De novo gning geneome gniomer
Ko te BMKGENE tuku i nga rongoā whaihua mo nga ira fungal, te whakatutuki i nga matea rangahau me te tino pai. Te whakamahi i te Pānui poto poto-panui ka taea e koe anake te tuku i te whakatipuranga o te kaihanga sentie. Ko nga panui poto me te panui-roa e whakamahi ana i te nanopiki, te pacbio ranei e whakakotahi ana mo te kohinga tino harore me te roa o te waa. Ano, whakauru i te taapiri hi-C ka whakarei ake i nga kaha, te whakahohe i te whakatutukitanga o te gionome tino Chromosome tino.
Āhuatanga Ratonga
Ki te toru nga waahanga ka taea te whiriwhiri mai i te tohu o te tohu o te genome kua oti:
● Ko te tohu Gentome Kōnae: He poto te panui me te Illumina Novaseq Pe150.
● Kōwhiringa Gensome pai:
Rauemi Genime: Illumina Novaseq Pe150.
Huihuinga Gnieme: Pacbio Revio (HIFI PAUI) me te Provape Promoslion 48.
● Ko te Gensosome-taumata Fungal Gensome:
Rauemi Genime: Illumina Novaseq Pe150.
Huihuinga Gnieme: Pacbio Revio (HIFI PAUI) me te Provape Promoslion 48.
Ko te Haangai i te Haangai me te Gustion H-C.
Painga ratonga
●He maha nga rautaki taapiri e waatea ana: Mo nga kaupapa rangahau me nga whakaritenga o te tino oti
●Whakaotia nga mahi a Bionfinformacs:Kei roto i tenei ko te huihuinga ira tangata me te matapae o nga waahanga whakahiato, te tohu a te ira, me te kopae.
●Tohungatanga pūkenga nui: I te neke atu i te 12,000 nga ira rauropi i huihuia, ka uru mai nga waahanga mo te wheako, he ropu tohunga mohio, me te tautoko tautoko pai.
●Tautoko Kaainga-Hokohoko:Ko ta tatou pumau ki te whakaoti i te otinga o te kaupapa me te waa 3-marama i muri i te waa. I roto i tenei waa, ka whakaekea e maatau te kaupapa whai ake, e pa ana ki te awhina, me te Q & he huihuinga hei whakatika i nga paatai e pa ana ki nga hua.
Whakariterite Ratonga
| Whakatikatika | Rautaki rautaki | Te mana whakahaere |
| Tauira gentome | Illumina P150 100x | Q30≥85% |
| Geneome pai | Rauemi Genime: Illumina P150 50 x Hui: Pacbio HIFI 30x or Nanopex 100x ranei | Contig N50 ≥1MB (Pacbio Unicellular) Contig N50 ≥2MB (IT Unicellular) Contig N50 ≥500KB (etahi) |
| Gemonome-taumata o te ao | Rauemi Genime: Illumina P150 50 x Hui: Pacbio HIFI 30x or Nanopex 100x ranei HI-C RUST 100X | Ko te Whakataunga Itio> 90%
|
Nga tono a te Ratonga
| Te kukū (ng / μl) | Tapeke (μg) | Rōrahi (μl) | OD260 / 280 | OD260 / 230 | |
| Pacbio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| Nanonga | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
Harore unicellular: ≥3.5x1010 pūtau
Te harore macro: ≥10 g
Rere mahi ratonga
Tauira tauira
Hanganga Whare Pukapuka
Tuhinga o mua
Tātaritanga Raraunga
I muri i nga ratonga hoko
Kei roto i te tātaritanga e whai ake nei:
Rangahau Genume:
- Te whakahaere kounga raraunga
- Te whakatauranga Geniment: Te rahi, te heterozygio miss, nga waahanga tukurua
Rōpū Geneome pai:
- Te whakahaere kounga raraunga
- De novoHuihuinga
- Tātaritanga Huihuinga Gnieme: Te matapae o nga CD me nga waahanga nui
- Whakawhiwhinga Mahi me nga Raraunga Raraunga Whanui (Haere, Kegg, me etahi atu) me nga Raraunga Advan, me te VFDB, me era atu)
HI-C GUSTU:
- Te aromatawai a te whare pukapuka hi-C.
- Ko te whiu i te puhoi, te tono me te taatai
- Te Aromātai a Hi-C Gunanga: I runga i te Gen tohutoro me te Mahere wera
He Rangahau Gentome: K-Men Tohatoha
Huihuinga Gnieme: ira ira tangata (NR pātengi raraunga)
Huihuinga Gnieme: Whakanuitanga Genel (Haere)
Torotoro i nga Whakamua i nga ratonga Gensome Gentome a BMKGENES o te BUMKGENE na roto i te kohinga kohinga.
Hao, J. et al. (2023) 'Ko te whakaurunga o te omiticil o te rongoa o te rongoa rongoa i roto i nga tikanga e pa ana ki nga tikanga.Kotiro BMC, 24 (1), wh. 1-12. doi: 10.1186 / S12864-023-09656-Z / Tauira / 3.
Lu, L. et al. (2023) 'Ko te Sentaning Squanoning e whakaatu ana i te whanaketanga me nga tikanga pathogen o te witi koi kanohi pathogen rhizoctonia canalis',Te hautaka hua11, 11 (2), PP. 405-416. doi: 10.1016 / J.CJ.2022.07.024.
Zhang, H. et al. (2023) Nga Rauemi Rauemi mo nga momo e wha o Clarireedia i puta ai nga taara i nga waahanga taara mo nga turfgrates rereke ',Te mate tipu, 107 (3), PP. 929-934. doi: 10.1094 / PDIS-08-22-1921-a
Zhang, SS et al. (2023) 'Nga tohu ira me te tohu mo te punaha whakairo o Tetrapolar i roto i te Haumaru Harore o te Huarahi o Frondosa',Tuhinga o mua, 9 (10), p. 959. DOI: 10.3390 / JOF9100959 / S1.
