Te tātaritanga o te roopu genome-wide
Rerengamahi
Painga Ratonga
●Nga Tohunga Nui me nga rekoata panui: me te nui o nga wheako i roto i te GWAS, kua oti i a BMKGene nga rau momo kaupapa i roto i te rangahau taupori GWAS, i awhina i nga kairangahau ki te whakaputa neke atu i te 100 tuhinga, a, kua eke te tauwehenga paanga ki te 500.
● Te tātari bioinformatics matawhānui: Ko te rerengamahi kei roto ko te tātari hononga SNP-ahua, e tuku ana i te huinga o nga ira kaitono me o raatau tuhinga mahi.
●Ko te roopu bioinformatic tino mohio me te huringa tātari poto: me te tino wheako ki te tātari ira tangata matatau, ka tukuna e te roopu a BMKGene nga tātaritanga matawhānui me te tere o te hurihanga.
●Tautoko i muri i te hoko:Ko ta matou herenga ka toro atu ki tua atu i te otinga kaupapa me te 3 marama i muri i te hokonga ratonga. I roto i tenei wa, ka tukuna e matou he kaupapa whai ake, he awhina rapurongoa, me nga huihuinga Q&A hei whakatika i nga patai e pa ana ki nga hua.
Nga whakaritenga ratonga me nga whakaritenga
| Momo raupapatanga | Tauine taupori e taunaki ana | Rautaki raupapa | Nga whakaritenga nucleotide |
| Te Whakaraupapa Genome Katoa | 200 tauira | 10x | Kukū: ≥ 1 ng/ µL Tapeke moni≥ 30ng He iti, kaore ranei he whakaheke, he poke ranei |
| Wāhanga Tauwhāiti-Wāhi Whakanuia (SLAF) | Hōhonu tūtohu: 10x Te maha o nga tohu: <400 Mb: E taunaki ana te WGS <1Gb: 100K nga tohu 1Kb > 2Gb: 300K nga tohu 500k nga tohu | Kukū ≥ 5 ng/µL Tapeke moni ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280=1.6-2.5 Ko te kara o te Agarose: karekau, he iti ranei te whakahekenga, te poke ranei
|
Te Kōwhiringa Rawa
Nga momo rereke, nga momo iti, nga whenua whenua/putanga ira/whanau whakauru/nga rawa mohoao
Nga momo rereke, nga momo iti, nga whenua whenua
Hawhe-sib whanau/full-sib whanau/whanau mohoao
Te Rerenga Mahi Ratonga
Hoahoa whakamatautau
Te tuku tauira
tangohanga RNA
Te hanga whare pukapuka
Whakaraupapa
Te tātari raraunga
Nga ratonga muri-hoko
Kei roto ko te tātaritanga e whai ake nei:
- Te tātari hononga ira-whanui: LM, LMM, EMMAX, FASTLMM tauira
- Tuhituhi mahi o nga ira kaitono
Te tātari hononga SNP-ahua - Manhattan plot
Te tātari hononga SNP-ahua - QQ plot
Torotoro nga ahunga whakamua i mahia e nga ratonga de GWAS a BMKGene na roto i te kohinga whakaputanga kua whakaritea:
Lv, L. et al. (2023) 'Te tirohanga ki te putake ira o te haukinia i roto i te razor clam Sinonovacula constricta na te rangahau hononga ira-whanui',Ahumoana, 569, wh. 739351. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351.
Li, X. et al. (2022) 'Ko nga tātaritanga maha-omics o nga whakaurunga rai pokiha 398 e whakaatu ana i nga rohe ira tangata e pa ana ki te kainga, nga ahuatanga metabolite, me nga paanga anti-inflammatory',Tipu Molecular, 15(8), api 1367–1383. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Li, J. et al. (2022) 'Genome-Wide Association Mapping of Hulless Barely Phenotypes in Drought Environment',Frontiers in Plant Science, 13, wh. 924892. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.
Zhao, X. et al. (2021) 'GmST1, e whakawaehere ana i te sulfotransferase, e whakaahuru ana ki nga riaka huaketo mosaic soybean G2 me G3',Tipu, Pūtau me te Taiao, 44(8), wharangi 2777–2792. doi: 10.1111/PCE.14066.
