-
Génomika fampitahana
Ny génomika fampitahana dia ahitana ny fandinihana sy fampitahana ny filaharan'ny fototarazo manontolo sy ny firafitry ny karazany samihafa. Ity sehatra ity dia mikasa ny hamoaka ny fivoaran'ny karazana, hamadika ny asan'ny fototarazo, ary hanazava ny rafitra mifehy ny fototarazo amin'ny alàlan'ny famantarana ireo rafitra sy singa misy filaharana voatahiry na tsy mitovy amin'ny zavamananaina isan-karazany. Ny fandalinana génomika fampitahana feno dia ahitana famakafakana toy ny fianakavian'ny fototarazo, ny fivoaran'ny evolisiona, ny fisehoan-javatra dika mitovy amin'ny genome manontolo, ary ny fiantraikan'ny fanerena mifantina.
-
Genetika evolisiona
Ny sehatra famakafakana fototarazo momba ny mponina sy ny evolisiona dia miorina amin'ny fototry ny traikefa goavana voaangona tao anatin'ny ekipa BMK R&D nandritra ny taona maro. Izy io dia fitaovana mora ampiasaina indrindra ho an'ny mpikaroka izay tsy manana mari-pahaizana momba ny bioinformatics. Ity sehatra ity dia ahafahan'ny fanadihadiana fototra mifandraika amin'ny fototarazo evolisiona ao anatin'izany ny fananganana hazo phylogenetic, famakafakana ny tsy fitoviana amin'ny fifandraisana, fanombanana ny fahasamihafan'ny fototarazo, famakafakana famafazana voafantina, fanadihadiana momba ny fianakaviana, PCA, fanadihadiana momba ny firafitry ny mponina, sns.
-
Hi-C miorina amin'ny Genome Assembly
Ny Hi-C dia fomba iray natao hisamborana ny fandrindrana krômôzôma amin'ny alàlan'ny fampifangaroana ny fifandraisana mifototra amin'ny akaiky sy ny filaharana avo lenta. Ny hamafin'ireo fifandraisana ireo dia heverina fa misy ifandraisany amin'ny elanelana ara-batana amin'ny chromosomes. Noho izany, ny angon-drakitra Hi-C dia ampiasaina hitarihana ny fivondronana, ny filaharana ary ny fandrindrana ny filaharana miangona ao amin'ny fototarazo iray ary ny fametrahana ireo amin'ny krômôzôma maromaro. Ity teknôlôjia ity dia manome hery ny fivorian'ny génomôma ambaratongan'ny krômôzôma raha tsy misy sarintany fototarazo mifototra amin'ny mponina. Ny génome tsirairay dia mila Hi-C.
-
Zavamaniry/Biby De Novo Genome Sequencing
De NovoNy sequencing dia manondro ny fananganana fototarazo iray manontolo amin'ny alàlan'ny teknolojian'ny filaharana raha tsy misy fototarazo reference. Ny fampidirana sy ny fampiasana miely patrana amin'ny filaharan'ny taranaka fahatelo, ahitana vakiteny lava kokoa, dia nanatsara ny fivorian'ny genome tamin'ny alalan'ny fampitomboana ny fifandimbiasan'ny vakiteny. Ity fanatsarana ity dia manan-danja indrindra rehefa miatrika fototarazo sarotra, toy ireo mampiseho heterozygosity avo, tahan'ny faritra miverimberina, polyploids, ary faritra misy singa miverimberina, atiny GC tsy mahazatra, na fahasarotana avo lenta izay matetika tsy miangona amin'ny fampiasana filaharana fohy. irery.
Ny vahaolana tokana ataonay dia manome serivisy filaharana mitambatra sy famakafakana bioinformatic izay manome génomé de novo avo lenta. Ny fanadihadiana momba ny génome voalohany miaraka amin'i Illumina dia manome tombantombana ny haben'ny génome sy ny fahasarotana, ary io fampahalalana io dia ampiasaina hitarihana ny dingana manaraka amin'ny filaharana efa ela be miaraka amin'ny PacBio HiFi, arahin'nyde novofivorian'ny contigs. Ny fampiasana manaraka ny fivorian'ny HiC dia ahafahana mametraka ny contigs amin'ny génome, mahazo fivorian'ny chromosome. Farany, ny génome dia voamarika amin'ny alàlan'ny vinavinan'ny fototarazo sy amin'ny alàlan'ny filaharan'ny fototarazo, amin'ny fampiasana transcriptomes miaraka amin'ny famakiana fohy sy lava.
-
Fizarana Exome manontolo olombelona
Human Whole exome sequencing (hWES) dia eken'ny besinimaro ho fomba fiasa mahomby sy mahery vaika amin'ny famaritana ny fiovan'ny aretina. Na dia eo aza ny 1.7% amin'ny génome iray manontolo, ny exon dia mitana anjara toerana lehibe amin'ny fanehoana mivantana ny mombamomba ny fiasan'ny proteinina manontolo. Marihina fa ao amin'ny génome olombelona, mihoatra ny 85% ny fiovan'ny aretina mifandraika amin'ny aretina miseho ao amin'ny faritra misy proteinina. Ny BMKGENE dia manolotra serivisy fanaraha-maso exome manontolo ho an'ny olombelona feno sy malefaka miaraka amin'ny paikady fisamborana exon roa samy hafa azo atao mba hahatratrarana tanjona fikarohana samihafa.
-
Fizarana sombintsombiny amplified-toerana manokana (SLAF-Seq)
Ny fametahana fototarazo avo lenta, indrindra amin'ny mponina midadasika, dia dingana fototra amin'ny fandalinana ny fikambanan'ny fototarazo ary manome fototra fototarazo ho an'ny fikarohana fototarazo miasa, fanadihadiana momba ny evolisiona, sns.Sequencing Genome Reduced Representation (RRGS)dia matetika ampiasaina amin'ireo fanadihadiana ireo mba hampihenana ny vidin'ny filaharana isaky ny santionany ary hitazonana ny fahombiazany amin'ny fahitana marika fototarazo. Ny RRGS dia mahavita izany amin'ny alàlan'ny fandevonan-kanina ADN miaraka amin'ny anzima fameperana ary mifantoka amin'ny haben'ny sombiny manokana, ka ny ampahany kely amin'ny génome ihany no mandrindra izany. Amin'ireo fomba fiasa RRGS isan-karazany, ny Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing (SLAF) dia fomba fanao azo zahana sy avo lenta. Ity fomba ity, novolavolain'ny BMKGene tsy miankina, dia manatsara ny enzyme fameperana napetraka ho an'ny tetikasa tsirairay. Izany dia miantoka ny famokarana marika SLAF marobe (faritra 400-500 bps ao amin'ny génome apetraka) izay zaraina mitovy manerana ny génome ary misoroka tsara ny faritra miverimberina, ka manome antoka ny fahitana marika fototarazo tsara indrindra.
-
Illumina tranomboky efa vita
Ny teknolojian'ny sequencing Illumina, mifototra amin'ny Sequencing by Synthesis (SBS), dia fanavaozana NGS eran'izao tontolo izao, tompon'andraikitra amin'ny famokarana mihoatra ny 90% amin'ny angon-drakitra momba ny filaharana manerantany. Ny foto-kevitry ny SBS dia ny fanaovana sary amin'ny terminator azo averina misy soratra fluorescently rehefa ampiana ny dNTP tsirairay, ary avy eo dia tapaka mba hamela ny fampidirana ny fototra manaraka. Miaraka amin'ireo dNTP mifamatotra amin'ny terminator efatra azo averina amin'ny tsingerin'ny sequence tsirairay, ny fifaninanana voajanahary dia manamaivana ny fitongilanana fampidirana. Ity teknôlôjia isan-karazany ity dia manohana ny tranomboky mamaky tokan-tena sy mifanandrify amin'ny farany, mamahana karazana fampiharana génomika. Ny fahaizan'ny Illumina sequencing dia mametraka azy io ho vato fehizoro amin'ny fikarohana génomika, manome hery ny mpahay siansa hamaha ny hasarotry ny fototarazo miaraka amin'ny antsipiriany sy ny fahombiazany tsy manam-paharoa.
Ny serivisy famandrihana tranomboky efa vita dia ahafahan'ny mpanjifa manomana tranomboky filaharana avy amin'ny loharano samihafa (mRNA, genome manontolo, amplicon, tranomboky 10x, ankoatry ny hafa). Aorian'izay, ireo tranomboky ireo dia azo alefa any amin'ny foibe filaharana ho an'ny fanaraha-maso ny kalitao sy ny filaharana amin'ny sehatra Illumina.
