Small RNA Sequencing-Illumina
Toetoetra
● Ny fanomanana trano famakiam-boky dia misy dingana mifantina ny habeny
● Famakafakana bioinformatic mifototra amin'ny faminaniana miRNA sy ny tanjony
Tombontsoa amin'ny serivisy
●Famakafakana bioinformatika feno:Mamela ny famantarana ireo miRNA fantatra sy novokarina, famantarana ireo kendrena miRNA, ary fanoritsoritana sy fanatsarana mifandraika amin'ny angon-drakitra marobe (KEGG, GO)
●Fanaraha-maso kalitao henjana: Mampihatra teboka fanaraha-maso fototra amin'ny dingana rehetra, manomboka amin'ny fanomanana santionany sy tranomboky ka hatramin'ny filaharana sy ny bioinformatics. Ity fanaraha-maso feno fahamalinana ity dia miantoka ny fandefasana vokatra avo lenta tsy tapaka.
●Fanohanana aorian'ny varotra: Ny fanoloran-tenantsika dia mihoatra ny fahavitan'ny tetikasa miaraka amin'ny fe-potoana 3 volana aorian'ny fivarotana. Mandritra izany fotoana izany dia manolotra fanaraha-maso ny tetikasa, fanampiana famahana olana ary fotoam-pivoriana Q&A izahay mba hamahana ireo fanontaniana mifandraika amin'ny valiny.
●Extensive Expertise: Miaraka amin'ny firaketana an-tsoratra momba ny fanakatonana am-pahombiazana ny tetikasa sRNA maro mirakitra karazana 300 mahery amin'ny sehatra fikarohana isan-karazany, mitondra traikefa be dia be amin'ny tetikasa tsirairay ny ekipanay.
Santionany takiana sy ny fanaterana
| -BOKIN'NY Vavolombelon'i Jehovah | Platform | Angona soso-kevitra | Takelaka data QC |
| Habe nofantenana | Illumina SE50 | 10M-20M mamaky | Q30≥85% |
Santionany takiana:
Nucleotides:
| Conc.(ng/μl) | Vola (μg) | fahadiovana | Tsy Nivadika |
| ≥ 80 | ≥ 0.8 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Voafetra na tsy misy fandotoana proteinina na ADN aseho amin'ny gel. | RIN≥6.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; voafetra na tsy misy elevation baseline |
● Zavamaniry:
Root, Stem na Petal: 450 mg
Ravina na voa: 300 mg
Voankazo: 1,2 g
● Biby:
Fo na tsinay: 450 mg
Viscera na ati-doha: 240 mg
Hozatra: 600 mg
Taolana, volo na hoditra: 1,5g
● Arthropoda:
bibikely: 9g
Crustacea: 450 mg
● Ra manontolo: 2 tavy
● sela: 106 sela
● Serum sy Plasma:6 mL
Fanaterana santionany soso-kevitra
Container: 2 ml centrifuge tube (tsy soso-kevitra)
Famaritana santionany: Vondrona + adika ohatra A1, A2, A3; B1, B2, B3.
fandefasana:
1. Dry-ice: Ny santionany dia mila atao anaty kitapo ary alevina ao anaty ranomandry maina.
2. RNAstable tubes: RNA santionany dia azo maina ao amin'ny RNA stabilization tube (oh RNAstable®) ary alefa amin'ny mari-pana.
Fizotry ny asa fanompoana
Famolavolana andrana
Fanaterana santionany
fitrandrahana RNA
Fananganana tranomboky
Sequencing
Famakafakana angona
Serivisy aorian'ny varotra
Bioinformatics
● Fanaraha-maso ny kalitaon'ny angona manta
● fanasokajiana sRNA
● Fandrindrana amin'ny génome reference
● Famantarana ny miRNA fantatra sy vaovao
● Famakafakana fanehoana miRNA samihafa
● Famaritana momba ny tanjona miRNA
Famantarana ny miRNA: rafitra sy halaliny
Fiteny tsy mitovy amin'ny miRNA - clustering hiearchical
Fanambarana miasa amin'ny tanjona amin'ny miRNA tsy mitovy
Tadiavo ny fivoaran'ny fikarohana nataon'ny BMKGene'sRNA sequence services amin'ny alàlan'ny fanangonana boky voarindra.
Chen, H. et al. (2023) 'Ny otrikaretina virosy dia manakana ny biosynthesis saponin sy ny photosynthesis ao amin'ny Panax notoginseng', Physiology sy Biochemistry, 203, p. 108038. doi: 10.1016/J.PLAPHY.2023.108038.
Li, H. et al. (2023) 'Ny zavamaniry FYVE misy proteinina FREE1 dia mifandray amin'ny singa microprocessor mba hanakanana ny biogenesis miRNA', tatitra EMBO, 24(1). doi: 10.15252/EMBR.202255037/SUPPL_FILE/EMBR202255037-SUP-0004-SDATAFIG4.TIF.
Yu, J. et al. (2023) 'Ny MicroRNA Ame-Bantam-3p dia manara-maso ny fivoaran'ny pupal larva amin'ny alàlan'ny fikendrena ireo sehatra mitovy amin'ny epidermal mitombo 8 Gene (megf8) ao amin'ny tantely, Apis mellifera', International Journal of Molecular Sciences, 24(6), p . 5726. doi: 10.3390/IJMS24065726/S1.
Zhang, M. et al. (2018) 'Fanadihadiana mitambatra amin'ny MiRNA sy Genes mifandray amin'ny kalitaon'ny hena dia manambara fa ny Gga-MiR-140-5p dia misy fiantraikany amin'ny fametrahana tavy ao anaty akoho', Physiology Cellular ary Biochemistry, 46 (6), p. 2421-2433. doi: 10.1159/000489649.
