-
Whakatauritenga Genomics
Ko nga momo iraira whakatairite ko te tirotiro me te whakatairite i nga raupapa ira katoa me nga hanganga i waenga i nga momo momo. E whai ana tenei mara ki te hura i te kukuwhatanga o nga momo, te wetewete i nga mahi ira, me te whakamarama i nga tikanga whakahaere ira ma te tautuhi i nga hanganga raupapa me nga huānga e tiakina ana, rereke ranei i roto i nga momo rauropi. Ko te rangahau matawhānui whakatairite ira e uru ana ki nga tātaritanga penei i nga whanau ira, te whanaketanga o te kukuwhatanga, nga takahanga taarua-ira katoa, me te paanga o nga pehanga whiriwhiri.
-
Ira Kunenga
Ko te taupori me te tüäpapa tätari ira kunenga kua whakatüria i runga i te kaupapa o te wheako nui kua whakaemihia i roto i te roopu BMK R&D mo nga tau. He taputapu pai ki te kaiwhakamahi ina koa mo nga kairangahau karekau nei i te tino tohunga ki te koiora. Ma tenei turanga e taea ai te tātaritanga taketake e pa ana ki te ira kunenga, tae atu ki te hanga rakau phylogenetic, te tātaritanga honohono, te aromatawai ira kanorau, te tātari sweep whiriwhiri, te tātaritanga whanaungatanga, te PCA, te tātari hanganga taupori, aha atu.
-
Hi-C Based Genome Assembly
Ko te Hi-C he tikanga i hangaia hei hopu i te whirihoranga chromosome ma te whakakotahi i nga tauwhitinga-a-tata-tata me te raupapa-a-nui. Ko te kaha o enei taunekeneke e whakaponohia ana he kino te hono ki te tawhiti tinana o nga chromosomes. Na reira, ka whakamahia nga raraunga Hi-C hei arahi i te whakarapopototanga, te ota, me te whakatakotoranga o nga raupapa kua whakaemihia i roto i te tauira iraira me te punga i era ki runga i te maha o nga chromosomes. Ka whakamanahia e tenei hangarau he huihuinga ira ira taumata-chromosome ki te kore he mapi ira-a-taupori. Me Hi-C ia ira tangata kotahi.
-
Tipu/Kanarehe De Novo Genome Sequencing
De NovoKo te raupapatanga e pa ana ki te hanga o te momo ira katoa o te momo ma te whakamahi i nga hangarau raupapa i te mea kaore he momo tohutoro. Ko te whakaurunga me te whaanuitanga o te raupapatanga reanga tuatoru, e whakaatu ana i nga panui roa ake, kua tino whakanui ake te huihuinga ira ma te whakanui ake i te inaki i waenga i nga panui. He mea tino tika tenei whakarei i te wa e pa ana ki nga momo ira whakawero, penei i era e whakaatu ana i te heterozygosity teitei, te tauwehenga teitei o nga rohe tukurua, polyploids, me nga rohe whai huanga tukurua, nga ihirangi GC rerekee, he tino uaua ranei te nuinga o te waa e whakahiato ana ma te whakamahi i te raupapa panui-poto. anake.
Ko ta maatau otinga kotahi-mutu e whakarato ana i nga ratonga raupapa whakaurunga me te tātari bioinformatic e tuku ana i te kounga teitei o te ira o te novo kua huihuia. Ko te rangahau ira ira tuatahi me te Illumina e whakarato ana i nga whakatau tata mo te rahi me te uaua o te ira ira, a ka whakamahia enei korero hei arahi i te mahi a muri ake o te raupapa panui-roa me te PacBio HiFi, whai muri maino novohui o contigs. Ko te whakamahi i muri mai o te huihuinga HiC ka taea te punga o nga contigs ki te genome, ka whiwhi i te huihuinga taumata-chromosome. Ka mutu, ka tohuhia te ira ira ma te matapae ira me te raupapa ira kua whakahuahia, ka huri ki nga tuhinga tuhi poto me te roa.
-
Tangata Katoa Exome Sequencing
Ko te Whakaraupapa Tangata Katoa o waho (hWES) e tino mohiohia ana he huarahi whai hua me te whai hua mo te raupapa raupapatanga mo te tohu i nga rerekee-mate. Ahakoa ko te 1.7% noa iho o te ira ira tangata, ka whai waahi nui nga exons ma te whakaata tika i te tohu o nga mahi pūmua katoa. Otirā, i roto i te ira tangata, neke atu i te 85% o nga huringa e pa ana ki nga mate e kitea ana i roto i nga rohe whakawaehere pūmua. Ka tukuna e BMKGENE he ratonga whakahiato exome katoa e rua nga momo rautaki hopu exon e waatea ana ki te whakatutuki i nga whaainga rangahau.
-
Whakaraupapa Wāhanga Whakanuia Tauwhāiti-Locus (SLAF-Seq)
Ko te tohu-a-ira-a-ira, otira mo nga taupori nui, he mahi nui i roto i nga rangahau hononga ira me te whakarato i te kaupapa ira mo te kitenga ira mahi, te tātaritanga kukuwhatanga, me era atu.Whakaitihia te Whakaaturanga Genome Sequencing (RRGS)he maha nga wa e whakamahia ana i roto i enei rangahau ki te whakaiti i te utu raupapa mo ia tauira i te wa e mau tonu ana te whai hua ki te kitenga tohu ira. Ka tutuki tenei i te RRGS ma te keri i te DNA me nga whākōkī aukati me te aro ki te awhe rahi o te kongakonga, na reira ka whakaraupapahia he hautanga noa o te ira. I roto i nga momo tikanga RRGS, Ko te Whakaritenga Wahi Whakanuia-Locus (SLAF) he huarahi whakarite me te kounga teitei. Ko tenei tikanga, he mea hanga motuhake e BMKGene, e arotau ana i te whaariki aukati kua whakaritea mo ia kaupapa. Ma tenei ka whakarite te whakatipuranga o te maha o nga tohu SLAF (400-500 bps rohe o te ira ira e whakaraupapahia ana) ka tohatoha rite puta noa i te ira i te wa e karo ana i nga rohe tukurua, na reira ka tino kitea te kitenga tohu ira pai rawa atu.
-
Illumina whare pukapuka hanga-mua
Hangarau raupapa Illumina, i runga i te Sequencing by Synthesis (SBS), he auahatanga NGS e awhi ana i te ao, he kawenga mo te whakaputa neke atu i te 90% o nga raraunga raupapa o te ao. Ko te maataapono o te SBS ko te whakamaarama i nga tohu karekau e taea te whakahuri i te wa e taapirihia ana ia dNTP, katahi ka wehea kia taea ai te whakauru o te turanga e whai ake nei. Me nga dNTP e wha kua herea ki te mutunga ka taea te huri i ia huringa raupapa, ka whakaitihia e te whakataetae taiao te rītaha whakauru. Ka tautokohia e tenei hangarau maha nga whare pukapuka panui kotahi me nga whare pukapuka takirua, e whakatutuki ana i nga momo tono ira tangata. Ko te kaha o te raupapatanga o Illumina me te tino tika ka tuu hei kohatu kokonga i roto i te rangahau ira tangata, e whakamana ana i nga kaiputaiao ki te wetewete i nga uauatanga o nga ira ira me nga korero kore rite me te pai.
Ko ta maatau ratonga raupapa pukapuka i hangaia i mua ka taea e nga kaihoko te whakarite i nga whare pukapuka raupapa mai i nga puna rereke (mRNA, genome katoa, amplicon, whare pukapuka 10x, me etahi atu). I muri mai, ka taea te tuku i enei whare pukapuka ki o maatau pokapu raupapa mo te whakahaere kounga me te raupapa i roto i nga papaaho Illumina.
