Zavamaniry/biby De Novo Genome Sequencing
De NovoNy sequencing dia manondro ny fananganana fototarazo iray manontolo amin'ny alàlan'ny teknolojian'ny filaharana raha tsy misy fototarazo reference. Ny fampidirana sy ny fampiasana miely patrana amin'ny filaharan'ny taranaka fahatelo, ahitana vakiteny lava kokoa, dia nanatsara ny fivorian'ny genome tamin'ny alalan'ny fampitomboana ny fifandimbiasan'ny vakiteny. Ity fanatsarana ity dia manan-danja indrindra rehefa miatrika fototarazo sarotra, toy ireo mampiseho heterozygosity avo, tahan'ny faritra miverimberina, polyploids, ary faritra misy singa miverimberina, atiny GC tsy mahazatra, na fahasarotana avo lenta izay matetika tsy miangona amin'ny fampiasana filaharana fohy. irery.
Ny vahaolana tokana ataonay dia manome serivisy filaharana mitambatra sy famakafakana bioinformatic izay manome génomé de novo avo lenta. Ny fanadihadiana momba ny génome voalohany miaraka amin'i Illumina dia manome tombantombana ny haben'ny génome sy ny fahasarotana, ary io fampahalalana io dia ampiasaina hitarihana ny dingana manaraka amin'ny filaharana efa ela be miaraka amin'ny PacBio HiFi, arahin'nyde novofivorian'ny contigs. Ny fampiasana manaraka ny fivorian'ny HiC dia ahafahana mametraka ny contigs amin'ny génome, mahazo fivorian'ny chromosome. Farany, ny génome dia voamarika amin'ny alàlan'ny vinavinan'ny fototarazo sy amin'ny alàlan'ny filaharan'ny fototarazo, amin'ny fampiasana transcriptomes miaraka amin'ny famakiana fohy sy lava.
Service Features
● Fampifandraisan'ny serivisy filaharana sy bioinformatika marobe amin'ny vahaolana tokana:
Fanadihadiana Genome miaraka amin'i Illumina hanombantombanana ny haben'ny génome ary hitarika ny dingana manaraka;
Fitohizan'ny famakiana lava ho an'nyde novofivorian'ny contigs;
Hi-C sequencing ho an'ny chromosome vatofantsika;
mRNA sequencing ho annotation ny fototarazo;
Fanamarinana ny fivoriambe.
● Serivisy mety amin'ny fananganana génome vaovao na fanatsarana ny génome reference efa misy ho an'ny karazana mahaliana.
Tombontsoa amin'ny serivisy
Fampandrosoana sehatra sequencing sy bioinformatics amin'nyde novofivorian'ny genome
(Amarasinghe SL et al.,Genome Biology, 2020)
●Expertise Extensive and Publication Record: Ny BMKGene dia nanangona traikefa be dia be tamin'ny fivorian'ny génôma avo lenta amin'ny karazam-biby isan-karazany, ao anatin'izany ny génome diploid sy ny génome be pitsiny ny karazana polyploid sy allopolyploid. Nanomboka tamin'ny taona 2018 dia nandray anjara tamin'ny mihoatraBoky 300 mahery, ary 20+ amin'izy ireo no navoaka tao amin'ny Nature Genetics.
● Vahaolana tokana: ny fomba fiasa mitambatra dia manambatra ny teknolojian'ny filaharana maro sy ny famakafakana bioinformatika ho amin'ny fizotry ny asa mirindra, manome génomé avo lenta.
●Mifanaraka amin'ny filanao: Ny fizotran'ny serivisy ataonay dia azo zahana, mamela ny fampifanarahana amin'ny génome manana endri-javatra samihafa sy filàna fikarohana manokana. Tafiditra ao anatin'izany ny fametrahana fototarazo goavam-be, génome polyploid, génome heterozygous be, sy ny maro hafa.
●Ekipa bioinformatika sy laboratoara tena mahay: manana traikefa lehibe eo amin'ny fanandramana sy ny bioinformatics eo anoloan'ny fivorian'ny genome saro-pady ary ny andiam-patentina sy ny zon'ny mpamorona rindrambaiko.
●Fanohanana aorian'ny varotra:Ny fanoloran-tenantsika dia mihoatra ny fahavitan'ny tetikasa miaraka amin'ny fe-potoana serivisy 3 volana aorian'ny fivarotana. Mandritra izany fotoana izany dia manolotra fanaraha-maso ny tetikasa, fanampiana famahana olana ary fotoam-pivoriana Q&A izahay mba hamahana ireo fanontaniana mifandraika amin'ny valiny.
Service Specifications
| Fanadihadiana Genome | Fivoriambe genome | Ambaratonga chromosome | Genome Annotation |
| 50X Illumina NovaSeq PE150
| 30X PacBio CCS HiFi mamaky | 100X Hi-C | RNA-seq Illumina PE150 10 Gb + (tsy voatery) Feno RNA-seq PacBio 40 Gb na Nanopore 12 Gb |
Fepetra momba ny serivisy
Ho an'ny fanadihadiana Genome, Fivoriambe Genome ary Fivoriambe Hi-C:
| Tavy na asidra nokleika nalaina | Fanadihadiana Genome | Genome Assembly miaraka amin'i PacBio | Hi-C Assembly |
| Animal Viscera | 0,5-1 g
| ≥ 3,5 g | ≥2 g |
| Animal Muscle | ≥ 5 g | ||
| Ra Mammalia | 1,5 mL
| ≥ 5 mL | ≥2 mL |
| Rà akoho amam-borona/trondro | ≥ 0,5 mL | ||
| Zavamaniry- Ravina vaovao | 1-2 g | ≥ 5 g | ≥ 4 g |
| Sela kolontsaina |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| bibikely | 0,5-1 g | ≥ 3 g | ≥ 2 g |
| ADN nalaina | Fifantohana: ≥1 ng/ µL Vola ≥ 30 ng Voafetra na tsy misy fahasimbana na loto | Fifantohana: ≥ 50 ng/µL Habe: 10 µg / sela mikoriana / santionany OD260/280=1.7-2.2 OD260/230=1.8-2.5 Voafetra na tsy misy fahasimbana na loto |
-
|
Ho an'ny fanamarihana Genome miaraka amin'ny transcriptomics:
| Tavy na asidra nokleika nalaina | Illumina Transcriptome | PacBio Transcriptome | Nanopore Transcriptome |
| Zavamaniry- Root/Stem/Petal | 450 mg | 600 mg | |
| Zavamaniry – Ravina/voa | 300 mg | 300 mg | |
| Zavamaniry - Voankazo | 1,2 g | 1,2 g | |
| Fon'ny biby/tsinay | 300 mg | 300 mg | |
| Biby Viscera/Brain | 240 mg | 240 mg | |
| Animal Muscle | 450 mg | 450 mg | |
| Taolam-biby/Volo/Hoditra | 1 g | 1 g | |
| Arthropoda - Bibikely | 6 | 6 | |
| Arthropoda - Crustacea | 300 mg | 300 mg | |
| Ra manontolo | 1 tavy | 1 tavy | |
| RNA nalaina | Fifantohana: ≥ 20 ng/µL Habe ≥ 0,3 µg OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 RIN≥ 6 5≥28S/18S≥1 | Fifantohana: ≥ 100 ng/µL Habe ≥ 0,75 µg OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 RIN≥ 8 5≥28S/18S≥1 | Fifantohana: ≥ 100 ng/µL Habe ≥ 0,75 µg OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 RIN≥ 7.5 5≥28S/18S≥1 |
Fanaterana santionany soso-kevitra
Container: 2 ml centrifuge tube (tsy soso-kevitra)
(Ho an'ny ankamaroan'ny santionany dia manoro hevitra ny tsy hitehirizana ethanol izahay.)
Famaritana santionany: Ny santionany dia tsy maintsy asiana marika mazava tsara ary mitovy amin'ny taratasy fampahalalana santionany natolotra.
Fandefasana: ranomandry maina: Mila atao anaty kitapo aloha ny santionany ary alevina ao anaty ranomandry maina.
Workflow
Fizotry ny asa fanompoana
Famolavolana andrana
Fanaterana santionany
fitrandrahana ADN
Fananganana tranomboky
Sequencing
Famakafakana angona
Serivisy aorian'ny varotra
Famakafakana bioinformatic feno, misaraka amin'ny dingana 4:
1) Ny fanadihadiana momba ny génome, mifototra amin'ny famakafakana k-mer miaraka amin'ny NGS dia mivaky hoe:
Tombanana ny haben'ny genome
Tombanana ny heterozygosity
Tombanana ny faritra miverimberina
2) Genome Assembly miaraka amin'ny PacBio HiFi:
De novoFIVORIAMBE
Fanombanana ny fivoriambe: ao anatin'izany ny famakafakana BUSCO momba ny fahafenoan'ny génome sy ny fametahana sarin-tsarin'ny NGS sy ny famakiana PacBio HiFi
3) Hi-C fivoriambe:
QC tranomboky Hi-C: fanombanana ny fifandraisan'ny Hi-C manan-kery
Fivoriambe Hi-C: fivondronan'ny contigs ao anaty vondrona, arahin'ny fibaikoana contig ao anatin'ny vondrona tsirairay ary manendry orientation contig
Evaluation Hi-C
4) Fanambarana Genome:
Faminaniana RNA tsy misy kaody
Famantarana ny filaharana miverimberina (transposon sy miverimberina tandem)
Faminanian'ny fototarazo
§De novo: ab initio algorithms
§ Mifototra amin'ny homolojia
§ Miorina amin'ny transcriptome, miaraka amin'ny vakiteny lava sy fohy: ny famakiana diade novomiangona na napetaka amin'ny drafitra génome
§ Famaritana momba ny fototarazo vinavinaina miaraka amin'ny angon-drakitra marobe
1) Fanadihadiana Genome- famakafakana k-mer
2) Genome Assembly
2) Genome Assembly - PacBio HiFi mamaky sari-tany handrafetana fivoriambe
2) Fivoriambe Hi-C - fanombanana ny mpivady fifandraisana manan-kery Hi-C
3) Hi-C Post-assembly fanombanana
4) Genome Annotation - fampidirana ireo fototarazo vinavinaina
4) Genome annotation - famantarana ny fototarazo vinavinaina
Diniho ny fandrosoana notarihin'ny BMKGene's de novo genome assembly services amin'ny alàlan'ny fanangonana boky voarindra:
Li, C. et al. (2021) 'Ny fizotry ny génétique dia manambara ny làlan'ny fanaparitahana eran-tany ary manolotra ny fampifanarahana génétique convergent amin'ny fivoaran'ny seahorse', Nature Communications, 12(1). doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.
Li, Y. et al. (2023) 'Ny fiovaovan'ny krômôsôma lehibe amin'ny ambaratonga lehibe dia mitarika amin'ny fiovan'ny fitenenana amin'ny ambaratongan'ny genome, ny fampifanarahana amin'ny tontolo iainana ary ny spéciation ao amin'ny Gayal (Bos frontalis)', Biolojia Molecular sy Evolisiona, 40(1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
Tian, T. et al. (2023) 'Fangonan'ny génétique sy ny fanaparitahana fototarazo amin'ny germplasma katsaka mahatohitra hain-tany', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), p. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Zhang, F. et al. (2023) 'Fampisehoana ny fivoaran'ny biosynthesis alkaloid tropane amin'ny alalan'ny famakafakana génome roa ao amin'ny fianakaviana Solanaceae', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), p. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Fandinihana tranga sarotra:
Telomere-to-telomere assembly:Fu, A. et al. (2023) 'Telomere-to-telomere genome fivorian'ny melon mangidy (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) dia manambara ny fivoaran'ny voankazo, ny firafitry ny fototarazo ary ny fahamasahan'ny toetran'ny fototarazo', Fikarohana momba ny fambolena, 10 (1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Fivoriambe Haplotype:Hu, W. et al. (2021) 'Ny fototarazo voafaritry ny allele dia manambara ny fahasamihafana biallelika mandritra ny fivoaran'ny mangahazo', Molecular Plant, 14(6), pp. 851–854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
Fivoriambe genome goavambe:Yuan, J. et al. (2022) 'Fomba génomika amin'ny giga-chromosomes sy giga-genome an'ny hazo peony Paeonia ostii', Nature Communications 2022 13: 1, 13 (1), p. 1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
Fivoriambe genome polyploid:Zhang, Q. et al. (2022) 'Fanazavana génomika momba ny fihenan'ny krômôzôma vao haingana momba ny fary autopolyploid Saccharum spontaneum', Nature Genetics 2022 54: 6, 54 (6), pp. 885–896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
