-
Hi-C mifototra amin'ny Chromatin Interaction
Ny Hi-C dia fomba iray natao hisintonana ny firafitry ny génomika amin'ny alàlan'ny fampifangaroana ny fifandraisana mifototra amin'ny akaiky sy ny filaharana avo lenta. Ny fomba dia mifototra amin'ny chromatin crosslinking amin'ny formaldehyde, arahin'ny fandevonan-kanina sy ny re-ligation amin'ny fomba izay sombintsombin'ny covalently mifandray ihany no hamorona ligation vokatra. Amin'ny alàlan'ny filaharan'ireo vokatra ligation ireo dia azo atao ny mandalina ny fandaminana 3D an'ny génomé. Ny Hi-C dia ahafahan'ny fandalinana ny fizarana ny ampahany amin'ny génomé izay mifono maivana (efitra A, euchromatin) ary mety ho mavitrika kokoa amin'ny fandikana, ary ireo faritra feno hipoka kokoa (efitra B, Heterochromatin). Ny Hi-C koa dia azo ampiasaina hamantarana ny Topologically Associated Domains (TADs), faritra ao amin'ny génome manana rafitra mivalona ary mety manana endrika fitenenana mitovy, ary hamantarana ireo tadivavarana kromatin, faritra ADN izay mifamatotra amin'ny proteinina ary izay matetika manankarena amin'ny singa mifehy. Ny serivisy fanaraha-maso Hi-C an'ny BMKGene dia manome hery ny mpikaroka hikaroka ny refin'ny génômika, manokatra lalana vaovao amin'ny fahatakarana ny fitsipiky ny genome sy ny fiantraikany amin'ny fahasalamana sy ny aretina.
-
Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP-seq)
Ny Chromatin Immunoprecipitation (CHIP) dia teknika iray mampiasa antikôla mba hanatsara ny proteinina mifamatotra amin'ny ADN sy ny tanjon'izy ireo. Ny fampidirana azy amin'ny NGS dia ahafahan'ny mombamomba ny genome manerana ny lasibatra ADN mifandray amin'ny fanovana histone, anton-javatra transcription ary proteinina hafa mamatotra ADN. Ity fomba fiasa mavitrika ity dia ahafahan'ny fampitahana ireo tranonkala mifamatotra amin'ny karazana sela, tavy, na fepetra samihafa. Ny fampiharana ny ChIP-Seq dia manomboka amin'ny fandalinana ny fitsipi-pifehezana sy ny lalan'ny fivoarana mankany amin'ny fanazavàna ny mekanika aretina, ka mahatonga azy io ho fitaovana ilaina amin'ny fahatakarana ny tontolon'ny fitsipi-pifehezana génomika sy ny fampivoarana ny fomba fitsaboana.
Sehatra: Illumina NovaSeq
-
Fizarana bisulfite genome manontolo (WGBS)
Ny Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) manontolo dia mijoro ho fomba amam-panao volamena ho an'ny fikarohana lalina ny methylation ADN, indrindra ny toerana fahadimy ao amin'ny cytosine (5-mC), mpandrindra ny fanehoana ny fototarazo sy ny hetsika sela. Ny fitsipika fototry ny WGBS dia misy fitsaboana bisulfite, mampirisika ny fiovan'ny cytosines tsy misy methylated ho uracil (C to U), raha mamela ny cytosine methylated tsy miova. Ity teknika ity dia manolotra famahana fototra tokana, ahafahan'ny mpikaroka manadihady tanteraka ny methylome ary mamoaka ireo lamina methylation tsy ara-dalàna mifandraika amin'ny toe-javatra isan-karazany, indrindra ny homamiadana. Amin'ny alàlan'ny fampiasana WGBS, ny mpahay siansa dia afaka mahazo fomba fijery tsy manam-paharoa amin'ny tontolon'ny methylation génomée, izay manome fahatakarana mitovitovy amin'ny mekanika epigenetika izay fototry ny fizotran'ny biolojika sy aretina isan-karazany.
-
Fanadihadiana ho an'ny Chromatin Transposase-Accessible miaraka amin'ny Sequencing High Throughput (ATAC-seq)
ATAC-seq dia teknikam-pandaharana avo lenta ampiasaina amin'ny famakafakana ny fidirana amin'ny krômatin'ny genome. Ny fampiasana azy dia manome fahatakarana lalindalina kokoa ny rafitra sarotra amin'ny fanaraha-maso epigenetika manerantany amin'ny fanehoana fototarazo. Ny fomba dia mampiasa transposase Tn5 hyperactive mba hizarana sy hanisy marika ny faritra kromatin misokatra amin'ny alàlan'ny fampidirana adaptatera filaharana. Ny fanamafisam-peo PCR manaraka dia miteraka fitehirizam-bokin'ny filaharana, izay ahafahan'ny famantarana feno ny faritra kromatin misokatra ao anatin'ny fepetra manokana amin'ny habakabaka. Ny ATAC-seq dia manome fomba fijery feno momba ny tontolon'ny chromatin azo idirana, fa tsy toy ny fomba izay mifantoka fotsiny amin'ny toerana mamatotra ny transcription factor na faritra manokana novaina histone. Amin'ny alàlan'ny filaharana ireo faritra kromatin misokatra ireo, ny ATAC-seq dia manambara ireo faritra izay azo inoana kokoa amin'ny filaharana ara-dalàna mavitrika sy ireo toerana mamatotra ny transcription factor, izay manome fomba fijery manan-danja amin'ny fanovana mavitrika amin'ny fanehoana fototarazo manerana ny génome.
-
Fizarana bisulfite mihena (RRBS)
Nipoitra ho safidy lafo vidy sy mahomby amin'ny Sequencing Bisulfite Genome (WGBS) amin'ny fikarohana methylation ADN. Na dia manome fomba fijery feno aza ny WGBS amin'ny fandinihana ny fototarazo manontolo amin'ny famahana fototra tokana, ny vidiny avo dia mety ho antony mametra. Ny RRBS dia manalefaka io fanamby io amin'ny alàlan'ny famakafakana ny ampahany solontenan'ny genome. Ity fomba fiasa ity dia miankina amin'ny fanatsarana ny faritra manankarena amin'ny nosy CpG amin'ny alàlan'ny fizarazarana MspI arahin'ny fifantenana habe amin'ny sombiny 200-500/600 bps. Noho izany, ny faritra akaiky amin'ny nosy CpG ihany no alahatra, fa ireo manana nosy CpG lavitra dia tsy tafiditra ao anatin'ny fanadihadiana. Ity dingana ity, miaraka amin'ny fizotry ny bisulfite, dia ahafahana mamantatra ny methylation ADN, ary ny fomba fiasa, PE150, dia mifantoka manokana amin'ny faran'ny insert fa tsy eo afovoany, mampitombo ny fahombiazan'ny methylation profiling. Ny RRBS dia fitaovana tena sarobidy izay ahafahan'ny fikarohana methylation ADN mahomby sy mampandroso ny fahalalana momba ny mekanika epigenetika.
