CircRNA Sequencing-Illumina
Ngā āhuatanga
● te whakahekenga o te rRNA ka whai i te whakarite whare pukapuka arataki, ka taea ai nga raraunga raupapatanga tauwhāiti.
● Ko te rerengamahi bioinformatic ka taea te matapae circRNA me te inenga korero
Painga Ratonga
●Nga Whare Pukapuka RNA Matawhānui Ake:Ka whakamahia e matou te whakahekenga rRNA hei utu mo te whakahekenga RNA raina i roto i ta maatau whakaritenga wharepukapuka, me te whakarite kei roto i nga raraunga raupapa kaore ko te circRNA anake engari ko te mRNA me te lncRNA hoki, ka taea te tātari tahi o enei huingararaunga.
●Tātari Kōwhiringa o ngā Whatunga Whakataetae Endogenous RNA (ceRNA).: Te whakarato i nga tirohanga hohonu atu ki nga tikanga whakahaere waea
●Tohunga Nui: Ma te rekoata mo te tukatuka neke atu i te 20,000 nga tauira i BMKGENE, i roto i nga momo tauira kanorau me nga kaupapa lncRNA, ka kawea mai e to taatau roopu te maha o nga wheako ki ia kaupapa.
●Mana Mana Kounga: Ka whakatinanahia e matou nga tohu whakahaere matua puta noa i nga waahanga katoa, mai i te tauira me te whakarite whare pukapuka ki te raupapatanga me te bioinformatics. Ma tenei aro turuki e whakarite te tukunga o nga hua o te kounga teitei.
● Tautoko i muri i te Hokonga: Ko ta matou herenga ka toro atu ki tua atu i te otinga kaupapa me te 3 marama i muri i te hokonga ratonga. I roto i tenei wa, ka tukuna e matou he kaupapa whai ake, he awhina rapurongoa, me nga huihuinga Q&A hei whakatika i nga patai e pa ana ki nga hua.
Nga Whakaritenga Tauira me te Tukunga
| Whare Pukapuka | Paerewa | Raraunga e taunaki ana | Raraunga QC |
| rRNA kua pau te whare pukapuka aronga | Ilumina PE150 | 16-20 Gb | Q30≥85% |
Whakaritenga Tauira:
Nucleotides:
| Conc.(ng/μl) | Rahi (μg) | Maamaa | Te tapatahi |
| ≥ 80 | ≥ 0.8 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 He iti, karekau he pūmua, he poke DNA ranei e whakaatuhia ana i runga i te gel. | RIN≥6.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; he iti, he kore ranei te taumata teitei |
● Nga tipu:
Putake, Kakau, Petal ranei: 450 mg
Rau, Kakano ranei: 300 mg
Hua: 1.2 g
● Kararehe:
Te Manawa, Te Wokao ranei: 450 mg
Viscera roro ranei: 240 mg
Te uaua: 600 mg
Koiwi, makawe, kiri ranei: 1.5g
● Angahuri:
Nga pepeke: 9g
Crustacea: 450 mg
● Te toto katoa:2 ngongo
● Pūtau: 106 pūtau
● Serum me te Plasma: 6 mL
Tukunga Tauira Manakohia
Ipu: 2 ml ngongo centrifuge (Kāore i te tūtohutia te konumohe tine)
Tauira tapanga: Rōpū+whakaritea tauira A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Tukunga:
1. Tio-maroke: Me kiki nga tauira ki roto i nga peeke ka tanumia ki te huka-maroke.
2. RNAstable ngongo: Ka taea te whakamaroke tauira RNA i roto i te ngongo whakapumau RNA(hei tauira, RNAstable®) ka tukuna ki te pāmahana rūma.
Te Rerenga Mahi Ratonga
Hoahoa whakamatautau
Te tuku tauira
tangohanga RNA
Te hanga whare pukapuka
Whakaraupapa
Te tātari raraunga
Nga ratonga muri-hoko
Bioinformatics
circRNA matapae: tohatoha chromosomal
Ko nga circRNA kua whakahuahia rereke - Te waahi puia
Ko nga circRNA kua whakahuahia rereke - te whakarōpūtanga aroākapa
Te whakarangatira mahi o nga ira kaihautu o circRNA
Torotoro nga ahunga whakamua rangahau i whakahaerea e nga ratonga raupapa circRNA a BMKGene na roto i te kohinga whakaputanga.
Wang, X. et al. (2021) 'Ko te CPSF4 te whakahaere i te hanganga circRNA me te microRNA takawaenga ira ira i roto i te mate pukupuku hepatocellular', Oncogene 2021 40:25, 40(25), wharangi 4338–4351. doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Xia, K. et al. (2023) 'X oo-responsive transcriptome e whakaatu ana i te mahi a te RNA133 porohita i roto i te aukati mate ma te whakahaere i te whakaaturanga o OsARAB i roto i te raihi', Phytopathology Research, 5(1), wharangi 1–14. doi: 10.1186 / S42483-023-00188-8 / WHAKAMAHI / 6.
Y, H. et al. (2023) 'Ko te CPSF3 te whakarereke i te toenga o nga tuhinga porohita me te raina i roto i te mate pukupuku hepatocellular'. doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
Zhang, Y. et al. (2023) 'Aromātai matawhānui o circRNAs i roto i te cardiomyopathy cirrhotic i mua me muri i te whakawhitinga ate', International Immunopharmacology, 114, wh. 109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
