Fizarana sombintsombiny amplified-toerana manokana (SLAF-Seq)
Workflow
Tetika teknika
Service Features
● Fizarana amin'ny NovaSeq miaraka amin'ny PE150.
● Fanomanana tranomboky miaraka amin'ny barcode roa sosona, ahafahana manangona santionany 1000 mahery.
● Ity teknika ity dia azo ampiasaina miaraka na tsy misy fototarazo, miaraka amin'ny fantsona bioinformatic samihafa ho an'ny tranga tsirairay:
Miaraka amin'ny genome reference: SNP sy InDel discovery
Tsy misy genome reference: fanangonana santionany sy fahitana SNP
● Ao amin’nyamin'ny silikaNy dingana mialoha ny famolavolana ny fitambaran'ny anzima famerana maro dia voasivana mba hahitana ireo izay miteraka fizarana fanamiana ny marika SLAF miaraka amin'ny fototarazo.
● Nandritra ny andrana mialoha, ny fitambaran'ny anzima telo no andrana amin'ny santionany 3 mba hamoronana tranomboky SLAF 9, ary io fampahalalana io dia ampiasaina hisafidianana ny fitambaran'ny enzyme famerana tsara indrindra ho an'ny tetikasa.
Tombontsoa amin'ny serivisy
●Fahitana Marker Genetika avo: Ny fampidirana rafitra barcode avo roa heny dia mamela ny filaharana miaraka amin'ny vahoaka marobe, ary ny fanamafisana ny toerana manokana dia manatsara ny fahombiazany, miantoka fa mahafeno ny fepetra isan-karazany amin'ny fanontaniana fikarohana isan-karazany ny isa marika.
● Fiankinan-doha ambany amin'ny Genome: Azo ampiharina amin'ny karazam-biby misy na tsy misy genome reference.
●Flexible Scheme Design: Enzyme tokana, roa-enzyme, fandevonan-kanina maromaro, ary karazana anzima isan-karazany dia azo fidina avokoa mba handraisana tanjona na karazana fikarohana samihafa. nyamin'ny silikamialoha ny famolavolana dia atao mba hiantohana ny famolavolana anzima tsara indrindra.
● Fahombiazana avo amin'ny fandevonan-kanina enzymatic: Fitondrana anamin'ny silikaNy famolavolana mialoha sy ny fanandramana mialoha dia nanome antoka ny famolavolana tsara indrindra miaraka amin'ny fizarana mari-pamantarana SLAF amin'ny krômôzôma (1 SLAF tag/4Kb) ary mihena ny filaharana miverimberina (<5%).
●Extensive Expertise: Mitondra traikefa be dia be amin'ny tetikasa tsirairay ny ekipanay, miaraka amin'ny firaketana an-tsoratra momba ny fanakatonana tetikasa SLAF-Seq 5000 mahery amin'ny karazana an-jatony, anisan'izany ny zavamaniry, biby mampinono, vorona, bibikely, ary zavamananaina anaty rano.
● Workflow Bioinformatic novolavolain-tena: Ny BMKGENE dia namolavola rafitra bioinformatic mitambatra ho an'ny SLAF-Seq mba hiantohana ny fahamendrehana sy ny fahamarinan'ny vokatra farany.
Service Specifications
| Karazana fanadihadiana | Ny haavon'ny mponina naroso | Strategy sequencing | |
| Halalin'ny filaharan'ny tag | Laharana marika | ||
| Sarintany génétique | 2 ray aman-dreny sy > 150 taranaka | Ray aman-dreny: 20x WGS Vokany: 10x | Haben'ny genome: <400 Mb: WGS no soso-kevitra <1Gb: 100K tags 1-2Gb:: 200K tags >2Gb: 300K tags Maherin'ny 500k tags |
| Fikarohana momba ny fikambanana Genome-Wide (GWAS) | ≥200 santionany | 10x | |
| Evolisiona génétique | Santionany ≥30, miaraka amin'ny santionany> 10 avy amin'ny vondrona tsirairay | 10x | |
Fepetra momba ny serivisy
Ny fifantohana ≥ 5 ng/µL
Total vola ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280=1.6-2.5
Agarose gel: tsy misy na voafetra ny fahasimbana na ny loto
Fanaterana santionany soso-kevitra
Tavoahangy: 2 ml centrifuge tube
(Ho an'ny ankamaroan'ny santionany dia manoro hevitra izahay mba tsy hitehirizana ethanol)
Famaritana santionany: Ny santionany dia mila asiana marika mazava tsara ary mitovy amin'ny taratasy fampahalalana santionany natolotra.
Fandefasana: ranomandry maina: Mila atao anaty kitapo aloha ny santionany ary alevina ao anaty ranomandry maina.
Service Workflow
Sample QC
Andrana mpanamory
SLAF-fanandramana
Fanomanana tranomboky
Sequencing
Famakafakana angona
Serivisy aorian'ny varotra
Ahitana izao fanadihadiana manaraka izao:
- Takelaka data QC
- Fampandrosoana ny tag SLAF
Mapping amin'ny fanondroana genome
Tsy misy genome reference: clustering
- Famakafakana ny SLAF tags.: statistika, fizarana manerana ny génomé
- Fahitana marika: SNP, InDel, SNV, fiantsoana CV ary fanamarihana
Fizarana ny marika SLAF amin'ny chromosomes:
Fizarana ny SNP amin'ny chromosomes:
Vidin'ny SNP
| TAOM- | Journal | IF | Lohateny | Applications |
| 2022 | Fifandraisana voajanahary | 17.694 | Fototry ny génomika amin'ny giga-chromosomes sy giga-genome amin'ny hazo peony Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Phytologist vaovao | 7.433 | Ny dian-tongotra an-trano dia mametraka ny faritra génomika manan-danja amin'ny agronomika soybeans | SLAF-GWAS |
| 2022 | Journal of Advanced Research | 12.822 | Fampidirana artifisialy amin'ny génome an'ny Gossypium barbadense amin'ny G. hirsutum manambara ny toerana tsara kokoa ho an'ny fanatsarana ny kalitaon'ny landihazo sy ny vokatra toetra | SLAF-Evolutionary génétique |
| 2019 | Plant molecular | 10.81 | Ny Famakafakana Genomic Population sy ny Fivoriambe De Novo dia manambara ny niavian'ny Weedy Rice ho lalao evolisiona | SLAF-Evolutionary génétique |
| 2019 | Nature Genetics | 31.616 | Ny filaharan'ny génomika sy ny fahasamihafan'ny fototarazo amin'ny karpa mahazatra, Cyprinus carpio | Sarintany SLAF-Linkage |
| 2014 | Nature Genetics | 25.455 | Ny fototarazon'ny voanjo voavoly dia manome fanazavana momba ny karyotypes legume, polyploid evolisiona sy fambolen-kazo. | Sarintany SLAF-Linkage |
| 2022 | Plant Biotechnology Journal | 9.803 | Ny famantarana ny ST1 dia mampiseho fifantenana mifandraika amin'ny fikajiana ny endriky ny voa ary ny votoatin'ny menaka mandritra ny fambolena soja | SLAF-Marker fampandrosoana |
| 2022 | Gazety iraisam-pirenena momba ny siansa molekule | 6.208 | Famantarana sy Famolavolana marika ADN ho an'ny Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) Fanoloana chromosome disomique | SLAF-Marker fampandrosoana |
| TAOM- | Journal | IF | Lohateny | Applications |
| 2023 | Frontiers amin'ny siansa zavamaniry | 6.735 | Sarintany QTL sy famakafakana transcriptome momba ny votoatin'ny siramamy mandritra ny fahamaizan'ny voankazo Pyrus pyrifolia | Sarintany génétique |
| 2022 | Plant Biotechnology Journal | 8.154 | Ny famantarana ny ST1 dia mampiseho fifantenana mahakasika ny fifindran'ny morphologie ny voa sy ny votoatin'ny menaka mandritra ny fiompiana soja
| SNP antso |
| 2022 | Frontiers amin'ny siansa zavamaniry | 6.623 | Genome-Wide Association Mapping of Hulless Barely Phenotypes amin'ny tontolo haintany.
| GWAS |
