● Fizarana amin'ny Illumina NovaSeq miaraka amin'ny PE150.
● Ny serivisy dia mitaky santionany amin'ny tavy, fa tsy asidra nokleika nalaina, mba hifandray amin'ny formaldehyde ary hitahiry ny fifandraisan'ny ADN-proteinina.
● Ny andrana Hi-C dia misy famerana sy fanamboarana farany amin'ny tendrony mipetaka amin'ny biotine, arahin'ny fanodikodinan'ny tendrony mibontsina vokatry ny fitehirizana ny fifandraisana. Esorina miaraka amin'ny vakana streptavidin ny ADN avy eo ary diovina ho fanomanana tranomboky manaraka.
Vidin'ny Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Science, 2009)
●Fanafoanana ny filàna angon-drakitra momba ny mponina:Ny Hi-C dia manolo ny fampahalalana ilaina ilaina amin'ny fananganana contig.
●Haben'ny marika avo:mitarika ho amin'ny tahan'ny contig anchoring ambony mihoatra ny 90%.
●Extensive Expertise and publication records:BMKGene dia manana traikefa be dia be amin'ny tranga 2000 mahery momba ny Hi-C Genome Assembly avy amin'ny karazana 1000 samihafa sy patanty isan-karazany. Mihoatra ny 200 ny tranga navoaka dia misy fiantraikany mitambatra mihoatra ny 2000.
●Ekipa bioinformatika tena mahay:miaraka amin'ny patanty ao an-trano sy ny zon'ny mpamorona rindrambaiko ho an'ny fanandramana Hi-C sy ny famakafakana angon-drakitra, ny lozisialin'ny angon-drakitra momba ny maso novolavolain'ny tena dia ahafahan'ny fikandrana manodina, mamadika, manafoana ary mamerina.
●Fanohanana aorian'ny varotra:Ny fanoloran-tenantsika dia mihoatra ny fahavitan'ny tetikasa miaraka amin'ny fe-potoana serivisy 3 volana aorian'ny fivarotana. Mandritra izany fotoana izany dia manolotra fanaraha-maso ny tetikasa, fanampiana famahana olana ary fotoam-pivoriana Q&A izahay mba hamahana ireo fanontaniana mifandraika amin'ny valiny.
●Fanazavana feno: Mampiasa angon-drakitra maro izahay mba hanoratana ny fototarazo miaraka amin'ny fiovaovan'ny toetr'andro ary hanaovana ny fanadihadiana momba ny fanatsarana mifanaraka amin'izany, manome fanazavana momba ny tetikasa fikarohana maro.
Fanomanana tranomboky | Strategy sequencing | Famoahana angona soso-kevitra | Fanaraha-maso ny kalitao |
Tranomboky Hi-C | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
sela | Vola ilaina |
Animal Viscera | ≥ 2 g |
Animal Muscle | |
Ra Mammalia | ≥ 2 mL |
Rà akoho amam-borona/trondro | |
Zavamaniry- Ravina vaovao | ≥ 3 g |
Sela kolontsaina | ≥ 1x107 |
bibikely | ≥ 2 g |
1) Takelaka data QC
2) QC tranomboky Hi-C: fanombanana ny fifandraisan'ny Hi-C manan-kery
3) Fivoriambe Hi-C: fivondronan'ny contigs amin'ny vondrona, arahin'ny fibaikoana contig ao anatin'ny vondrona tsirairay ary manendry orientation contig
4) fanombanana Hi-C
Hi-C Library QC - fanombanana ny mpivady fifandraisana manan-kery Hi-C
Hi-C Assembly - antontan'isa
Fanombanana aorian'ny fivoriambe - sarintany mafana momba ny hamafin'ny famantarana eo anelanelan'ny daba
Tadiavo ny fandrosoana notarihin'ny serivisy fivoriambe Hi-C an'ny BMKGene amin'ny alàlan'ny fanangonana boky voarindra.
Tian, T. et al. (2023) 'Fangonan'ny génétique sy ny fanaparitahana fototarazo amin'ny germplasma katsaka mahatohitra hain-tany', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), p. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL et al. (2020) 'Fivoriamben'ny Chromosome-Scale of the Asian Honeybee Apis cerana Genome', Frontiers in Genetics, 11, p. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. et al. (2023) 'Fampisehoana ny fivoaran'ny biosynthesis alkaloid tropane amin'ny alalan'ny famakafakana génome roa ao amin'ny fianakaviana Solanaceae', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), p. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. et al. (2020) 'Genomes of the Banyan Tree and Pollinator Wasp dia manome fanazavana momba ny Coevolution aviavy', Cell, 183(4), p. 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043