Te Whakaraupapa Ira Katoa Te Tipu/Karehe
Nga waahanga ratonga
● Ka taea te whakarite wharepukapuka he paerewa, he PCR-kore ranei
● Kei te waatea i roto i nga papahanga raupapa e 4: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48, PacBio Revio ranei.
● Ko te tātari bioinformatic i arotahi ki te rapunga o nga momo rereke: SNP, InDel, SV me CNV
Painga Ratonga
●Nga Tohunga Nui me nga Rekoata Whakaputa: Neke atu i te 1000 nga keehi kua panuitia, neke atu i te 5000 nga momo aahua kua whakaemihia mo te raupapa ira ira.
●Matawhānui Bioinformatics Analysis: Tae atu ki te waea rereke me te tuhi korero mahi.
● Tautoko i muri i te Hokonga:Ko ta matou herenga ka toro atu ki tua atu i te otinga kaupapa me te 3 marama i muri i te hokonga ratonga. I roto i tenei wa, ka tukuna e matou he kaupapa whai ake, he awhina rapurongoa, me nga huihuinga Q&A hei whakatika i nga patai e pa ana ki nga hua.
●Panui Matawhānui: Ka whakamahia e matou nga papaaarangi maha hei tuhi i nga ira me nga rereketanga kua tautuhia me te mahi i te tātaritanga whakarangatira e rite ana, e whakarato ana i nga tirohanga mo nga kaupapa rangahau maha.
Whakatakotoranga Ratonga
| Nga momo rereke hei tautuhi | Rautaki raupapa | Te hohonu e taunaki ana |
| SNP me InDel | Illumina NovaSeq PE150 MGI T7 ranei | 10x |
| SV me CNV (he iti ake te tika) | 30x | |
| SV me CNV (tika ake) | Nanopore Prom P48 | 20x |
| SNPs, Indels, SV me CNV | PacBio Revio | 10x |
Nga Whakaritenga Tauira
| Te kopa, te waikawa karihi kua tangohia ranei | Ilumina/MGI | Nanopore | PacBio
| ||
| Kararehe Viscera | 0.5-1 g | ≥ 3.5 g
| ≥ 3.5 g
| ||
| Te uaua Kararehe | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Toto Mammalia | 1.5 mL | ≥ 0.5 mL
| ≥ 5 mL
| ||
| Toto heihei/ika | ≥ 0.1 mL
| ≥ 0.5 mL
| |||
| Te tipu- Rau hou | 1-2 g | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Pūtau Ahurea |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Te kiko ngohe ngarara/Tangata takitahi | 0.5-1 g | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| ADN kua tangohia
| Kukū: ≥ 1 ng/ µL Te nui: ≥ 30 ng He iti, kaore ranei he whakaheke, he poke ranei
| Te aro Te nui
OD260/280
OD260/230
He iti, kaore ranei he whakaheke, he poke ranei
| ≥ 40 ng/ µL 4 µg/pūtau rere/tauira
1.7-2.2
≥1.5 | Te aro Te nui
OD260/280
OD260/230
He iti, kaore ranei he whakaheke, he poke ranei | ≥ 50 ng/ µL 10 µg/pūtau rere/tauira
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| Whakaritenga Wharepukapuka kore-PCR: Kukū≥ 40 ng/ µL Te nui≥ 500 ng | |||||
Te Rerenga Mahi Ratonga
Te tuku tauira
tangohanga DNA
Te hanga whare pukapuka
Whakaraupapa
Te tātari raraunga
Te tuku raraunga
Kei roto ko te tātaritanga e whai ake nei:
- Mana Kounga Raraunga Raw
- Tatauranga o te tirohanga ki te tohutoro ira
- Tautuhinga rereke: SNP, InDel, SV me CNV
- Tuhituhi mahi o nga momo rereke
Tauanga o te tirohanga ki te tohutoro ira - te tohatoha hohonutanga
Ko te waea SNP i waenga i nga tauira maha
InDel identification – nga tatauranga mo te roa o InDel i te rohe CDS me te rohe-genome-wide
Te tohatoha rereke puta noa i te ira-ira - Circos plot
Te tuhi korero mo nga ira me nga momo rereke kua tautuhia - Gene Ontology
Chai, Q. et al. (2023) 'Ka whakatauhia e te glutathione S-transferase GhTT19 te whakangao puapua puawai ma te whakahaere i te kohinga anthocyanin i roto i te miro', Plant Biotechnology Journal, 21(2), wh. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
Cheng, H. et al. (2023) Ko te 'Chromosome-level mohoao Hevea brasiliensis genome e whakarato ana i nga taputapu hou mo te whakatipuranga awhi-a-ira me te waahi nui hei whakanui ake i nga hua rapa', Plant Biotechnology Journal, 21(5), wharangi 1058–1072. doi: 10.1111/PBI.14018.
Li, A. et al. (2021) 'Ko te Genome of the estuarine oyster e whakarato ana i nga tirohanga mo te paanga o te rangi me te kirihou urutau', Communications Biology 2021 4:1, 4(1), wharangi 1–12. doi: 10.1038/s42003-021-02823-6.
Zeng, T. et al. (2022) 'Ko te tātaritanga o nga huringa iraira me te methylation i roto i nga heihei taketake o Haina i te roanga o te waa e whakaatu ana i te maaramatanga ki te tiaki momo', Communications Biology, 5(1), wharangi 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
