Vahaolana mRNA PacBio 2+3 feno
Toetoetra
● Famolavolana fianarana:
Santionany natambatra miaraka amin'ny PacBio hamantarana ireo isoforme transcript
Santionany misaraka (fanavaozana sy fepetra hotsapaina) arahanaNGS mba hamaritana ny fitenenana transcript
● Fandrindrana ny PacBio amin'ny fomba CCS, miteraka famakiana HiFi
● Filaharan'ny dika mitovy amin'ny halavany
● Tsy mila génome reference ny fanadihadiana; azo ampiasaina anefa izany
● Ny famakafakana bioinformatika dia tsy vitan'ny hoe fanehoana ny ambaratongan'ny fototarazo sy ny isoforme fa ny famakafakana ny lncRNA, ny fifangaroan'ny fototarazo, ny poly-adenylation ary ny firafitry ny fototarazo.
tombony
● Hamarino tsara: HiFi mamaky marina >99.9% (Q30), azo ampitahaina amin'ny NGS
● Famakafakana Fampitahana Alternative: Ny filaharan'ny transcript rehetra dia ahafahan'ny famantarana sy ny famantarana ny isoforme.
● Tambajotra PacBio sy NGS: mamela ny fandrefesana ny fitenenana amin'ny haavon'ny isoforme, mampiseho ny fiovana mety ho saron-tava rehefa mamakafaka ny fanehoana fototarazo manontolo
● Expertise: miaraka amin'ny firaketana an-tsoratra nahavitana tetikasa transcriptome feno 1100 PacBio sy fanodinana santionany mihoatra ny 2300, mitondra traikefa be dia be amin'ny tetikasa tsirairay ny ekipanay.
● Fanohanana aorian'ny varotra: Ny fanoloran-tenantsika dia mihoatra ny fahavitan'ny tetikasa miaraka amin'ny fe-potoana 3 volana aorian'ny fivarotana. Mandritra izany fotoana izany dia manolotra fanaraha-maso ny tetikasa, fanampiana famahana olana ary fotoam-pivoriana Q&A izahay mba hamahana ireo fanontaniana mifandraika amin'ny valiny.
Santionany takiana sy ny fanaterana
| -BOKIN'NY Vavolombelon'i Jehovah | Strategy sequencing | Data soso-kevitra | Fanaraha-maso kalitao |
| PolyA nanankarena mRNA CCS tranomboky | PacBio Sequel II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Poly A manankarena | Illumina PE150 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Nucleotides
|
| Conc.(ng/μl) | Vola (μg) | fahadiovana | Tsy Nivadika |
| Illumina Library | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Voafetra na tsy misy fandotoana proteinina na ADN aseho amin'ny gel. | Ho an'ny zavamaniry: RIN≥4.0; Ho an'ny biby: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; voafetra na tsy misy elevation baseline |
| Tranomboky PacBio | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Voafetra na tsy misy fandotoana proteinina na ADN aseho amin'ny gel. | Zavamaniry: RIN≥7.5 Biby: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; voafetra na tsy misy elevation baseline |
Fanaterana santionany soso-kevitra
Container: 2 ml centrifuge tube (tsy soso-kevitra)
Famaritana santionany: Vondrona + adika ohatra A1, A2, A3; B1, B2, B3.
fandefasana:
1. ranomandry maina:Ny santionany dia tsy maintsy atao anaty kitapo ary alevina ao anaty ranomandry maina.
2. Tube RNAstable: Ny santionany RNA dia azo maina ao anaty fantsona fanamafisana RNA (ohatra RNAstable®) ary alefa amin'ny mari-pana amin'ny efitrano.
Ahitana izao fanadihadiana manaraka izao:
Fanaraha-maso ny kalitaon'ny angona manta
Alternative Polyadenylation Analysis (APA)
Famakafakana transcript fusion
Alternative Splicing Analysis
Famakafakana Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO).
Famakafakana transcript vaovao: faminaniana momba ny filaharan'ny coding (CDS) sy ny fanontana fiasa
Famakafakana lncRNA: faminaniana momba ny lncRNA sy tanjona
Famantarana MicroSatelite (SSR)
Famakafakana ny Differentially Expressed Transcripts (DETs).
Famakafakana Genes Differentially Expressed (DEGs).
Famaritana momba ny DEG sy DET
BUSCO analysis
Alternative Splicing Analysis
Alternative Polyadenylation Analysis (APA)
Differentially Expressed Genes (DEGs) and Transcripts (DETs9 anlaysis).
Tambajotran'ny fifandraisana proteinina-protein'ny DET sy DEG
Tadiavo ny fandrosoana notarihin'ny BMKGene's PacBio 2+3 mRNA amin'ny alàlan'ny fanangonana boky voarindra.
Chao, Q. et al. (2019) 'Ny dinamika fivoaran'ny Populus stem transcriptome', Plant Biotechnology Journal, 17(1), pp. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) 'Fiovana mavitrika amin'ny votoatin'ny asidra ascorbic mandritra ny fivoaran'ny voankazo sy ny fahamasahan'ny Actinidia latifolia (voankazo manankarena amin'ny ascorbate) sy ny mekanika Molecular mifandraika', International Journal of Molecular Sciences, 23(10), p. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) 'Faminaniana mahomby momba ny fototarazon'ny lalan'ny biosynthetic tafiditra amin'ny polyphyllins bioactive ao Paris polyphylla', Communications Biology 2022 5: 1, 5 (1), pp. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'PacBio Iso-Seq sy Illumina RNA-Seq Fanadihadiana momba ny Transcriptome Tuta absoluta (Meyrick) sy Cytochrome P450', Bibikely, 14(4), p. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) 'Fanadihadiana momba ny fahasarotan'ny transcriptome amin'ny alàlan'ny famakafakana tena misy molekiola tokana PacBio miaraka amin'ny sequencing Illumina RNA ho an'ny fahatakarana tsara kokoa ny biosynthesis asidra ricinoleic ao amin'ny Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), pp. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/SARAHA/7.
