Zavamaniry / biby fitambaran'ny genome
Serivisy serivisy
● Ny fenitra famakiam-boky dia mety ho fenitra na PCR-FREE
● Hita ao amin'ny sehatra 4 sequencing: illumina novasteq, MGI T7, Nanopore Promethion P48, na Pacbio Revio.
● Ny famakafakana bioinformatic mifantoka amin'ny famitana ny variants: SNP, indel, sv ary CNV
Tombontsoa amin'ny serivisy
●Faminaniana sy firaketana an-tsoratra: Ny traikefa an-tsokosoko amin'ny andiam-penin'ny Genome ho an'ny karazana 1000 mahery dia niteraka raharaha 1000 mahery niaraka tamin'ny fiantraikany amin'ny 5000 mahery.
●Fanadihadihan'ny bioinformatika bioinformatics: Ao anatin'izany ny fiovan'ny fiantsoana sy ny fanetsiketsehana.
● Fanohanana ny varotra:Ny fanoloran-tenantsika dia miitatra mihoatra ny fahavitan'ny tetikasa miaraka amin'ny vanim-potoana serivisy 3 volana aorian'ny famarotana. Mandritra izao fotoana izao, manolotra fanampiana momba ny fanarahana ny tetikasa izahay, fanampiana fanampiana, ary ny fivoriana Q & A Seeks mba hamahana ireo fanontaniana mifandraika amin'ny valiny.
●Anatiny feno: Mampiasa angon-drakitra marobe izahay mba hampangalaha ny fototarazo miaraka amin'ny voromahery fantatra ary manatanteraka ny famakafakana mifanaraka amin'ny fanatsarana, manome fomba fijery momba ny tetikasa fikarohana marobe.
Fanondroana ny serivisy
| Variants tokony ho fantatra | Paikady Sequencing | Ny halaliny |
| Snp sy indel | Illumina novese pe150 na MGI T7 | 10x |
| Sv sy cnv (kely kokoa) | 30x | |
| SV sy CNV (marina kokoa) | Nanopore Prom P48 | 20x |
| SNPS, INSELS, SV ary CNV | Pacbio Revio | 10x |
Fangatahana santionany
| Tavy na asidra nokleary | Illumina / mgi | Nanopore | Pacbio
| ||
| Biby viscera | 0.5-1 g | ≥ 3.5 g
| ≥ 3.5 g
| ||
| Hozatry ny biby | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Ra mampinono | 1.5 ml | ≥ 0,5 ml
| ≥ 5 ml
| ||
| Raim-paty / trondro | ≥ 0.1 ml
| ≥ 0,5 ml
| |||
| Zavamaniry- ravina vaovao | 1-2 g | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Sela kolontsaina |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Bibikely malefaka / samirery | 0.5-1 g | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| ADN nalaina
| Fifantohana: ≥ 1 ng / μl Vola: ≥ 30 ng Voafetra na tsy misy fanimbana na fandotoana
| fifantohana vola
OD260 / 280
Od260 / 230
Voafetra na tsy misy fanimbana na fandotoana
| ≥ 40 NG / μl 4 μg / fluce sela / santionany
1.7-2.2
≥1.5 | fifantohana vola
OD260 / 280
Od260 / 230
Voafetra na tsy misy fanimbana na fandotoana | ≥ 50 ng / μl 10 μg / fluch sela / santionany
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| Fanomanana Famantaran'ny Tranomboky PR-Free: Concentration≥ 40 ng / μl Be dia be 500 ng | |||||
Mikoriana ny asa fanompoana
Fanaterana sampana
Extraction ADN
Fanamboarana trano
Sequencing
Famakafakana data
Fandefasana data
Dia ahitana ny famakafakana manaraka:
- Ny fanaraha-maso ny data momba ny kalitao
- Statistika ny alignment ho an'ny Genome
- Fampahafantarana Variant: SNP, indel, sv ary CNV
- Fanangonam-bidy miasa amin'ny variants
Statistika alignment ho an'ny Genome Remote - Sequencing Departration
SNP Fiantsoana eo amin'ny santionany marobe
Famantarana an-tserasera - statistika ny halavan'ny indel ao amin'ny faritra CDS sy ny faritra Genome-Wide
Ny fizarana variant manerana ny genome - potika circos
Fanangonan-tsofina miasa amin'ny fototarazo miaraka amin'ny variants Voamarina - Gene Onnology
Chai, Q. et al. . 433. Doi: 10.1111 / PBI 1313965.
Cheng, H. et al. (2023) 'CHROMOSOSIKE BRASILIENSIS Genome dia manome fitaovana vaovao ho an'ny valala fiompiana sy lanja sarobidy Doi: 10.1111 / pbi.19018.
Li, A. et al. . Doi: 10.1038 / S42003-021-02823-6.
Zeng, T. et al. (2022) Ny famakafakana ny fiovan'ny evenomaly sy ny metaly amin'ny siram-behivavy indizeny rehefa misy fotoana dia manome fahitana momba ny fikajiana karazana ', ny biolojika serasera, 5 (1), p. 1-12. Doi: 10.1038 / S42003-022-03907-7.
