui o te taupori pūtau uaua, te hinga i nga here e pa ana ki te whakaputanga ira toharite ki runga i nga pūtau katoa, me te pupuri i te rereketanga pono i roto i enei taupori. Ahakoa ko te raupapa RNA pūtau-kotahi (scRNA-seq) he painga kaore e taea te whakakore, ka pa ki nga wero i roto i etahi kopa ka uaua te hanga o te whakatārewatanga o te pūtau kotahi me te hiahia tauira hou. I BMKGene, ka whakatauhia e matou tenei raru ma te tuku i te raupapa RNA karihi kotahi (snRNA-seq) ma te whakamahi i te hangarau 10X Genomics Chromium hou. Ko tenei huarahi ka whakawhanuihia te awhiowhio o nga tauira ka taea ki te wetewete tuhinga i te taumata-a-taumata.
Ko te wehenga o te karihi ka tutuki ma te maramara 10X Genomics Chromium auaha, e whakaatu ana i te punaha microfluidics e waru nga hongere me nga whakawhiti rua. I roto i tenei punaha, ko nga pirepire gel e whakauru ana i nga tohu tohu, i nga mea tuatahi, i nga enzymes, me te karihi kotahi ka kapi ki roto i nga pata hinu nanoliter-rahi, ka hangaia he Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Whai muri i te hanganga o te GEM, ka puta te lysis pūtau me te tuku tohu tohu i roto i ia GEM. I muri mai, ka tukuna nga ngota ngota mRNA ki roto i nga cDNA, ka whakauru i nga tohu tohu 10X me nga Kaitohu Molecular Unique (UMI). Ko enei cDNA ka tukuna ki te hanganga whare pukapuka raupapa paerewa, e whakahaere ana i te torotoro pakari me te matawhānui o nga whakaaturanga whakaaturanga ira i te taumata-tautahi.
Paerewa: 10× Genomics Chromium me Illumina NovaSeq Platform
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Ko te transcriptomics mokowhiti he hangarau hou e taea ai e nga kairangahau te tirotiro i nga tauira whakaaturanga ira i roto i nga kopa me te pupuri i o raatau horopaki mokowā. Ko tetahi papaahi kaha i tenei rohe ko te 10x Genomics Visium me te raupapa Illumina. Ko te maataapono o te 10X Visium kei runga i tetahi maramara motuhake me te waahi hopu kua tohua hei whakanoho i nga waahanga kiko. Kei roto i tenei waahi hopu nga waahi tohu, e rite ana ki tetahi waahi mokowā motuhake i roto i te kiko. Ko nga ngota ngota RNA i hopukina mai i te kiko ka tapaina ki nga tohu molecular identifiers (UMIs) i roto i te tukanga whakawhiti whakamuri. Ko enei waahi tohu me nga UMI ka taea te mapi mokowā tika me te inenga o te whakaaturanga ira i te taumira o te pūtau kotahi. Ko te whakakotahitanga o nga tauira mokowhiti me nga UMI ka whakarite i te tika me te motuhake o nga raraunga i hangaia. Ma te whakamahi i tenei hangarau Spatial Transcriptomics, ka hohonu ake te maarama o nga kairangahau ki te whakahaere mokowā o nga pūtau me nga taunekeneke irapoi matatini e puta ana i roto i nga kopa, e whakaatu ana i nga whakaaro nui ki nga tikanga e whai ana i nga mahi koiora i roto i nga waahi maha, tae atu ki te oncology, neuroscience, te koiora whanaketanga, immunology. , me nga rangahau huaota.
Paerewa: 10X Genomics Visium me Illumina NovaSeq
