HI-C Rōpū Giaonce Gianome
Ko HI-C tetahi tikanga i hangaia hei hopu i te whirihoranga chromosome ma te whakakotahi i nga taunekeneke-a-tau me nga waahanga nui-whakauru. Ko te kaha o enei taunekeneke e whakaponohia ana he whakatikatika kino ki te tawhiti o te tinana ki te chromosom. No reira, ka whakamahia nga raraunga hi-C hei arahi i te tahe o te tapeke, te whakarite, me te whakaweto o nga waahanga huihuinga i roto i te tauira tohu me te hunga e pa ana ki te maha o nga kromoomes. Ko tenei hangarau e whakamana ana i te huihuinga o te ghomosome-taumata o te ghomosome Ko nga giao katoa e hiahia ana kia hi-C.
Āhuatanga Ratonga
● Te haerere i Idquina Novaseq me Pe150.
● Me tono te ratonga ki nga tauira kiko, kaua ki te waikawa karihi, ki te hono atu me te momaldehyde me te tiaki i nga taunekeneke DNA-pūmua.
● Ko te whakamatautau hi-c ko te aukati me te whakamutu i nga pito ka piri ki te biotin, ka whai i te porowhita o nga hua ka mutu i te wa e penapena ana i nga taunekeneke. Ka kumea te DNA me nga beads staptavidin me te purea mo te whakaritenga whare pukapuka o muri.
Painga ratonga
Tuhinga o mua
(Lieberman-Aiden e et al.,Pūtaiao, 2009)
●Te whakakore i te hiahia mo nga raraunga taupori Generic:Hi-C te whakakapi i nga korero nui e hiahiatia ana mo te kaikiri.
●Te kaha o te tohu tohu:Te arahi ki te ōwehenga nui o te rohe ki runga i te 90%.
●Nga rekoata o te maaramatanga me te whakaputa korero:He nui ake te wheako o Bmkgene ki te neke atu i te 2000 nga keehi o te huihuinga hi-c mai i te 1000 momo momo me nga papaa. Neke atu i te 200 nga keehi kua whakaputaina he paanga whakaraeraetanga neke atu i te 2000.
●Rōpū Tino Tino Tino Tino:Ma te whakauru i nga whare me nga raupaparorohiko raupaparorohiko mo nga whakamatautau hi-c, ka whakahohehia te raupaparorohiko raupaparorohiko hei aukati i te aukati i te aukati, te whakahoki, te whakakore, me te tango.
●Tautoko Kaainga-Hokohoko:Ko ta tatou pumau ki te whakaoti i te otinga o te kaupapa me te waa 3-marama i muri i te waa. I roto i tenei waa, ka whakaekea e maatau te kaupapa whai ake, e pa ana ki te awhina, me te Q & he huihuinga hei whakatika i nga paatai e pa ana ki nga hua.
●Whakaputa Rangahau: Ka whakamahia e matou he maha nga raraunga mo te whakaputa i nga ira me nga rereketanga kua tohua me te mahi i te tātaritanga whai hua, te whakarato whakaaro ki nga kaupapa rangahau maha.
Whakariterite Ratonga
| Te Whakarite Pukapuka | Rautaki rautaki | Putanga raraunga kua taunakitia | Te mana whakahaere |
| Hi-C Whare Pukapuka | Illumina Novaseq Pe150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Tauira Tauira
| Aikiha pepa | Moni e hiahiatia ana |
| Viscera kararehe | ≥ 2 g |
| Uaua kararehe | |
| Toto toto | ≥ 2 ml |
| Te toto heihei / ika | |
| Tipu- rau hou | ≥ 3 g |
| Ko nga pūtau ahurea | ≥ 1x107 |
| Pēpeke | ≥ 2 g |
Rere mahi ratonga
Hoahoa Whakamatau
Tauira tauira
Hanganga Whare Pukapuka
Tuhinga o mua
Tātaritanga Raraunga
I muri i nga ratonga hoko
1) Raraunga Raw QC
2) Hi-C Whare Pukapuka QC: Te Whakataunga o Hi-C taunekeneke
3) Hi-C Generumia: Te taru o nga kohinga i roto i nga roopu, i whai i te ota o te roopu me te tohu i nga mahi a Contig
4) Te Aro-C Te Aro -tahi
Hi-C Whare Pukapuka QC - Te whakatauranga o Hi-C Whakapaipai Whakahoahoa
HI-C RUSTU - Tauanga
Te aromātai i muri mai - te wera o te kaha o te tohu i waenga i nga pini
Torotoro i nga mea hou i whakahaeretia e nga ratonga huihuinga o Bmkgene's na roto i te kohinga kohinga o nga pukapuka.
Tinia, T. et al. (2023) 'Gnice Genese me te irava ira tangata i te Germplasm rongonui o te Germplasm rongonui', Generatics Nature 2023 55: 3, 55 (3), PP. 496-506. doi: 10.1038 / S41588-023-01297-y.
Wang, zl et al. (2020) 'He Huihuinga Chronosome-tauine o te Honeybee Apis Exena Genime', Frontiers i Genetics, 11, p. 524140. DEI: 10.3389 / FGENE.2020.00279 / BIBTEX.
Zhang, F. et al. (2023) 'Whakaatuhia te whanaketanga o te Tropine Alkaloid BiosyNsis ma te tarai i nga ira e rua i roto i te whanau Sonanaceae, 2023 14 (1), PP. 1-18. doi: 10.1038 / S41467-023-3713-4.
Zhang, X. et al. (2020) Ko nga 'ira tangata o te rakau Banyan me te kaitirotiro pollinator e whakarato ana i nga matauranga ki te Coevolution Fig-imp', Cell, 183 (4). 875-889.E17. doi: 10.1016 / J.Cell.2020.09.09.043
