Fanadihadiana momba ny fikambanana Genome-wide
Workflow
Tombontsoa amin'ny serivisy
●Extensive Expertise sy firaketana an-tsoratra: miaraka amin'ny traikefa voaangona ao amin'ny GWAS, BMKGene dia nahavita tetikasa karazana an-jatony tamin'ny fikarohana momba ny mponina GWAS, nanampy ireo mpikaroka hamoaka lahatsoratra maherin'ny 100, ary nahatratra 500 ny fitambaran'ny fiantraikany.
● Famakafakana bioinformatika feno: Ny fizotran'ny asa dia ahitana ny famakafakana ny fikambanana SNP-trait, manolotra andiana fototarazon'ny kandidà sy ny fanoritsoritana momba azy ireo.
●Ekipa bioinformatika tena mahay sy tsingerina fanadihadiana fohy: manana traikefa lehibe amin'ny famakafakana génomika avo lenta, ny ekipan'ny BMKGene dia manolotra famakafakana feno miaraka amin'ny fotoana fihodinana haingana.
●Fanohanana aorian'ny varotra:Ny fanoloran-tenantsika dia mihoatra ny fahavitan'ny tetikasa miaraka amin'ny fe-potoana serivisy 3 volana aorian'ny fivarotana. Mandritra izany fotoana izany dia manolotra fanaraha-maso ny tetikasa, fanampiana famahana olana ary fotoam-pivoriana Q&A izahay mba hamahana ireo fanontaniana mifandraika amin'ny valiny.
Ny fepetra momba ny serivisy sy ny fepetra takiana
| Karazana sequencing | Ny haavon'ny mponina naroso | Strategy sequencing | Fitakiana nucleotide |
| Fizarana Genome manontolo | 200 santionany | 10x | Fifantohana: ≥ 1 ng/ µL Total amount≥ 30ng Voafetra na tsy misy fahasimbana na loto |
| Sombim-panamafisana toerana manokana (SLAF) | Halalin'ny marika: 10x Isan'ny marika: <400 Mb: WGS no soso-kevitra <1Gb: 100K tags 1Gb > 2Gb: marika 300K Maherin'ny 500k tags | Ny fifantohana ≥ 5 ng/µL Total vola ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280=1.6-2.5 Agarose gel: tsy misy na voafetra ny fahasimbana na ny loto
|
Fifantenana fitaovana
Karazana samihafa, subspecies, landraces/genebanks/fianakaviana mifangaro/harena voajanahary
Karazana samihafa, subspecies, landraces
Fianakaviana half-sib/fianakaviana feno/herinaratra
Fizotry ny asa fanompoana
Famolavolana andrana
Fanaterana santionany
fitrandrahana RNA
Fananganana tranomboky
Sequencing
Famakafakana angona
Serivisy aorian'ny varotra
Ahitana izao fanadihadiana manaraka izao:
- Famakafakana fiaraha-mientan'ny genome: LM, LMM, EMMAX, FASTLMM modely
- Famaritana momba ny fototarazo kandida
SNP-trait association analysis - Manhattan plot
SNP-trait association analysis - QQ plot
Diniho ny fandrosoana notarihin'ny serivisy de GWAS an'ny BMKGene amin'ny alàlan'ny fanangonana boky voarindra:
Lv, L. et al. (2023) 'Fanazavana ny fototry ny fototarazo amin'ny fandeferana amoniaka amin'ny razor clam Sinonovacula constricta amin'ny fandalinana ny fikambanan'ny genome',Aquaculture, 569, p. 739351. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351.
Li, X. et al. (2022) 'Ny famakafakana multi-omics momba ny fidiran'ny foxtail millet 398 dia manambara ny faritra génomika mifandraika amin'ny trano fonenana, ny toetran'ny metabolite ary ny fiantraikany manohitra ny inflammatoire',Plant molecular, 15(8), p. 1367–1383. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Li, J. et al. (2022) 'Sarintanin'ny Fikambanan'ny Genome-Wide momba ny phenotypes zara raha tsy misy hulle amin'ny tontolo hain-tany',Frontiers in Plant Science, 13, p. 924892. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.
Zhao, X. et al. (2021) 'GmST1, izay mamadika sulfotransferase, manome fanoherana ny viriosy mosaika soja G2 sy G3',Zavamaniry, sela & tontolo iainana, 44(8), p. 2777–2792. doi: 10.1111/PCE.14066.
