BMKCloud Takiuru
1

mRNA-seq (NGS) me te ira tohutoro

百迈客云网站-11

mRNA-seq (NGS) me te ira tohutoro

Ko te RNA-seq he taputapu paerewa puta noa i te oranga me te putaiao hua, e hono ana i te aputa i waenga i nga ira me nga proteomes. Ko tona kaha kei te rapu tuhinga hou me te ine i o raatau korero i roto i te whakamatautau kotahi. E whakamahia nuitia ana mo nga rangahau whakawhiti kupu whakatairite, he whakamarama i nga ira e pa ana ki nga ahuatanga rereke, ki nga momo tohu ranei, penei i te whakatairite i nga mutants ki nga momo mohoao, te whakaatu whakaaturanga ira ranei i raro i nga tikanga motuhake. Ko te BMKCloud mRNA(Reference) APP e whakauru ana i te inenga korero, te tātari korero rerekee (DEG), me te tātari hanganga raupapa ki roto i te pipeline bioinformatics mRNA-seq(NGS) me te whakakotahi i nga kaha o te raupaparorohiko rite, te whakarite i te waatea me te ngawari ki te kaiwhakamahi. Ka taea e nga kaiwhakamahi te tuku i o raatau raraunga RNA-seq ki te kapua, kei reira te App e tuku ana i te otinga tātaritanga bioinformatic matawhānui, kotahi-mutu. I tua atu, ka aro nui ki te wheako o nga kaihoko, e tuku ana i nga mahi whakawhaiaro ki nga hiahia motuhake o nga kaiwhakamahi. Ka taea e nga kaiwhakamahi te whakarite tawhā me te tuku i te miihana pipeline ma ratou ano, tirohia te purongo tauwhitiwhiti, tirohia nga raraunga/whakaahua me te whakaoti i te keri raraunga, penei: te kowhiringa ira ira, te whakahiato mahi, te hoahoa, me era atu.

Nga hua whakaatu
Te keri raraunga
Whakaritenga kawemai
Te tātari matua
Tohutoro
Nga hua whakaatu

Te keri raraunga

Whakaritenga kawemai

Pūhara:Ilumina, MGI
Rautaki:RNA-Seq
Tahora: Paried, clean-data.
Momo whare pukapuka:fr-unstranded, fr-firststrand or fr-secondstrand
Te roa o te panui:150 bp
Momo kōnae:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz or *.fq.gz. Ko te punaha katakirua aunoa i nga konae .fastq kia rite ki o raatau ingoa konae,hei tauira *_1.fastq takirua ki *._2.fastq.
Te maha o nga tauira:Karekau he here mo te namao nga tauira, engari ka piki ake te wa tātari hei te maha oka tipu nga tauira.
Raraunga Raraunga Manakohia:6G mo ia tauira

Te tātari matua
Ko te tātari matua me nga taputapu bioinformatic o te mRNA-seq (Reference)Ko te paipa e whai ake nei:
1. Mana Kounga Raraunga Raraunga:
•Te tango i nga raupapa kounga iti, nga raupapa urutau,aha atu;
•Ngā Utauta: i hangaia he paipa i roto i te whare;
2. Tirohanga o nga raraunga ki tetahi tohutoro tohutoro:
•Ko te whakahāngai i nga panui me te algorithm mohio ki te hono ki tetohutoro tohuira.
•Utauta:HISAT2, samtools
3. Te tātari kounga whare pukapuka:
•Whakauruhia te roanga o te wetewete, te raupapa whakamaaramatanga, me era atu;
•Utauta:samtools;
4. Te tātari hanganga raupapa:
•Te wetewete i te honohono, te arotautanga hanganga ira,matapae ira hou, etc;
•Utauta:HereTie, gffcompare, GATK,TAITAIEMA, InterProScan, aHMMER.
5. Tātari kīanga rerekē:
•Te tirotiro DEG, te tātari hononga-tahi, te mahiwhakarangatira;
Nga hua whakakitenga rereke;
RmeSEGseq, DESeq2, ggplot2, DEXSeq
Tohutoro
1. Kim, Daehwan et al. “Whakatikanga ira ira-kauwhata me tete tohuira me te HISAT2 me te HISAT-genotype."TaiaoHangarau koiora37 (2019): 907 - 915.
2. McKenna, Arona et al. “Te Utauta Tirohanga Genome: aMapReduce anga mo te wetewete i te whakatipuranga DNAraraunga raupapa."Rangahau genome20 9 (2010): 1297-303 .
3. Li, Heng et al. “Ko te Whakaritenga Raupapa/Mahere whakatakotoranga me teSAMtools.”Bioinformatics25 (2009): 2078 - 2079.
4. Perțea, Mihaela et al. "Ka taea e StringTie te whakapai akeKo te hanga ano o tetahi tuhinga mai i te RNA-seq panui.TaiaoHangarau koiora33 (2015): 290-295.
5. Aroha, Michael I. et al. “Te whakatau tata o te huringa kopa me temarara mo nga raraunga RNA-seq me DESeq2.GenomeKoiora15 (2014): n. wharangi.
6. Eddy, Sean R.. "Nga Rapu HMM Kōtaha Whakatere."PLoS Koiora Rorohiko7 (2011): n. wharangi.

whiwhi korero

Tuhia to korero ki konei ka tukuna mai ki a matou

Tukuna mai to korero ki a matou: