-
RNA Sequencing nokleary tokana
Ny fampivoarana ny fisamborana sela tokana sy ny teknikan'ny fananganana tranomboky manokana, miaraka amin'ny filaharana avo lenta, dia nanova ny fandalinana fanehoana ny fototarazo amin'ny ambaratonga sela. Ity fandrosoana ity dia mamela ny famakafakana lalindalina kokoa sy feno kokoa momba ny isan'ny sela saro-takarina, mandresy ny fetra mifandray amin'ny salan'isa fanehoana ny fototarazo eo amin'ny sela rehetra ary mitahiry ny tena heterogène ao anatin'ireo mponina ireo. Raha manana tombony tsy azo lavina ny sequence RNA sela tokana (scRNA-seq), dia miatrika fanamby amin'ny tavy sasany izay sarotra ny famoronana fampiatoana sela tokana ary mitaky santionany vaovao. Ao amin'ny BMKGene, miatrika ity sakana ity izahay amin'ny alàlan'ny fanolorana ny sequencing RNA nucleus tokana (snRNA-seq) amin'ny fampiasana ny teknolojia 10X Genomics Chromium manara-penitra. Ity fomba fiasa ity dia manitatra ny santionan'ny santionany mifanaraka amin'ny famakafakana transcriptome amin'ny ambaratonga sela tokana.
Ny fitokanana ny nokleary dia vita amin'ny alàlan'ny chip 10X Genomics Chromium vaovao, misy rafitra microfluidics valo misy fantsona misy fiampitana roa. Ao anatin'ity rafitra ity, ny vakana gel izay misy barcodes, primers, enzymes, ary nucleus tokana dia voahodidin'ny menaka mitete nanoliter, mamorona Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Aorian'ny fananganana GEM, ny lysis sela sy ny famoahana barcode dia mitranga ao anatin'ny GEM tsirairay. Aorian'izay, ny molekiola mRNA dia mandalo transcription mivadika ho cDNA, mampiditra barcode 10X sy Unique Molecular Identifiers (UMIs). Ireo cDNA ireo dia iharan'ny fananganana tranomboky manara-penitra, manamora ny fikarohana matanjaka sy feno momba ny mombamomba ny fanehoana fototarazo amin'ny ambaratonga tokana.
Platform: 10× Genomics Chromium sy Illumina NovaSeq Platform
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Ny transcriptomic spatial dia teknôlôjia manara-penitra izay ahafahan'ny mpikaroka manadihady ny fomba fanehoana fototarazo ao anatin'ny tavy sady mitahiry ny tontolon'ny habakabaka. Sehatra matanjaka iray amin'ity sehatra ity ny 10x Genomics Visium miaraka amin'ny filaharana Illumina. Ny fitsipiky ny 10X Visium dia mipetraka amin'ny puce manokana misy faritra fisamborana voatondro izay ametrahana fizarana tavy. Ity faritry ny fisamborana ity dia misy toerana misy barcode, izay mifanitsy amin'ny toerana misy azy manokana ao anatin'ny tavy. Ireo molekiola RNA voasambotra avy amin'ny tavy dia asiana marika amin'ny famantarana molekiola tokana (UMI) mandritra ny dingan'ny fandikana mivadika. Ireo toerana misy barcode sy UMI ireo dia manome alalana ny fametahana spatial mazava tsara sy ny fanombanana ny fanehoana fototarazo amin'ny famahana sela tokana. Ny fitambaran'ny santionany misy barcode spatial sy UMI dia miantoka ny fahamarinan'ny angon-drakitra vokarina. Amin'ny alàlan'ny fampiasana an'io teknolojia Spatial Transcriptomics io, ny mpikaroka dia afaka mahazo fahatakarana lalindalina kokoa ny fandaminana spatial ny sela sy ny fifaneraserana molekiola sarotra mitranga ao anatin'ny tavy, izay manome fomba fijery sarobidy momba ny mekanika mifototra amin'ny fizotry ny biolojika amin'ny sehatra maro, anisan'izany ny oncology, ny neuroscience, ny biolojia fampandrosoana, ny immunology. , ary fandalinana botanika.
Platform: 10X Genomics Visium sy Illumina NovaSeq
-
MRNA Sequencing-Nanopore feno
Raha ny fizotry ny mRNA mifototra amin'ny NGS dia fitaovana isan-karazany hamaritana ny fitenin'ny fototarazo, ny fiankinany amin'ny famakiana fohy dia mametra ny fahombiazany amin'ny famakafakana transcriptomic sarotra. Amin'ny lafiny iray, ny filaharan'ny nanopore dia mampiasa teknolojia efa ela novakiana, mamela ny filaharan'ny transcript mRNA feno. Ity fomba fiasa ity dia manamora ny fikarohana feno amin'ny fifandimbiasana hafa, ny fifangaroan'ny fototarazo, ny poly-adenylation, ary ny fanombanana ny isoforme mRNA.
Nanopore sequencing, fomba iray izay miankina amin'ny nanopore molekiola tokana famantarana elektrika amin'ny fotoana tena izy, dia manome vokatra amin'ny fotoana tena izy. Notarihin'ny proteinina maotera, ny ADN misy tady roa dia mifatotra amin'ny proteinina nanopore tafiditra ao anaty biofilm iray, miala sasatra rehefa mandalo amin'ny fantsona nanopore eo ambanin'ny elanelana malefaka. Ny famantarana elektrika miavaka ateraky ny fototra samihafa amin'ny tady ADN dia hita sy voasokajy amin'ny fotoana tena izy, manamora ny fizotry ny nucleotide marina sy mitohy. Ity fomba fiasa vaovao ity dia mandresy ny fetran'ny famakiana fohy ary manome sehatra mavitrika ho an'ny famakafakana génomika be pitsiny, ao anatin'izany ny fandalinana transcriptomic sarotra, miaraka amin'ny valiny avy hatrany.
Platform: Nanopore PromethION 48
-
Fizarana mRNA feno -PacBio
Raha ny fizotry ny mRNA mifototra amin'ny NGS dia fitaovana isan-karazany hamaritana ny fitenin'ny fototarazo, ny fiankinany amin'ny famakiana fohy dia mametra ny fampiasana azy amin'ny famakafakana transcriptomic sarotra. Amin'ny lafiny iray, ny filaharan'ny PacBio (Iso-Seq) dia mampiasa teknolojia efa ela novakiana, mamela ny filaharan'ny transcript mRNA feno. Ity fomba fiasa ity dia manamora ny fikarohana feno amin'ny fifandimbiasana hafa, ny fusionan'ny fototarazo ary ny poly-adenylation. Na izany aza, misy safidy hafa amin'ny fampitomboana ny fanehoana ny fototarazo noho ny habetsahan'ny angona ilaina. Ny teknôlôjian'ny sequencing PacBio dia miankina amin'ny filaharana molekiola tokana, tena-fotoana (SMRT), manome tombony miavaka amin'ny fakana ireo transcript mRNA feno. Ity fomba fiasa manavao ity dia misy ny fampiasana zero-mode waveguides (ZMWs) sy ny lavadrano microfabricated izay ahafahana mijery amin'ny fotoana tena izy ny hetsika polymerase ADN mandritra ny filaharana. Ao anatin'ireo ZMW ireo, ny polymerase ADN an'i PacBio dia mamorona tady mifameno amin'ny ADN, miteraka vakiteny lava mandrakotra ny transcript mRNA manontolo. Ny fiasan'ny PacBio amin'ny maodely Circular Consensus sequencing (CCS) dia manatsara ny fahitsiana amin'ny famerimberenana ny molekiola mitovy. Ny famakiana HiFi vokarina dia manana fahamendrehana azo ampitahaina amin'ny NGS, izay manampy amin'ny famakafakana feno sy azo itokisana momba ny endri-tsoratra transcriptomic sarotra.
Platform: PacBio Sequel II; PacBio Revio
-
Eukaryotic mRNA Sequencing-NGS
Ny filaharana mRNA, teknôlôjia maro samihafa, dia manome hery ny mombamomba ny transcript mRNA rehetra ao anatin'ny sela ao anatin'ny fepetra manokana. Miaraka amin'ny fampiharana midadasika, ity fitaovana manara-penitra ity dia mamoaka ny mombamomba ny fanehoana fototarazo, ny rafitry ny fototarazo ary ny mekanika molekiola mifandray amin'ny fizotry ny biolojika isan-karazany. Nalaina betsaka tamin'ny fikarohana fototra, ny diagnostika klinika ary ny fivoaran'ny zava-mahadomelina, ny filaharana mRNA dia manolotra fomba fijery momba ny saro-pady amin'ny fihetsehan'ny sela sy ny fandrindrana fototarazo, izay miteraka fahalianana momba ny mety ho azony amin'ny sehatra isan-karazany.
Sehatra: Illumina NovaSeq X; DNSSEQ-T7
-
MRNA Sequencing-NGS tsy mifototra amin'ny Reference
Ny fizotry ny mRNA dia manome hery ny mombamomba ny transcript mRNA rehetra ao anatin'ny sela ao anatin'ny fepetra manokana. Ity teknôlôjia manara-penitra ity dia fitaovana mahery vaika, mamoaka ny mombamomba ny fanehoana fototarazo be pitsiny, ny rafitry ny fototarazo ary ny mekanika molekiola mifandray amin'ny fizotry ny biolojika isan-karazany. Nalaina betsaka tamin'ny fikarohana fototra, ny diagnostika klinika, ary ny fampivoarana zava-mahadomelina, ny filaharana mRNA dia manome fanazavana momba ny saro-pady amin'ny dinamika sela sy ny fifehezana fototarazo.
Sehatra: Illumina NovaSeq X; DNSSEQ-T7
-
Long Non-coding Sequencing-Illumina
Ny RNA tsy misy kaody lava (lncRNAs) dia lava noho ny nucleotides 200 izay manana ny fahafaha-manao fanodinana kely indrindra ary singa manan-danja ao anatin'ny RNA tsy misy kaody. Hita ao amin'ny nucleus sy cytoplasm, ireo RNA ireo dia mitana anjara toerana lehibe amin'ny fitsipika epigenetika, transcriptional ary post-transcriptional, manasongadina ny maha-zava-dehibe azy ireo amin'ny famolavolana ny fizotran'ny sela sy ny molekiola. LncRNA sequencing dia fitaovana mahery vaika amin'ny fanavahana sela, Ontogenesis, ary aretin'olombelona.
Sehatra: Illumina NovaSeq
-
Small RNA Sequencing-Illumina
Ny molekiolan'ny RNA kely (sRNA), dia misy microRNAs (miRNAs), RNAs interfering kely (siRNAs), ary RNAs mifandray amin'ny piwi (piRNAs). Amin'ireo, miRNAs, manodidina ny 18-25 nucleotides ny halavany, dia misongadina manokana amin'ny andraikitr'izy ireo amin'ny fanaraha-maso lehibe amin'ny fizotran'ny sela isan-karazany. Miaraka amin'ny endrika fanehoana manokana amin'ny tavy sy sehatra manokana, ny miRNA dia mampiseho fiarovana avo amin'ny karazana samihafa.
Sehatra: Illumina NovaSeq
-
CircRNA Sequencing-Illumina
Ny filaharan'ny RNA boribory (circRNA-seq) dia ny mombamomba sy ny famakafakana ny RNA boribory, kilasin'ny molekiola RNA izay mamorona tadivavarana mihidy noho ny hetsika tsy kanônika splicing, manome ity RNA ity amin'ny fitoniana mitombo. Raha toa ny circRNAs sasany dia naseho ho toy ny sponjy microRNA, manara-maso ny microRNAs ary manakana azy ireo tsy handamina ny mRNA kendrena azy, ny circRNA hafa dia mety hifanerasera amin'ny proteinina, manova ny fanehoana fototarazo, na manana anjara amin'ny fizotran'ny sela. Ny famakafakana ny fanehoana circRNA dia manome fanazavana momba ny andraikitry ny mpandidy ireo molekiola ireo sy ny maha-zava-dehibe azy ireo amin'ny fizotran'ny sela isan-karazany, ny dingan'ny fivoarana ary ny toetry ny aretina, izay manampy amin'ny fahatakarana lalindalina kokoa ny fahasarotan'ny fifehezana RNA amin'ny tontolon'ny fanehoana fototarazo.
-
Fizarana Transcriptome manontolo - Illumina
Ny filaharan'ny transcriptome manontolo dia manolotra fomba fiasa feno amin'ny fametahana molekiolan'ny RNA isan-karazany, ahitana ny kaody (mRNA) sy ny RNA tsy misy kaody (lncRNA, circRNA, ary miRNA). Ity teknika ity dia maka ny transcriptome manontolo amin'ny sela manokana amin'ny fotoana iray, mamela ny fahatakarana tanteraka ny fizotran'ny sela. Fantatra ihany koa amin'ny hoe "sequencing RNA total", mikendry ny hamoaka tambajotra ara-dalàna saro-pady amin'ny ambaratonga transcriptome, ahafahan'ny famakafakana lalina toy ny RNA endogenous (ceRNA) mifaninana sy ny fanadihadiana RNA iraisana. Izany dia manamarika ny dingana voalohany mankany amin'ny endri-javatra miasa, indrindra amin'ny famahana ny tambajotra mifehy misy ny fifandraisana ceRNA mifototra amin'ny circRNA-miRNA-mRNA.
