Te tipu / kararehe de Novo Genume Squanunting
De novoKo te huringa e pa ana ki te hanganga o te momo momo momo ma te whakamahi i nga hangarau taiwhenua i te kore o te kohinga tohutoro. Ko te whakakitenga me te whanui mo te tuatoru o nga whakatipuranga whakatipuranga-whakatipuranga, me te whakatairanga ake i te reo Gounty ma te whakanui ake i te whakakii i waenga i nga panui. Ko tenei whakarei ake i te wa e pa ana ki nga momo wero, penei i te hunga e whakaatu ana i nga rohe tuuturu, polyploids. ko koe anake.
Ko ta maatau otinga-aukati e whakarato ana i nga ratonga taapiri me te tātaritanga Bionfinformatic e tuku ana i te kounga nui de Novo i huihuia. Ko te rangahau matua tuatahi me Illumina e whakarato ana i nga ahuatanga o te rahi me te uaua, a ka whakamahia enei korero hei arahi i te waa e whai ake nei me Pacbio Hifi, whai muride novoTuhinga o mua. Ko te whakamahi i muri mai o te Huihuinga o Hic e taea ai e te kaihoroi o nga kohinga ki te ira tangata, te tiki i te huihuinga chromosome. Hei whakamutunga, ka tohua te genime na te irava ira me te maha o nga ira ira, te whakatinana i nga tuhinga me nga panui poto me te roa.
Āhuatanga Ratonga
● Te whakaurunga o nga waahanga maha me nga ratonga bionfinformatic i roto i te otinga-aukati kotahi:
Rauemi GenEME me Illumina ki te whakatau i te rahi o te ira tangata me nga aratohu i muri mai i nga hikoinga;
Te roa o te panui mo tede novoTuhinga o mua.
Hi-c sequining mo te whiu chromosome;
MRNA Tuhinga o mua mo te tohu o nga ira;
Tuhinga o mua.
● ratonga e tika ana mo te hanga i nga momo-a-tuhi, te whakapai ake ranei i nga ira tangata e whai kiko ana mo nga momo paanga.
Painga ratonga
Te whanaketanga o nga papaaho sequenting me te bionfinformacs i roto ide novoHuihuinga Gniny
(Amarasinghe sl et al.,Koioro Koiora2020)
●He maha nga tohungatanga me te rekoata whakaputanga: Kua whakaemihia e Bmkgene he wheako nui i roto i te huihuinga Gennome kounga nui, tae atu ki nga momo konutai me nga momo tino uaua o nga momo polyploid me nga momo allopolyploid. Mai i te tau 2018, kua uru atu matou ki runga300 Nga whakaputanga o te paanga-nui, me te 20+ o enei ka whakaputaina i roto i nga momo taiao.
● Te otinga kotahi-aukati: Ko ta maatau huarahi whakaurunga he whakakotahi i nga hangarau maha me te bionfinformatic he tātari ki te mahi whakahiato, e tuku ana i te tino rangatiratanga.
●I hangaia ki o hiahia: Ka taea e ta maatau mahi mahi ratonga, me tuku te whakatikatika mo nga genome me nga waahanga rangahau motuhake me nga hiahia rangahau motuhake. Kei roto i tenei ko te whakanoho i nga ira tangata nui, nga ira polyploid, nga ira heterozygous, me te maha atu.
●He tino pukenga a Bionfinformacs me te roopu Laboratorial: Ma te wheako nui i roto i te whakamatautau me te bionfinformacs o mua o nga huihuinga generie matatini me te raupapa o nga pateni me nga mana whakahaere rorohiko.
●Tautoko Kaainga-Hokohoko:Ko ta tatou pumau ki te whakaoti i te otinga o te kaupapa me te waa 3-marama i muri i te waa. I roto i tenei waa, ka whakaekea e maatau te kaupapa whai ake, e pa ana ki te awhina, me te Q & he huihuinga hei whakatika i nga paatai e pa ana ki nga hua.
Whakariterite Ratonga
| Rangahau GenEme | Huihuinga Gniny | Chromosome-taumata | Whakanuitanga Genome |
| 50x te Illumina Novaseq Pe150
| 30x Pacbio CCS HIFI Pānuihia | 100x hi-c | Rna-seq illumina P150 10 GB + (Kōwhiringa) Te roa o te RNA-SEQ Pacbio 40 GB ranei Nanoope 12 GB |
Whakaritenga Ratonga
Mo te rangahau Geneme, huihuinga Gnieme me Hi-C Gustion:
| Kiko, waikawa waikawa karihi ranei | Rangahau GenEme | Huihuinga Gnieni me Pacbio | HI-C GUST |
| Viscera kararehe | 0.5-1 g
| ≥ 3.5 g | ≥2 g |
| Uaua kararehe | ≥ 5 g | ||
| Toto toto | 1.5 ml
| ≥ 5 ml | ≥2 ml |
| Te toto heihei / ika | ≥ 0.5 ml | ||
| Tipu- rau hou | 1-2 g | ≥ 5 g | ≥ 4 g |
| Ko nga pūtau ahurea |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| Pēpeke | 0.5-1 g | ≥ 3 g | ≥ 2 g |
| DNA | Te kukū: ≥1 ng / μl Moni ≥ 30 ng Whāiti, kaore ranei he ngoikore, he paitini ranei | Te kukū: ≥ 50 Ng / μl Te moni: 10 μg / hua rere / tauira Od260 / 280 = 1.7-2.2 Od260 / 230 = 1.8-2.5 Whāiti, kaore ranei he ngoikore, he paitini ranei |
-
|
Mo te whakaaturanga momona me nga whakawhitinga:
| Kiko, waikawa waikawa karihi ranei | Illumina Transcript | Pacbio Transcript | Nanopy Thinscript |
| Te tipu - Root / Stem / Petal | 450 mg | 600 mg | |
| Te tipu - rau / uri | 300 mg | 300 mg | |
| Te tipu - hua | 1.2 g | 1.2 g | |
| Ngakau kararehe / whekau | 300 mg | 300 mg | |
| Viscera / roro kararehe | 240 mg | 240 mg | |
| Uaua kararehe | 450 mg | 450 mg | |
| Nga wheua kararehe / makawe / kiri | 1 g | 1 g | |
| Arthropod - pepeke | 6 | 6 | |
| Arthropod -crusustacea | 300 mg | 300 mg | |
| Toto katoa | 1 ngongo | 1 ngongo | |
| Rā rna | Te kukū: ≥ 20 Ng / μl Moni ≥ 0.3 μg Od260 / 280 = 1.7-2.5 Od260 / 230 = 0.5-2.5 Rīnaki≥ 6 5≥28s / 18s≥1 | Te kukū: ≥ 100 ng / μl Moni ≥ 0.75 μg Od260 / 280 = 1.7-2.5 Od260 / 230 = 0.5-2.5 Rīnaki≥ 8 5≥28s / 18s≥1 | Te kukū: ≥ 100 ng / μl Moni ≥ 0.75 μg Od260 / 280 = 1.7-2.5 Od260 / 230 = 0.5-2.5 Rīnaki≥ 7.5 5≥28s / 18s≥1 |
Te tuku tauira tohutohu
Ipu: 2 ml centrifuge ngongo (kaore i te tūtohutia)
(Mo te nuinga o nga tauira, ka tūtohu mātou kia kaua e tiakina i te ethanol.)
Tapanga Tauira: Me whakaatu nga tauira me te taatai me te rite ki te puka korero korero kua tukuna.
Tukunga: Ko te huka-maroke: me whakakiihia nga tauira i roto i nga peeke i te tuatahi ka tanumia ki te huka maroke.
Mahitanga
Rere mahi ratonga
Hoahoa Whakamatau
Tauira tauira
Te tangohanga DNA
Hanganga Whare Pukapuka
Tuhinga o mua
Tātaritanga Raraunga
I muri i nga ratonga hoko
Whakaoti i te tātaritanga bionfinsictic, wehea i roto i nga waahanga 4:
1) Rangahau GenEME, I runga i te K-Mer Tictsis me nga NS Pānuitia:
Te whakatau tata rahi o te rahi
Tuhinga o mua
Tuhinga o mua
2) Huihuinga Gnieme me Pacbio Hifi:
De novohuihuinga
Aromatawai Runanga: tae atu ki te tātari Busco mo te genome te whakaoti me te mahere whakamuri o Nga PS me Pacbio HIFI
3) Hi-C Gunanga:
Hi-C Whare Pukapuka o te Whare Pukapuka: Te Whakataunga o te Tauhokohoko Hi-C
HI-C GRUST: Te taru o nga kohinga i roto i nga roopu, ka whai i te ota o roto i ia roopu me te tohu i te kaupapa Contig
Te Aro -tahi C
4) Whakanuitanga Genome:
Te matapae RNA kore
Ko nga tohu taapiri (nga whakawhitinga me nga tukurua me nga tukurua o te tandem)
Matapae ira
§De novo: ab inim init sgorithms
§ I runga i te Homelogy
§ I runga i te whakawhiti, me nga panui roa me te poto: ko nga panui kode novoi huihuia, ka maere ranei ki te ahua o te sentome
§ Whakanuitanga o nga ira tohu me te maha o nga putunga raraunga
1) Tohu Rangahau - K-Mer Tātaritanga
2) Huihuinga Gniny
2) Huihuinga Gniome - Pacbio Hifi Pānuihia te Mahere ki te Huihuinga Huinga
2) Hi-C Genese - Te whakatau tata mo te takirua hihiko e tika ana
3) Te aromātai a Hi-C
4) Ko te whakahiatotanga o te ira tangata - te whakauru i nga ira tohu
4) Whakanuitanga Genome - nga ira tohu tohu
Torotoro nga Whakamua i nga Whakaputanga a BMKGENE's de Novo Geenment Ratonga Huihuinga Ma Te Kohinga Whakaputanga:
LI, C. ET al. (2021) 'Ko te raupapa o te whekau e whakaatu ana i nga huarahi marara o te ao me te tohu i nga whakatikatika ira tangata i roto i te whanaketanga Seahorse', te whakawhitiwhiti korero, 12 (1). doi: 10.1038 / S41467-021-21379-X.
Li, y. et al. (2023) 'Ko nga huringa chromosomal nui-rahi te arahi ki te whakarereke i te taiao-taumata, me te whakaurunga o te taiao, me te taatai i te takiwa (Bos Balualis)' doi: 10.1093 / molbev / Msad006.
Tinia, T. et al. (2023) 'Gnice Genese me te irava ira tangata i te Germplasm rongonui o te Germplasm rongonui', Generatics Nature 2023 55: 3, 55 (3), PP. 496-506. doi: 10.1038 / S41588-023-01297-y.
Zhang, F. et al. (2023) 'Whakaatuhia te whanaketanga o te Tropine Alkaloid BiosyNsis ma te tarai i nga ira e rua i roto i te whanau Sonanaceae, 2023 14 (1), PP. 1-18. doi: 10.1038 / S41467-023-3713-4.
Te wero-a-rangahau:
Telomere-to-Tellomere:Fu, A. et al. (2023) 'Telomere-to-Telmomre Gronment o te kawa kawa (Momordica charantria L. var. Stringima Ser. doi: 10.1093 / HR / UHAC228.
Hapori Haplotype:Hu, w. al. (2021) 'Ko te ira tangata kua tautuhia i te rereketanga o te rereketanga i te wa o te whanaketanga Cassava, te tipu ngota, 14 (6), PP. 851-854. 851-854. 851-854. 851-854. 851-854. 851-854. doi: 10.1016 / j.molp.2021.04.009.
Rōpū Geneome Giant:Yuan, J. et al. (2022) Ko te putunga o te giga-chromosomes me te giga-geome o te rakau peony paeonia ostii ', te whakawhitiwhiti korero a te taiao 2022 13: 1, 13 (1), PP. 1-16. doi: 10.1038 / S41467-022-35063-1.
Te huihuinga o te Giaonceploid:Zhang, Q. et al. (2022) 'Te tirohanga nui ki roto i te whakaheke kromosome hou o Autopolyploid Suganum soccane s saccharum soccharum', te taiao taiao 2022 54: 64 (6), pp. 84 (6), PP. 84 (68996. doi: 10.1038 / S41588-022-01080-1.
