PacBio 2+3 Rongoa mRNA roa-katoa
Ngā āhuatanga
● Te hoahoa ako:
He tauira kua whakahiatohia ki te PacBio hei tautuhi i nga momo tuhinga tuhi
Ko nga tauira wehe (nga tauira me nga tikanga hei whakamatautau) kua raupapahiaNGS hei ine i te whakaputanga korero
● PacBio raupapa i roto i te aratau CCS, whakaputa HiFi panui
● Te raupapa o nga tuhinga roa-katoa
● Ko te tātaritanga kaore e hiahiatia he tohu tohutoro; heoi, ka taea te mahi
● Ko te tātari bioinformatic ehara i te korero anake i te ira me te taumata-isoform engari ano hoki te tātaritanga o te lncRNA, te whakakotahitanga ira, te poly-adenylation, me te hanganga ira.
Nga painga
● Tika Tino: Ka panui a HiFi me te tika> 99.9% (Q30), he rite ki te NGS
● Te Taatari Whakawhitinga rereke: te whakaraupapa i nga tuhinga katoa ka taea te tautuhi me te tohu tohu.
● Whakakotahitanga o PacBio me NGS Kaha: te whakaahei i te inenga o te korero ki te taumata ira, te hura i nga huringa ka huna pea ina wetewete i te whakaaturanga ira katoa
● Tohunga Nui: me te rekoata mo te whakaoti neke atu i te 1100 PacBio nga kaupapa tuhinga roa-katoa me te tukatuka neke atu i te 2300 tauira, ka kawea mai e to taatau roopu te maha o nga wheako ki ia kaupapa.
● Tautoko i muri i te Hokonga: ko ta matou herenga ka toro atu ki tua atu i te otinga kaupapa me te 3 marama i muri i te hokonga mahi. I roto i tenei wa, ka tukuna e matou he kaupapa whai ake, he awhina rapurongoa, me nga huihuinga Q&A hei whakatika i nga patai e pa ana ki nga hua.
Nga Whakaritenga Tauira me te Tukunga
| Whare Pukapuka | Rautaki raupapa | Raraunga e taunaki ana | Mana Kounga |
| PolyA te whare pukapuka mRNA CCS | PacBio Sequel II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Poly A whakarangatira | Ilumina PE150 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Nucleotides
|
| Conc.(ng/μl) | Rahi (μg) | Maamaa | Te tapatahi |
| Te Whare Pukapuka o Illumina | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 He iti, karekau he pūmua, he poke DNA ranei e whakaatuhia ana i runga i te gel. | Mo nga tipu: RIN≥4.0; Mo nga kararehe: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; he iti, he kore ranei te taumata teitei |
| whare pukapuka PacBio | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 He iti, karekau he pūmua, he poke DNA ranei e whakaatuhia ana i runga i te gel. | Nga tipu: RIN≥7.5 Kararehe: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; he iti, he kore ranei te taumata teitei |
Tukunga Tauira Manakohia
Ipu: 2 ml ngongo centrifuge (Kāore i te tūtohutia te konumohe tine)
Tauira tapanga: Rōpū+whakaritea tauira A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Tukunga:
1. Tio-maroke:Me takai nga tauira ki roto i nga peke ka tanu ki roto i te huka maroke.
2. Nga ngongo RNAstable: Ka taea te whakamaroke i nga tauira RNA ki te ngongo whakapumau RNA(hei tauira, RNAstable®) ka tukuna ki te pāmahana rūma.
Kei roto ko te tātaritanga e whai ake nei:
Mana kounga raraunga raw
Tātari Polyadenylation kē (APA)
Te tātari tuhinga whakakotahi
Tātaritanga Whakawhitiwhiti kē
Te Whakatairanga i te Whakatairanga Tikanga Takitahi Takitahi (BUSCO).
Te tātari tuhinga hou: te matapae o nga raupapa tohu (CDS) me te tuhinga mahi
lncRNA tātaritanga: matapae o lncRNA me nga whaainga
Whakaaturanga MicroSatelite (SSR)
Te tātaritanga o nga tuhinga tuhi rereke (DET).
Te tātari ira rereke (DEGs).
Te tuhi korero mo nga DEG me nga DET
Te tātari BUSCO
Tātaritanga Whakawhitiwhiti kē
Tātari Polyadenylation kē (APA)
Nga Ira Rerekēnga (DEGs) me nga Transcripts (DETs9 anlaysis
Ko nga hononga tauwhitinga Pūmua-Putaina o nga DET me nga DEG
Torotoro nga ahunga whakamua i whakahaerea e te PacBio 2+3 a BMKGene te raupapa mRNA roa-katoa na roto i te kohinga whakaputanga.
Chao, Q. et al. (2019) 'The developmental dynamics of the Populus stem transcriptome', Plant Biotechnology Journal, 17(1), wharangi 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) 'Nga Huringa Hihiko i roto i te Ihirangi Waikawa Ascorbic i te wa o te Whanaketanga Hua me te Maoatanga o Actinidia latifolia (he Hua Hua Hua-Ascorbate-Rich) me nga Hangahanga Molecular Hononga', International Journal of Molecular Sciences, 23(10), wh. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) 'Te matapae whai hua o nga ira ara koiora e uru ana ki nga polyphyllins koiora i Paris polyphylla', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), wharangi 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'Combined PacBio Iso-Seq and Illumina RNA-Seq Analysis of the Tuta absoluta (Meyrick) Transcriptome and Cytochrome P450 Genes', Insects, 14(4), wh. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) 'He rangahau mo te whakawhäititanga whakawhiti ma te whakamahi i te PacBio kotahi-röpü i te wä-tüturu tätari me te raupapa Illumina RNA mo te pai ake o te mohio ki te koiora waikawa ricinoleic i Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), wh. 1–17. doi: 10.1186 / S12864-019-5832-9 / WHAKAMAHI / 7.
