-
Metagenomic Sequencing -NGS
Ny metagenome dia fitambarana akora fototarazo manontolo amin'ny vondrom-piarahamonina mifangaro zavamananaina, toy ny metagôneôma ara-tontolo iainana sy olombelona. Izy io dia misy fototarazon'ny microorganisms azo ambolena sy tsy azo ambolena. Ny filaharan'ny metagenomika Shotgun miaraka amin'ny NGS dia ahafahan'ny fandalinana ireo tanin'ny génomika be pitsiny tafiditra ao anatin'ny santionany amin'ny tontolo iainana amin'ny alàlan'ny fanomezana mihoatra noho ny fanaovana profiling taxonomic, manome fanazavana misimisy ihany koa momba ny fahasamihafan'ny karazana, ny dinamika be dia be ary ny firafitry ny mponina sarotra. Ankoatra ny fandalinana taxonomic, ny metagenomics basy basy dia manolotra fomba fijery génomika miasa, ahafahana mikaroka ireo fototarazo voakodia sy ny anjara asany eo amin'ny fizotran'ny tontolo iainana. Farany, ny fametrahana tambajotram-pifandraisana misy eo amin'ny singa fototarazo sy ny anton-javatra ara-tontolo iainana dia manampy amin'ny fahatakarana tanteraka ny fifampikasohana saro-pady eo amin'ny vondrom-piarahamonina mikraoba sy ny fiaviany ara-tontolo iainana. Ho fehin-kevitra, ny filaharana metagenomika dia mijoro ho fitaovana manan-danja amin'ny famahana ny fikorontanan'ny génomika amin'ny vondrom-piarahamonina mikraoba isan-karazany, manazava ny fifandraisana marobe misy eo amin'ny fototarazo sy ny ekolojia ao anatin'ireo tontolo iainana sarotra ireo.
Sehatra: Illumina NovaSeq sy DNBSEQ-T7
-
Metagenomic Sequencing-TGS
Ny metagenome dia fitambarana akora fototarazo amin'ny vondrom-piarahamonina mifangaro zavamananaina, toy ny metagôneôma ara-tontolo iainana sy olombelona. Izy io dia misy fototarazon'ny microorganisms azo ambolena sy tsy azo ambolena. Ny filaharan'ny metagenomika dia ahafahan'ny fandalinana ireo tontolon'ny génomika be pitsiny tafiditra ao anatin'ny santionany ara-tontolo iainana amin'ny alalan'ny fanomezana mihoatra noho ny mombamomba ny taksonômika. Izy io koa dia manolotra fomba fijery génomika miasa amin'ny alàlan'ny fijerena ireo fototarazo voakodia sy ny anjara asany eo amin'ny fizotran'ny tontolo iainana. Raha ny fomba fiasa nentim-paharazana miaraka amin'ny sequencing Illumina dia nampiasaina betsaka tamin'ny fandalinana metagenomika, ny fahatongavan'ny Nanopore sy PacBio dia nanova ny sehatra. Ny teknolojia Nanopore sy PacBio dia manatsara ny famakafakana bioinformatic midina, indrindra ny fivorian'ny metagenome, miantoka ny fivorian'ny fivorian'ny maro. Ny tatitra dia manondro fa ny metagenomika miorina amin'ny Nanopore sy ny PacBio dia nahomby tamin'ny famoronana fototarazo bakteria feno sy mihidy avy amin'ny microbiome sarotra (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Ny fampidirana ny famakiana Nanopore miaraka amin'ny famakiana Illumina dia manome fomba stratejika ho an'ny fanitsiana ny fahadisoana, manalefaka ny fahamendrehan'ny Nanopore ambany. Ity fitambarana synergistic ity dia mampiasa ny tanjaky ny sehatra filaharana tsirairay, manolotra vahaolana matanjaka handresena ny fetra mety hitranga ary hampandroso ny fahitsiana sy ny fahatokisana ny famakafakana metagenomika.
Platform: Nanopore PromethION 48, Illumia ary PacBio Revio
-
Fizarana bisulfite genome manontolo (WGBS)
Ny Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) manontolo dia mijoro ho fomba amam-panao volamena ho an'ny fikarohana lalina ny methylation ADN, indrindra ny toerana fahadimy ao amin'ny cytosine (5-mC), mpandrindra ny fanehoana ny fototarazo sy ny hetsika sela. Ny fitsipika fototry ny WGBS dia misy fitsaboana bisulfite, mampirisika ny fiovan'ny cytosines tsy misy methylated ho uracil (C to U), raha mamela ny cytosine methylated tsy miova. Ity teknika ity dia manolotra famahana fototra tokana, ahafahan'ny mpikaroka manadihady tanteraka ny methylome ary mamoaka ireo lamina methylation tsy ara-dalàna mifandraika amin'ny toe-javatra isan-karazany, indrindra ny homamiadana. Amin'ny alàlan'ny fampiasana WGBS, ny mpahay siansa dia afaka mahazo fomba fijery tsy manam-paharoa amin'ny tontolon'ny methylation génomée, izay manome fahatakarana mitovitovy amin'ny mekanika epigenetika izay fototry ny fizotran'ny biolojika sy aretina isan-karazany.
-
Fanadihadiana ho an'ny Chromatin Transposase-Accessible miaraka amin'ny Sequencing High Throughput (ATAC-seq)
ATAC-seq dia teknikam-pandaharana avo lenta ampiasaina amin'ny famakafakana ny fidirana amin'ny krômatin'ny genome. Ny fampiasana azy dia manome fahatakarana lalindalina kokoa ny rafitra sarotra amin'ny fanaraha-maso epigenetika manerantany amin'ny fanehoana fototarazo. Ny fomba dia mampiasa transposase Tn5 hyperactive mba hizarana sy hanisy marika ny faritra kromatin misokatra amin'ny alàlan'ny fampidirana adaptatera filaharana. Ny fanamafisam-peo PCR manaraka dia miteraka fitehirizam-bokin'ny filaharana, izay ahafahan'ny famantarana feno ny faritra kromatin misokatra ao anatin'ny fepetra manokana amin'ny habakabaka. Ny ATAC-seq dia manome fomba fijery feno momba ny tontolon'ny chromatin azo idirana, fa tsy toy ny fomba izay mifantoka fotsiny amin'ny toerana mamatotra ny transcription factor na faritra manokana novaina histone. Amin'ny alàlan'ny filaharana ireo faritra kromatin misokatra ireo, ny ATAC-seq dia manambara ireo faritra izay azo inoana kokoa amin'ny filaharana ara-dalàna mavitrika sy ireo toerana mamatotra ny transcription factor, izay manome fomba fijery manan-danja amin'ny fanovana mavitrika amin'ny fanehoana fototarazo manerana ny génome.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Ny fototarazo 16S sy 18S rRNA, miaraka amin'ny faritra Internal Transcribed Spacer (ITS), dia toy ny marika fanondro molekiolan'ny molekiolan'ny rantsantanana noho ny fitambaran'ireo faritra tena voatahiry sy hyper-variable, ka mahatonga azy ireo ho fitaovana sarobidy hamaritana ny zavamananaina prokaryotic sy eukaryotic. Ny fanamafisam-peo sy ny filaharana amin'ireo faritra ireo dia manolotra fomba fiasa tsy misy fitokanana amin'ny fanadihadiana ny firafitry ny mikraoba sy ny fahasamihafan'ny tontolo iainana isan-karazany. Raha mazàna mikendry faritra hypervariable fohy toa ny V3-V4 an'ny 16S sy ITS1 ny filaharana Illumina, dia hita fa azo tanterahina amin'ny alàlan'ny fametahana ny halavan'ny 16S, 18S ary ITS ny fanondroana taxonomika ambony. Ity fomba fiasa feno ity dia miteraka isan-jato ambony kokoa amin'ny filaharana voasokajy araka ny marina, mahatratra ny haavon'ny famahana izay miitatra amin'ny famantarana ny karazana. PacBio's Single-Molecule Real-Time (SMRT) sequence platform dia misongadina amin'ny fanomezana famakiana lava be (HiFi) tena marina izay mandrakotra ny amplicons lava lava, mifanandrify amin'ny fahamarinan'ny sequence Illumina. Io fahaiza-manao io dia ahafahan'ny mpikaroka mahazo tombony tsy manan-tsahala - fijery panoramic momba ny tontolon'ny fototarazo. Ny fandrakofana miitatra dia mampiakatra be ny famahana ny fanamarihan'ny karazana, indrindra ao anatin'ny vondrom-piarahamonina bakteria na holatra, ahafahana mahazo fahalalana lalindalina kokoa ny saro-piaro amin'ny mponina mikraoba.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Ny fizotry ny Amplicon miaraka amin'ny teknolojia Illumina, mikendry manokana ny marika 16S, 18S ary ITS, dia fomba mahery vaika hamahana ny phylogeny, taxonomy ary karazana karazana ao anatin'ny vondrom-piarahamonina mikraoba. Ity fomba fiasa ity dia ahitana ny filaharan'ny faritra hypervariable amin'ny marika fototarazo. Nampidirina tany am-boalohany ho toy ny dian-tanana molekiola nataon'iWoeses et altamin'ny 1977, ity teknika ity dia nanova ny mombamomba ny microbiome tamin'ny alàlan'ny fampandehanana famakafakana tsy misy fitokana-monina. Amin'ny alàlan'ny filaharan'ny 16S (bakteria), 18S (holatra), ary Spacer Transcribed anatiny (ITS, holatra), dia tsy vitan'ny hoe fantatr'ireo mpikaroka ireo karazana be dia be fa ireo tsy fahita firy sy tsy fantatra. Nalaina be ho fitaovana lehibe, ny filaharana amplicon dia lasa fitaovana amin'ny fanavahana ny firafitry ny mikraoba samihafa manerana ny tontolo isan-karazany, ao anatin'izany ny vavan'ny olombelona, ny tsinainy, ny fivalanana, ary ny sisa.
-
Famerenana ny Genome manontolo amin'ny bakteria sy holatra
Ny tetik'asa famerenana ny fototarazo mikraoba sy ny holatra dia tena ilaina amin'ny fampivoarana ny génomika mikraoba amin'ny alàlan'ny famitana sy fampitahana ny fototarazo mikraoba. Izany dia manamora ny injeniera fermentation, ny fanatsarana ny fizotran'ny indostria, ary ny fikarohana ny lalan'ny metabolisma faharoa. Fanampin'izay, ny famerimberenan'ny holatra sy ny bakteria dia zava-dehibe amin'ny fahatakarana ny fampifanarahana ny tontolo iainana, ny fanatsarana ny tebiteby, ary ny fanehoana ny dinamikan'ny fivoaran'ny fototarazo, izay misy fiantraikany lehibe amin'ny fitsaboana, ny fambolena ary ny siansa momba ny tontolo iainana.
-
PacBio-Full-length 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing
Ny sehatra Amplicon (16S/18S/ITS) dia novolavolaina tamin'ny traikefa an-taonany tamin'ny famakafakana tetikasa isan-karazany mikraoba, izay misy famakafakana fototra manara-penitra sy famakafakana manokana: ny famakafakana fototra dia mandrakotra ny votoatin'ny famakafakana mahazatra amin'ny fikarohana mikraoba ankehitriny, ny votoatin'ny fanadihadiana dia manankarena sy feno, ary ny valin'ny fanadihadiana dia aseho amin'ny endrika tatitra momba ny tetikasa; Ny votoatin'ny famakafakana manokana dia isan-karazany. Santionany dia azo voafantina sy masontsivana azo apetraka flexibly araka ny fanadihadiana fototra tatitra sy ny fikarohana tanjona, mba hahatakatra ny fepetra manokana. Windows rafitra fandidiana, tsotra sy haingana.
-
PacBio-Full-length Transcriptome (Tsy misy Reference)
Mandray ny angon-drakitra fisehon'ny Pacific Biosciences (PacBio) Isoform ho fampidirana, ity App ity dia afaka hamantatra ny filaharan'ny transcript feno (tsy misy fivoriambe). Amin'ny alàlan'ny fanaovana sarintany ny filaharana feno amin'ny fototarazo reference, ny transcript dia azo amboarina amin'ny alàlan'ny fototarazo fantatra, transcript, faritra fanodinana, sns. Amin'ity tranga ity, azo atao ny mamantatra tsara kokoa ny rafitry ny mRNA, toy ny fifandimbiasana hafa, sns. Ny famakafakana iraisana miaraka amin'ny angon-drakitra fizotry ny transcriptome NGS dia ahafahan'ny fanamarihana feno kokoa sy ny fanombanana marina kokoa amin'ny fitenenana amin'ny ambaratonga transcript, izay mahasoa indrindra amin'ny fanehoan-kevitra sy ny famakafakana asa.
-
Fizarana bisulfite mihena (RRBS)
Nipoitra ho safidy lafo vidy sy mahomby amin'ny Sequencing Bisulfite Genome (WGBS) amin'ny fikarohana methylation ADN. Na dia manome fomba fijery feno aza ny WGBS amin'ny fandinihana ny fototarazo manontolo amin'ny famahana fototra tokana, ny vidiny avo dia mety ho antony mametra. Ny RRBS dia manalefaka io fanamby io amin'ny alàlan'ny famakafakana ny ampahany solontenan'ny genome. Ity fomba fiasa ity dia miankina amin'ny fanatsarana ny faritra manankarena amin'ny nosy CpG amin'ny alàlan'ny fizarazarana MspI arahin'ny fifantenana habe amin'ny sombiny 200-500/600 bps. Noho izany, ny faritra akaiky amin'ny nosy CpG ihany no alahatra, fa ireo manana nosy CpG lavitra dia tsy tafiditra ao anatin'ny fanadihadiana. Ity dingana ity, miaraka amin'ny fizotry ny bisulfite, dia ahafahana mamantatra ny methylation ADN, ary ny fomba fiasa, PE150, dia mifantoka manokana amin'ny faran'ny insert fa tsy eo afovoany, mampitombo ny fahombiazan'ny methylation profiling. Ny RRBS dia fitaovana tena sarobidy izay ahafahan'ny fikarohana methylation ADN mahomby sy mampandroso ny fahalalana momba ny mekanika epigenetika.
-
Prokaryotic RNA Sequencing
Ny sequencing RNA dia manome hery ny mombamomba ny transcript RNA rehetra ao anatin'ny sela ao anatin'ny fepetra manokana. Ity teknôlôjia manara-penitra ity dia fitaovana mahery vaika, mamoaka ny mombamomba ny fanehoana fototarazo be pitsiny, ny rafitry ny fototarazo ary ny mekanika molekiola mifandray amin'ny fizotry ny biolojika isan-karazany. Nalaina betsaka tamin'ny fikarohana fototra, ny diagnostika klinika ary ny fivoaran'ny zava-mahadomelina, ny filaharana RNA dia manome fomba fijery momba ny saro-pady amin'ny fihetsehan'ny sela sy ny fifehezana fototarazo. Ny fanodinana santionany RNA prokaryotika dia namboarina ho an'ny transcriptomes prokaryotika, misy ny fihenan'ny rRNA sy ny fanomanana tranomboky.
Sehatra: Illumina NovaSeq
-
Metatranscriptome Sequencing
Mampiasa ny teknolojian'ny sequence Illumina, ny serivisy metatranscriptome sequence an'ny BMKGENE dia mampiseho ny fanehoana fototarazo mavitrika amin'ny karazana mikraoba isan-karazany, mamakivaky ny eukaryotes mankany amin'ny prokaryotes sy ny viriosy, ao anatin'ny tontolo voajanahary toy ny tany, rano, ranomasina, fefy ary ny tsinay. Ny serivisinay feno dia manome hery ny mpikaroka handalina ny mombamomba ny fanehoana fototarazo feno amin'ireo vondrom-piarahamonina mikraoba sarotra. Ankoatra ny famakafakana taxonomic, ny serivisy metatranscriptome sequencing dia manamora ny fikarohana amin'ny fanatsarana ny fiasa, manazava ny fototarazo samihafa sy ny anjara asany. Mitadiava hevi-baovao biolojika be dia be rehefa mandehandeha amin'ny tontolon'ny fanehoana fototarazo, ny fahasamihafan'ny taksonomika, ary ny dinamika miasa ao anatin'ireo sehatra ara-tontolo iainana samihafa ireo ianao.
-
De novo Fungal Genome Assembly
Ny BMKGENE dia manolotra vahaolana isan-karazany ho an'ny génome holatra, mamaly ny filàna fikarohana isan-karazany sy ny fahafenoan'ny génome irina. Ny fampiasana ny filaharana Illumina fohifohy mamaky fotsiny dia mamela ny famokarana fototarazo. Ny famakian-teny fohy sy ny famakian-teny lava amin'ny fampiasana Nanopore na Pacbio dia mitambatra ho an'ny génome holatra voadio kokoa miaraka amin'ny contigs lava kokoa. Ankoatr'izay, ny fampidirana ny filaharana Hi-C dia manatsara kokoa ny fahaiza-manao, ahafahana mahazo ny génomôma feno chromosome.
