-
Raupapa Metagenomic -NGS
Ko te metagenome he kohinga o nga rawa ira katoa o te hapori whakauru o nga rauropi, penei i te metagenome taiao me te tangata. Kei roto i nga momo moroiti e rua ka taea te whakatipu me te moroiti kore. Ko te raupapatanga metagenomic shotgun me te NGS ka taea te rangahau o enei whenua ira tangata uaua kua mau ki roto i nga tauira taiao ma te whakarato i nga korero nui atu i te taakeha, e whakaatu ana hoki i nga maaramatanga mo te kanorau momo, te nui o te hihiri, me nga hanganga taupori uaua. I tua atu i nga rangahau taake, ka tukuna ano e te metagenomics shotgun he tirohanga ira tangata mahi, e taea ai te torotoro i nga ira kua whakawaeheretia me o raatau mahi putative i roto i nga tikanga kaiao. Ka mutu, ko te whakatuu hononga honohono i waenga i nga huānga ira me nga ahuatanga o te taiao ka whai waahi ki te maaramatanga o te katoa ki te hononga whakahirahira i waenga i nga hapori microbial me o raatau ahuatanga kaiao. Hei whakamutunga, ko te raupapatanga metagenomic te mea tino nui mo te wetewete i nga uauatanga ira o nga hapori microbial kanorau, e whakamarama ana i nga hononga maha i waenga i te ira me te rauropi i roto i enei punaha rauwiringa kaiao.
Paerewa: Illumina NovaSeq me DNBSEQ-T7
-
Raupapa Metagenomic-TGS
Ko te metagenome he kohinga o nga mea ira o te hapori whakauru o nga rauropi, penei i te metagenomes taiao me te tangata. Kei roto i nga momo moroiti e rua ka taea te whakatipu me te moroiti kore. Ma te raupapa metagenomic e taea ai te ako mo enei whenua ira tangata uaua kua mau ki roto i nga tauira kaiao ma te tuku atu i nga tohu taakete. Ka tukuna ano he tirohanga ira tangata ma te tirotiro i nga ira kua whakawaeheretia me o raatau mahi putative i roto i nga tikanga taiao. Ahakoa kua whakamahia nuitia nga huarahi pu mapu tuku iho me te raupapa Illumina i roto i nga rangahau metagenomic, na te taenga mai o te Nanopore me te PacBio kua roa te panui panui kua huri te mara. Ko te hangarau Nanopore me te PacBio te whakarei ake i nga tātaritanga bioinformatic o raro, ara te huihuinga metagenome, me te whakarite kia nui ake nga huihuinga. Ko nga purongo e whakaatu ana ko te Nanopore-based me te PacBio-based metagenomics kua angitu te hanga i nga ira huakita oti me te kati mai i nga microbiomes matatini (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Ko te whakauru i nga panui Nanopore me nga panui Illumina e whakarato ana i te huarahi rautaki mo te whakatika hapa, te whakaiti i te iti o te tika o Nanopore. Ko tenei huinga whakakotahitanga e whai hua ana i nga kaha o ia papahanga raupapa, e tuku ana i te otinga pakari ki te hinga i nga herenga pea me te ahu whakamua i te tika me te pono o nga tātaritanga metagenomic.
Paerewa: Nanopore PromethION 48, Illumia me PacBio Revio
-
Te raupapa ira tangata bisulfite (WGBS)
Ko te Katoa o te Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) te tikanga koura-paerewa mo te torotoro hohonu mo te methylation DNA, inaa ko te tuarima o te tuunga i roto i te cytosine (5-mC), he kaiwhakahaere tino nui o te whakaputa ira me te mahi pūkoro. Ko te maataapono kei raro i te WGBS ko te maimoatanga bisulfite, e whakaawe ana i te huringa o nga cytosines unmethylated ki te uracil (C ki U), i te wa e waiho ana nga cytosines methylated kia kore e rereke. Ko tenei tikanga e tuku ana i te whakataunga turanga-kotahi, ka taea e nga kairangahau te tirotiro whanui i te methylome me te hura i nga tauira methylation rerekee e pa ana ki nga momo ahuatanga, ara te mate pukupuku. Ma te whakamahi i te WGBS, ka taea e nga kaiputaiao te mohio ki nga whenua methylation puta noa i te ira-ira, me te maarama ki nga tikanga epigenetic e whai ana i nga momo tikanga koiora me nga mate.
-
Te Whakatairanga mo te Chromatin Whakawhiti-Uhoe me te Whakaraupapa Whakaraupapa Teitei (ATAC-seq)
Ko te ATAC-seq he tikanga whakahiato teitei e whakamahia ana mo te tātari urunga chromatin-whanui ira. Ma te whakamahi i te maaramatanga hohonu ake mo nga tikanga uaua o te mana epigenetic o te ao mo te whakaaturanga ira. Ka whakamahia e te tikanga he transposase Tn5 hyperactive ki te wawahi me te tohu i nga rohe chromatin tuwhera ma te whakauru i nga taapiri raupapa. Ko te whakakaha PCR o muri mai ka puta he whare pukapuka raupapa, e taea ai te tautuhi matawhānui o nga rohe chromatin tuwhera i raro i nga tikanga mokowhiti. Ka whakarato a ATAC-seq i te tirohanga katoa mo nga whenua chromatin e waatea ana, kaore i rite ki nga tikanga e aro noa ana ki nga waahi herenga take tuhi, ki nga rohe motuhake kua whakarerekehia e te histone. Na roto i te whakaraupapa i enei rohe chromatin tuwhera, ka whakaatu a ATAC-seq i nga rohe ka kaha ake te kaha o nga raupapatanga ture me nga waahi whakahiatotanga o nga waahi taapiri, e whakaatu ana i nga whakaaro nui ki te whakarereketanga hihiri o te whakaaturanga ira puta noa i te genome.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Ko nga ira 16S me te 18S rRNA, me te rohe Internal Transcribed Spacer (ITS), ka noho hei tohu tohu matimati rāpoi nui na runga i te whakakotahitanga o nga rohe tino tiakina me te tino rerekee, na te mea he taputapu utu nui mo te tohu rauropi prokaryotic me te rauropi eukaryotic. Ko te whakanui me te raupapa o enei rohe he huarahi mokemoke-kore mo te tirotiro i te hanganga moroiti me te kanorau puta noa i nga momo rauwiringa kaiao. Ahakoa ko te raupapa Illumina e aro ana ki nga rohe rerekee poto penei i te V3-V4 o te 16S me te ITS1, kua whakaatuhia ko te tohu taakete teitei ka taea ma te raupapa i te roanga o te 16S, 18S, me ITS. Ko tenei huarahi matawhānui ka nui ake te paheketanga o nga raupapa kua whakarōpūtia tika, ka eke ki te taumata whakatau ka toro atu ki te tautuhi momo. Ko te tüäpapa raupapa raupapa Molecule Single-Molecule (SMRT) a PacBio e tu ana ma te whakarato i nga panui roa tino tika (HiFi) e kapi ana i nga amplicons roa-katoa, he whakataetae i te tika o te raupapa Illumina. Ma tenei kaha ka taea e nga kairangahau te whiwhi painga kore e rite - he tirohanga panoramic o te whenua ira. Ko te whakamaaramatanga roa e tino whakanuia ana te whakatau i roto i nga korero mo nga momo, otira i roto i nga hapori huakita, harore ranei, kia hohonu ake ai te maarama ki nga uauatanga o te taupori moroiti.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Ko te raupapa Amplicon me te hangarau Illumina, e aro ana ki nga tohu ira ira 16S, 18S, me ITS, he huarahi kaha mo te wetewete i te tikanga, te taake, me te tini o nga momo i roto i nga hapori microbial. Kei roto i tenei huarahi te whakaraupapa i nga rohe rerekee o nga tohu ira tiaki whare. I whakaurua tuatahi hei tapumati ngota naWoeses et ali te tau 1977, kua huri tenei tikanga ki te whakaputa korero moroiti ma te whakaahei i nga tātari-kore-kore. Na roto i te raupapatanga o te 16S (huakita), 18S (harore), me te Rorohiko Whakakotahi Mokowhiti (ITS, harore), ka taea e nga kairangahau te tautuhi ehara i te tini noa nga momo engari ano hoki nga momo onge me te kore e mohiotia. I whakamahia whanui hei taputapu tino nui, kua whai waahi te raupapa amplicon ki te mohio ki nga titonga moroiti rereke puta noa i nga taiao rereke, tae atu ki te waha tangata, whekau, kutae, me tua atu.
-
Huakita me te harore Katoa te Whakaraupapa Anō i te Genome
Ko nga kaupapa whakaraupapa-a-ira-a-katoa o te huakita me te harore he mea tino nui mo te ahu whakamua ira moroiti ma te whakamana i te otinga me te whakatairite o nga ira moroiti. Ma tenei ka awhina i te miihini FERMENTATION, te arotautanga o nga mahi ahumahi, me te torotoro i nga huarahi whakawhiti tuarua. I tua atu, he mea nui te raupapatanga harore me te huakita kia mohio ai ki te urutaunga o te taiao, ki te arotau i nga riaka, me te whakaatu i nga hihiko o te whanaketanga ira, me te whanuitanga o nga paanga ki te rongoa, ahuwhenua, me te putaiao taiao.
-
PacBio-Katoa-roa 16S/18S/ITS Whakaraupapa Amplicon
Amplicon (16S/18S/ITS) papaaapapa kua whakawhanakehia me nga tau o te wheako i roto i te rangahau kaupapa kanorau moroiti, kei roto he tātari taketake me te tātaritanga whaiaro: ko te tātaritanga taketake e hipoki ana i nga ihirangi tātari auraki o te rangahau moroiti o naianei, he taonga me te matawhānui te ihirangi tātari, a ka whakaatuhia nga hua tātaritanga ki te ahua o nga ripoata kaupapa; He kanorau te ihirangi o te tātaritanga whaiaro. Ka taea te kowhiri i nga tauira ka taea te whakarite ngawari i runga i te purongo tātari taketake me te kaupapa rangahau, ki te whakatutuki i nga whakaritenga whaiaro. Pūnaha whakahaere Windows, ngawari me te tere.
-
PacBio-Whakaahua-Katoa (Kaore i te Tohutoro)
Ko te tango i nga raraunga raupapa Isoform a Pacific Biosciences (PacBio) hei whakaurunga, ka taea e tenei Taupānga te tautuhi i nga raupapa tuhinga roa-katoa (kaore he huihuinga). Ma te maapiri i nga raupapa-roa katoa ki te ira tohutoro, ka taea te whakatika i nga tuhinga e nga ira mohio, nga tuhinga, nga rohe whakawaehere, me etahi atu. I tenei keehi, ka taea te tautuhi tika ake o nga hanganga mRNA, penei i te taapiri rereke, me era atu. Ko te tātaritanga tahi me nga raraunga raupapa tuhinga a NGS ka taea te whakamaaramatanga matawhānui me te inenga tika ake i roto i nga korero i te taumata tuhinga, e whai hua nui ana ki te whakaputanga rerekee o raro me te tātari mahi.
-
Whakaitihia te Whakaaturanga Bisulfite Sequencing (RRBS)
Kua puta ake te Whakahekenga Whakaitinga Bisulfite Sequencing (RRBS) hei utu utu me te whai hua ki te Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) i roto i te rangahau methylation DNA. Ahakoa e whakarato ana a WGBS i nga tirohanga matawhānui ma te tirotiro i te ira ira katoa i te taumira turanga kotahi, ko te utu nui ka waiho hei take whakaiti. Ka taea e RRBS te whakaiti i tenei wero ma te whiriwhiri i tetahi waahanga o te genome. Ko tenei tikanga e whakawhirinaki ana ki te whakarangatira i nga rohe-motu nui o CpG na roto i te wehenga MspI whai muri i te kowhiringa rahi o nga kongakonga 200-500/600 bps. No reira, ko nga rohe anake e tata ana ki nga moutere CpG ka raupapahia, engari ko nga rohe kei tawhiti atu i nga moutere CpG kaore i uru ki te tātari. Ko tenei tukanga, me te raupapa bisulfite, ka taea te kimi teitei o te methylation DNA, me te huarahi raupapa, PE150, e arotahi ana ki nga pito o nga whakauru kaore i te waenganui, me te whakanui ake i te pai o te methylation profiling. Ko te RRBS he taputapu utu nui e taea ai te rangahau methylation DNA whai hua me te ahu whakamua i te matauranga mo nga tikanga epigenetic.
-
Whakaraupapa RNA Prokaryotic
Ko te raupapa RNA e whakamana ana i te whakamaarama matawhānui o nga tuhinga RNA katoa i roto i nga pūtau i raro i nga tikanga motuhake. Ko tenei hangarau hou he taputapu kaha, e hura ana i nga korero mo te whakaputa ira ira, nga hanganga ira, me nga tikanga rapoi e hono ana ki nga momo tikanga koiora. I whakamahia nuitia i roto i te rangahau taketake, te taatai haumanu, me te whanaketanga raau taero, ko te raupapa RNA e whakaatu ana i nga maaramatanga ki nga uauatanga o te hihiko pūkoro me te ture ira. Ko ta maatau tukatuka tauira RNA prokaryotic he mea whakarite mo nga tuhinga tuhi prokaryotic, e pa ana ki te whakahekenga o te rRNA me te whakarite whare pukapuka.
Paerewa: Illumina NovaSeq
-
Whakaraupapa Metatranscriptome
Ma te whakamahi i te hangarau raupapa Illumina, ka hurahia e te ratonga raupapa metatranscriptome a BMKGENE te whakaputanga ira hihiko o te tini momo moroiti, ka horahia nga eukaryotes ki te prokaryotes me nga huaketo, i roto i nga taiao taiao penei i te oneone, te wai, te moana, te kumete, me te whekau. Ko ta maatau ratonga matawhānui e whakamana ana i nga kairangahau ki te ruku ki roto i nga korero a te hapori moroiti matatini o nga whakaaturanga ira katoa. I tua atu i te tātaritanga taake, ko ta maatau ratonga raupapa metatranscriptome e whakahaere ana i te torotoro ki te whakarangatira mahi, ma te whakamarama i nga ira rerekee me o raatau mahi. Hurihia te maha o nga tirohanga koiora i a koe e whakatere ana i nga whenua matatini o te whakaaturanga ira, te rereketanga o te taake, me nga mahi hihiri i roto i enei kohanga taiao kanorau.
-
De novo Fungal Genome Assembly
Ka tukuna e BMKGENE etahi otinga maha mo nga momo ira harore, e whakatutuki ana i nga hiahia rangahau kanorau me te whakaotinga ira ira e hiahiatia ana. Ma te whakamahi i te raupapa Illumina panui poto anake ka taea te hanga i te tauira iraira. Ko nga panui-poto me te raupapa panui-roa e whakamahi ana i te Nanopore, i te Pacbio ranei e honoa ana mo te momo ira harore parakore me nga taapiri roa ake. I tua atu, ko te whakauru i te raupapa Hi-C ka whakanui ake i nga kaha, e taea ai te whiwhi i te genome taumata-chromosome.
