MRNA Sequencing-NGS tsy mifototra amin'ny Reference
Toetoetra
● Alao ny poly mRNA alohan'ny fanomanana tranomboky
● Tsy miankina amin'ny génome reference rehetra: mifototra amin'ny fivorian'ny transcript de novo, mamorona lisitr'ireo unigenes izay misy angon-drakitra maromaro (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG)
● Famakafakana bioinformatika feno momba ny firafitry ny fototarazo sy ny firafitry ny fandikana
Tombontsoa amin'ny serivisy
●Extensive Expertise: miaraka amin'ny firaketana an-tsoratra momba ny fanodinana santionany maherin'ny 600.000 ao amin'ny BMKGENE, mihatra amin'ny karazana santionany isan-karazany toy ny kolontsaina sela, tavy ary tsiranoka amin'ny vatana, ny ekipanay dia mitondra traikefa be dia be amin'ny tetikasa tsirairay. Nahavita nanakatona tetikasa 100.000 mRNA-Seq izahay tamin'ny sehatra fikarohana isan-karazany.
●Fanaraha-maso kalitao henjana: Mampihatra teboka fanaraha-maso fototra amin'ny dingana rehetra izahay, manomboka amin'ny fanomanana santionany sy tranomboky ka hatramin'ny sequencing sy bioinformatics. Ity fanaraha-maso feno fahamalinana ity dia miantoka ny fandefasana vokatra avo lenta tsy tapaka.
● Fanamarihana feno: mampiasa angon-drakitra maromaro izahay mba hanoratana ny Genes Differentially Expressed Genes (DEGs) ary hanao ny famakafakana fanatsarana mifanaraka amin'izany, manome fanazavana momba ny fizotry ny sela sy ny molekiola ao ambanin'ny valin'ny transcriptome.
●Fanohanana aorian'ny varotra: Ny fanoloran-tenantsika dia mihoatra ny fahavitan'ny tetikasa miaraka amin'ny fe-potoana 3 volana aorian'ny fivarotana. Mandritra izany fotoana izany dia manolotra fanaraha-maso ny tetikasa, fanampiana famahana olana ary fotoam-pivoriana Q&A izahay mba hamahana ireo fanontaniana mifandraika amin'ny valiny.
Santionany takiana sy ny fanaterana
| -BOKIN'NY Vavolombelon'i Jehovah | Strategy sequencing | Data soso-kevitra | Fanaraha-maso kalitao |
| Poly A manankarena | Illumina PE150 DNSSEQ-T7 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Santionany takiana:
Nucleotides:
| Conc.(ng/μl) | Vola (μg) | fahadiovana | Tsy Nivadika |
| ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Voafetra na tsy misy fandotoana proteinina na ADN aseho amin'ny gel. | Ho an'ny zavamaniry: RIN≥4.0; Ho an'ny biby: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; voafetra na tsy misy elevation baseline |
● Zavamaniry:
Root, Stem na Petal: 450 mg
Ravina na voa: 300 mg
Voankazo: 1,2 g
● Biby:
Fo na tsinay: 300 mg
Viscera na ati-doha: 240 mg
Hozatra: 450 mg
Taolana, volo na hoditra: 1g
● Arthropoda:
bibikely: 6g
Crustacea: 300 mg
● Ra manontolo: 1 tavy
● sela: 106 sela
Fanaterana santionany soso-kevitra
Container: 2 ml centrifuge tube (tsy soso-kevitra)
Famaritana santionany: Vondrona + adika ohatra A1, A2, A3; B1, B2, B3.
fandefasana:
1. Dry-ice: Ny santionany dia mila atao anaty kitapo ary alevina ao anaty ranomandry maina.
2. RNAstable tubes: RNA santionany dia azo maina ao amin'ny RNA stabilization tube (oh RNAstable®) ary alefa amin'ny mari-pana.
Fizotry ny asa fanompoana
Famolavolana andrana
Fanaterana santionany
fitrandrahana RNA
Fananganana tranomboky
Sequencing
Famakafakana angona
Serivisy aorian'ny varotra
Bioinformatics
Fivoriambe transcriptome sy fifantenana unigene
Unigene annotation
Fampifandraisana santionany sy fanombanana ny replika biolojika
Genes samy hafa (DEGs)
Fampandrenesana fampiasa amin'ny DEGs
Fampiroboroboana ny DEGs
Diniho ny fandrosoana notarihin'ny BMKGene's eukaryotic NGS mRNA sequence services amin'ny alàlan'ny fanangonana boky voarindra.
Shen, F. et al. (2020) 'De novo transcriptome assembly and sex-biased gene expression in the gonads of Amur catfish (Silurus asotus)', Genomics, 112(3), pp. 2603–2614. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Zhang, C. et al. (2016) 'Fanadihadiana transcriptome momba ny metabolisma sucrose mandritra ny fivontosana sy ny fivoaran'ny tongolobe (Allium cepa L.)', Frontiers in Plant Science, 7 (Septambra), p. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Zhu, C. et al. (2017) 'Fivoriambe de novo, famaritana ary fanamarihana ho an'ny transcriptome an'i Sarcocheilichthys sinensis', PLoS ONE, 12 (2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
Zou, L. et al. (2021) 'Ny famakafakana transcriptome de novo dia manome fanazavana momba ny fandeferana sira amin'ny Podocarpus macrophyllus eo ambanin'ny adin-tsaina', BMC Plant Biology, 21 (1), p. 1-17. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/Sary/9.
