-
Whakawhitiwhiti Chromatin i runga i te Hi-C
Ko te Hi-C he tikanga i hangaia hei hopu i te whirihoranga ira tangata ma te whakakotahi i nga tauwhitinga-a-tata ki te tirotiro me te raupapa-a-nui. I ahu mai te tikanga i runga i te honohono chromatin ki te formaldehyde, ka whai i te nakunaku me te whakawhanaunga ano i runga i te tikanga ko nga kongakonga anake e hono tahi ana ka puta nga hua here. Na roto i te raupapa i enei hua hononga, ka taea te ako i te whakahaere 3D o te genome. Ka taea e Hi-C te ako i te tohatoha o nga wahanga o te genome e ngawari ana te kikii (A compartments, euchromatin) me te kaha ake o te mahi whakawhiti, me nga rohe e piri ana (B compartments, Heterochromatin). Ka taea hoki te whakamahi Hi-C ki te tohu i nga Topologically Associated Domains (TADs), nga rohe o te ira ira tangata kua takai nga hanganga, he rite tonu nga tauira korero, me te tautuhi i nga koropiko chromatin, nga rohe DNA e mau ana i te punga e nga pūmua me era atu. he maha nga wa e whakarangatirahia ana i nga waahanga ture. Ko te ratonga raupapa Hi-C a BMKGene e whakamana ana i nga kairangahau ki te tuhura i nga waahanga mokowhiti o te ira tangata, me te whakatuwhera i nga huarahi hou mo te maarama ki te ture ira tangata me ona paanga ki te hauora me te mate.
-
Te Whakaraupapa Whakamaunga Whakaora Chromatin (ChIP-seq)
Ko te Chromatin Immunoprecipitation (CHIP) he tikanga e whakamahi ana i nga paturopi ki te whakarangatira i nga pūmua here-ANA me o raatau tohu ira tangata. Ko tana whakaurunga ki te NGS ka taea te whakakitenga ira-whanui o nga whaainga DNA e pa ana ki te whakarereketanga histone, nga take tuhi, me etahi atu pūmua here DNA. Ma tenei huarahi hihiri e taea ai te whakataurite o nga waahi here puta noa i nga momo momo pūtau, kopa, me nga tikanga. Ko nga tono a ChIP-Seq mai i te ako i nga ture tuhi me nga huarahi whanaketanga ki te whakamarama i nga tikanga mate, na te mea he taputapu tino nui mo te mohio ki nga whenua ture whakaraerae me te ahu whakamua i nga tirohanga rongoa.
Paerewa: Illumina NovaSeq
-
Te raupapa ira tangata bisulfite (WGBS)
Ko te Katoa o te Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) te tikanga koura-paerewa mo te torotoro hohonu mo te methylation DNA, inaa ko te tuarima o te tuunga i roto i te cytosine (5-mC), he kaiwhakahaere tino nui o te whakaputa ira me te mahi pūkoro. Ko te maataapono kei raro i te WGBS ko te maimoatanga bisulfite, e whakaawe ana i te huringa o nga cytosines unmethylated ki te uracil (C ki U), i te wa e waiho ana nga cytosines methylated kia kore e rereke. Ko tenei tikanga e tuku ana i te whakataunga turanga-kotahi, ka taea e nga kairangahau te tirotiro whanui i te methylome me te hura i nga tauira methylation rerekee e pa ana ki nga momo ahuatanga, ara te mate pukupuku. Ma te whakamahi i te WGBS, ka taea e nga kaiputaiao te mohio ki nga whenua methylation puta noa i te ira-ira, me te maarama ki nga tikanga epigenetic e whai ana i nga momo tikanga koiora me nga mate.
-
Te Whakatairanga mo te Chromatin Whakawhiti-Uhoe me te Whakaraupapa Whakaraupapa Teitei (ATAC-seq)
Ko te ATAC-seq he tikanga whakahiato teitei e whakamahia ana mo te tātari urunga chromatin-whanui ira. Ma te whakamahi i te maaramatanga hohonu ake mo nga tikanga uaua o te mana epigenetic o te ao mo te whakaaturanga ira. Ka whakamahia e te tikanga he transposase Tn5 hyperactive ki te wawahi me te tohu i nga rohe chromatin tuwhera ma te whakauru i nga taapiri raupapa. Ko te whakakaha PCR o muri mai ka puta he whare pukapuka raupapa, e taea ai te tautuhi matawhānui o nga rohe chromatin tuwhera i raro i nga tikanga mokowhiti. Ka whakarato a ATAC-seq i te tirohanga katoa mo nga whenua chromatin e waatea ana, kaore i rite ki nga tikanga e aro noa ana ki nga waahi herenga take tuhi, ki nga rohe motuhake kua whakarerekehia e te histone. Na roto i te whakaraupapa i enei rohe chromatin tuwhera, ka whakaatu a ATAC-seq i nga rohe ka kaha ake te kaha o nga raupapatanga ture me nga waahi whakahiatotanga o nga waahi taapiri, e whakaatu ana i nga whakaaro nui ki te whakarereketanga hihiri o te whakaaturanga ira puta noa i te genome.
-
Whakaitihia te Whakaaturanga Bisulfite Sequencing (RRBS)
Kua puta ake te Whakahekenga Whakaitinga Bisulfite Sequencing (RRBS) hei utu utu me te whai hua ki te Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) i roto i te rangahau methylation DNA. Ahakoa e whakarato ana a WGBS i nga tirohanga matawhānui ma te tirotiro i te ira ira katoa i te taumira turanga kotahi, ko te utu nui ka waiho hei take whakaiti. Ka taea e RRBS te whakaiti i tenei wero ma te whiriwhiri i tetahi waahanga o te genome. Ko tenei tikanga e whakawhirinaki ana ki te whakarangatira i nga rohe-motu nui o CpG na roto i te wehenga MspI whai muri i te kowhiringa rahi o nga kongakonga 200-500/600 bps. No reira, ko nga rohe anake e tata ana ki nga moutere CpG ka raupapahia, engari ko nga rohe kei tawhiti atu i nga moutere CpG kaore i uru ki te tātari. Ko tenei tukanga, me te raupapa bisulfite, ka taea te kimi teitei o te methylation DNA, me te huarahi raupapa, PE150, e arotahi ana ki nga pito o nga whakauru kaore i te waenganui, me te whakanui ake i te pai o te methylation profiling. Ko te RRBS he taputapu utu nui e taea ai te rangahau methylation DNA whai hua me te ahu whakamua i te matauranga mo nga tikanga epigenetic.
