BMKMANU S1000 Transcriptome Mokowā
BMKMANU S1000 Mahinga Hangarau Transcriptome Mokowā
Ngā āhuatanga
● Whakatau: 5 µM
● Te Taonenga Wahi: 2.5 µM
● Te maha o nga waahi: tata ki te 2 miriona
● 3 nga whakatakotoranga rohe hopu ka taea: 6.8 mm * 6.8 mm, 11 mm * 11 mm, 15 mm * 20 mm ranei
● Ka utaina ia pirepire paewaehere ki nga mea tuatahi e 4 nga waahanga:
poly(dT) hiku mo te mRNA priming me te cDNA synthesis
Tautuhi Molecular Unique (UMI) hei whakatika i te rītaha whakakaha
Waehere pae mokowā
Te raupapa here o te panui wahanga 1 te tuatahi o te raupapa
● H&E me te whakapouri o nga waahanga
● Ka taea te whakamahihangarau wehenga pūtau: te whakaurunga o te whakakikoruatanga H&E, te whakamaarama karemarama, me te raupapa RNA hei whakatau i nga rohe o ia pūtau me te tautapa tika i te whakaaturanga ira ki ia pūtau.
Nga painga o BMKMANU S1000
●Resolution Sub-pūtau: Kei ia waahi hopu > 2 miriona Mokowā Waehere Pae me te diameter o te 2.5 µm me te mokowā o te 5 µm i waenga i nga pokapu waahi, ka taea te tātari tuhinga mokowhiti me te taumira iti-pūtau (5 µm).
●Taumatatanga Taumata-maha:Te tātari taumata-maha ngawari mai i te 100 μm ki te 5 μm ki te whakatau i nga ahuatanga kiko kanorau i te taumira tino pai.
●Ka taea te Whakamahi i te Hangarau Wehenga Waahanga "E toru i roto i te kiriata kotahi":Ko te whakakotahi i te tae o te korakora, te tae H&E, me te raupapatanga RNA i runga i te kiriata kotahi, ka whakamanahia e ta maatau "toru-i-kotahi" tātaritanga algorithm te tautuhi i nga rohe pūtau mo nga transcriptomic-a-pūtau ka whai ake.
●Hototahi me nga Papa Whakaraupapa Maha: Kei te waatea nga NGS me nga raupapa panui-roa.
●Hoahoa Hangawari o te 1-8 Hohenga Hopu Hopu: He ngawari te rahi o te waahi hopu, ka taea te whakamahi i nga whakatakotoranga 3 (6.8 mm * 6.8 mm., 11 mm * 11 mm me te 15 mm * 20 mm)
●Ratonga Kotahi: Ko te whakauru i nga wheako katoa me nga mahi-a-ringa, tae atu ki te wehenga tangi, te tae, te arotautanga o te kiko, te tohu tohu mokowhiti, te whakarite whare pukapuka, te raupapa, me te koiora.
●Bioinformatics Matawhānui me te Maataki-a-kaiwhakamahi o nga Hua:Kei roto i te kete he 29 tātaritanga me te 100+ o nga whika kounga teitei, me te whakamahi i nga rorohiko i whakawhanakehia i roto i te whare ki te tiro me te whakarite i te wehenga pūtau me te whakahiato waahi.
●Te Tatari Raraunga Whakaritea me te Whakaaturanga: e wātea ana mo nga tono rangahau rereke
●Te Kapa Hangarau tino mohio: me te wheako ki runga i te 250 momo kiko me te 100+ momo tae atu ki te tangata, kiore, whakangote, ika me nga tipu.
●Whakahōu wā-tūturu mo te Kaupapa Katoa: me te mana katoa o te ahunga whakamua whakamatautau.
●Kōwhiringa Tātari Hononga me te Whakaraupapa mRNA pūtau-kotahi
Whakatakotoranga Ratonga
|
Tauira Nga whakaritenga
| Whare Pukapuka |
Rautaki raupapa
| Raraunga e taunaki ana | Mana Kounga |
| Ko nga tauira cryo kua whakauruhia ki te OCT, 3 poraka mo ia tauira | S1000 whare pukapuka cDNA | Illumina PE150 (etahi atu papaaho e waatea ana) | 100K PE panui mo ia 100 uM ( 60-150 Gb ) | RIN>7 |
Mo te roanga atu o nga korero mo te aratohu whakarite tauira me te rerenga mahi ratonga, tena koa korero ki atohunga BMKGENE
Rere Mahi Ratonga
I roto i te waahanga whakarite tauira, ka mahia he whakamatautau tangohanga RNA nuinga tuatahi kia taea ai te whiwhi RNA kounga teitei. I roto i te waahanga arotautanga kiko ka pokea nga waahanga ka whakaatahia, ka whakatikahia nga tikanga mo te tuku mRNA mai i te kiko. Ka whakamahia te kawa kua arotautia i te wa e hanga ana i te whare pukapuka, ka whai i te raupapatanga me te tātari raraunga.
Ko te rerenga mahi ratonga ka uru ki nga whakahoutanga wa-tūturu me nga whakapumautanga a te kiritaki kia mau tonu ai te urupare urupare, kia pai ai te mahi kaupapa.
Ko nga raraunga i hangaia e BMKMANU S1000 ka wetewetehia ma te whakamahi i te rorohiko "BSTMatrix", he mea hanga motuhake e BMKGENE, ka whakaputa i te Gene Expression Matrix. Mai i reira, ka hangaia he purongo paerewa e uru ana ki te whakahaere kounga raraunga, te tātari tauira-roto me te tātaritanga-a-rōpū.
● Mana Kounga Raraunga:
Putanga raraunga me te tohatoha kaute kounga
Te kitenga ira mo ia waahi
Te kapi o te kopa
● Te tātari tauira-roto:
Te taonga ira
Te whakahiato mokowhiti, tae atu ki te tātari inenga iti
Te tātari korero rereke i waenga i nga tautau: te tautuhi i nga ira tohu
Tuhituhi mahi me te whakarangatira i nga ira tohu
● Te tātari-a-rōpū:
Te whakakotahi ano i nga waahi mai i nga tauira e rua (hei tauira. te mate me te whakahaere) me te kapoipu ano
Te tautuhi i nga ira tohu mo ia tautau
Tuhituhi mahi me te whakarangatira i nga ira tohu
Te Whakaaturanga rereke o te kahui kotahi i waenga i nga roopu
I tua atu, i whakawhanakehia e BMKGENE te "BSTViewer" he taputapu ratarata-kaiwhakamahi e taea ai e te kaiwhakamahi te tiro i te whakaaturanga ira me te whakahiato waahi ki nga whakataunga rereke.
I whakawhanakehia e BMKGene he rorohiko mo te tirohanga pai ki te kaiwhakamahi
BSTViewer wahi tautau i te taumira taumata-maha
BSTellViewer: te wehenga pūtau aunoa me te ā-ringa
Tātari-tauira-roto
Huihuinga waahi:
Te tautuhi ira tohu me te tohatoha mokowā:
Te tātari i waenga-rōpū
Pahekotanga raraunga mai i nga roopu e rua me te kapoipu ano:
Nga ira tohu o nga tautau hou:
Tuwherahia nga ahunga whakamua i mahia e nga ratonga mokowhiti mokowhiti a BMKGene me te hangarau BMKManu S1000 i roto i tenei whakaputanga rongonui:
Waiata, X. et al. (2023) 'Ka whakaatuhia e te transcriptomics mokowā nga pūtau chlorenchyma-marama e uru ana ki te whakatairanga i te whakaoranga o nga wana i roto i te waea tomato',Nga Mahi a te National Academy of Sciences of the United States of America, 120(38), wh. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
Ko koe, Y. et al. (2023) 'Whakaritenga nahanaha o nga tikanga whakawhiti mokowā-whakapapa',koioraRxiv, p. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
