Ny fitambaran'ny Genome manontolo
Ny fanaraha-maso ny fitondram-panjakana manara-maso ny Sars-COV-2 dia tsy misy variana NSP1 izay misy karazana modulate
Nanopore | Illumina | Ny fitambaran'ny Genome manontolo no requencing | Metagenomics | RNNA-SEQ | Sanger
Biomarker Technologies dia nanome ny fanohanana ara-teknika amin'ny santionany santionany amin'ity fandinihana ity.
Zava-nisongadina
1.Miarch Cov-2 COquencing sy ny famakafakana phylognetika dia mamantatra ny fiatoana miverina 35 ary misy ny 31 snps ary 4.
2.Asay miaraka amin'ny 117 phenotypes penotypes dia manambara mety
Mutations manan-danja.
Δ500-532 Ao amin'ny faritra NSP1 Coding Correlates miaraka amin'ny Viral ambany
3,LOAD sy SERUM IFN-β.
4.Vovial Isolates miaraka amin'ny δ500-532 mamporisika an'i IFN-I
Valiny ao amin'ireo sela voan'ny aretina.
Famolavolana fanandramana
zava-bita
1. Covid-19 Epidemiological sy fanaraha-maso
Ny angon-drakitra klinika dia nangonina tany amin'ny faritany Sichuan, Shina 2220 ka hatramin'ny 2020 ka hatramin'ny 20 feb. renivohitra. Nitombo ny raharaha ara-drariny tany Sichuan, 30th tamin'ny 30 Jan. Ary koa ny angon-drakitra dia nanohana fa ny fanalefahana ara-tsosialy dia mety ho zava-dehibe amin'ny fisorohana ny fiparitahan'ny virus.
Sary 1. Ny fandalinana areti-mifindra amin'ny Covovao, 19 any amin'ny faritany Sichuan, Sina
2. Sars-COV-2 Fananganana Genome sy ny famantarana ny variants
Miaraka amin'ny amphplification PRC Multiplex PRCrication ary nanaraka ny nanopore nanindry an'i Nanpore, ny fitambaran'ny karazan-jaza feno 310 na ampahany tsy misy farany avy amin'ny marary 248 dia novokarina niaraka tamin'ny manodidina. 80% ny genomenin'ny famakiana 10 vakiana (lalina: 0.39 m mamaky isaky ny santionany).
Sary 2. Frequency isaky ny karazany isan-karazany ao amin'ny Cohort Sichuan
Ny snps 104 sy ny hazavan-tsofina 18 dia nofaritana avy amin'ny SARS-COV-2 Gen. 31 Amin'ny fampitahana azy ireo amin'ny santionany 169 avy any Wuhan ary miaraka amin'ny andiany goavambe avo lenta amin'ny GISAID, 29 amin'ireo 35 ny 35 isan-karazany hita tany amin'ny kontinanta hafa. Marihina fa ny variant efatra anisan'izany δ500-532, δ7298at, δ729-737 sy t13243c, dia hita tany Sichuan sy Wuhan ihany ary tsy hita ao amin'ny Gisaid Data, izay mety ho nohamafisina avy any Wuhan ireo karazany ireo, izay mifanena amin'ny firaketana an-tsokosoko amin'ny marary.
Ny famakafakana ny evolisiona miaraka amin'ny fomba faran'izay tsara indrindra sy ny fomba fiasa molekiora moleka molecular Genezy miaraka amin'ny δ500-532 (Delions- Faritra NSP1 Coding) dia hita nizara tamin'ny hazo phylogenetic. Ny famakafakana Haplotype ao amin'ny NSP1 Variants dia namantatra ny 5 amin'izy ireo avy amin'ny tanàna maro. Ireo valiny ireo dia nanolo-kevitra fa ny δ500-532 dia niseho tao amin'ny tanàna maro ary mety hampidirina imbetsaka avy any Wuhan.
Sary 2. Variants Genetic sy ny famakafakana phylogenetika ao amin'ny Gen-Cov-2
3. Fikambanan'ny genetika miverimberina miverimberina miaraka amin'ny fiantraikany ara-pitsaboana
117 Ny phenoty klinika dia nifandray tamin'ny Covovao 19 Ny fifandraisana eo amin'ireo toetra ireo sy ny variant Genetic 35 dia variana amin'ny alàlan'ny heathap bi-cluster. Ny famakafakan'ny fanavakavahana GSA-GIEA dia naseho fa δ500-532 dia mifanitsy amin'ny esr, serum ifn-β andcd3 + cd8 + t sela ao amin'ny ra. Ankoatr'izay, ny fitsapana QPCR dia naseho fa ny marary voan'ny aretina virus dia nanana ny sandan'ny CT avo indrindra, izany hoe vesatra virtoaly ambany indrindra.
Sary 3.. Fikambanan'ny Genetic Genetic 35 miaraka amin'ny phenotypes klinika
4. Fanamarinana momba ny virtoaly mutoty
Mba hahatakarana ny fiantraikan'ny δ500-532 amin'ny fiasa NSP1, dia ny sela hek239t dia nafindra tamin'ny plasmids naneho ny halavany feno, WT NP1 ary MUSTAN-DIDIM-POANA. Ny mombamomba ny sela hek239 tsirairay dia natao ho an'ny famakafakana PCA, mampiseho fa nifangaro akaiky ny mpamosavy ary tsy mitovy amin'ny WT NP1. Ny fototarazo izay be dia be tamin'ny mutants dia nanan-karena tamin'ny "peptide biosynthetic / metabolika", "ribonucloprotein", "Tadiavo ny proteinina amin'ny membrane / er", sns.
Sary.
Ny fiantraikany amin'ny famafana ny valiny IFN-1 dia nosedraina ihany koa tamin'ny fandalinana evervions. Ny famafana nosedraina rehetra dia naseho mba hampihenana ny IFN-1 Repoblika ao amin'ny hek239t sy ny sela A549 amin'ny ambaratonga transcriptome sy ny haavon'ny proteinina. Mahaliana fa ny fototarazo-réunded be dia be ao anaty fanesorana dia nanan-karena tamin'ny "valin-kafatra miaro ny virus", "famerenam-bokatra virtoaly", "ny fitsipiky ny fifanakalozana" nataon'i Rna Polymerase II "ary" Ny valin'ny karazana i II ".
Sary.
Amin'ity fandalinana ity dia nohamafisin'ny fandalinana otrikaretina ny viriosy. Ny otrikaretina misy mutant dia nitoka-monina avy amin'ny santionany klinika ary voan'ny sela-sela-3. Ny valin'ny antsipirihany momba ny fianaranao otrikaretina Viral dia azo vakiana ao amin'ilay taratasy.
Doi:10.1016 / j.chom.2021.01.015
Reference
Lin j, tang c, wei h, et al. Ny fanaraha-maso ny fitondram-pankasitrahana an'i Sars-COV-2 dia tsy misy variana NSP1 izay misy karazana modulate amin'ny famaliana [j]. Host Host & Mikrobe, 2021.
Vaovao sy manasongadina Mikendry ny fizarana ireo tranga farany mahomby amin'ny teknolojia biomarker, misambotra zava-bita ara-tsiansa siantifika ary koa ny teknika malaza ampiharina mandritra ny fandinihana.
Paositra: Jan-06-2022