De Novo Fungal Genome Assembly
Ny BMKGENE dia manolotra vahaolana vahaolana ho an'ny Genomenaly Fungal, ary ny fikarakarana ny filàna fikarohana isan-karazany sy ny fahafenoana générale maniry. Mampiasa ny Sequencing Spumina fohy dia ahafahan'ny taranaky ny volavola genome. Ny famakiana fohy sy ny fanoratana lava fohy amin'ny fampiasana Nanopore na Pacbio dia mitambatra ho an'ny genome masiaka kokoa miaraka amin'ny vondron'olona lava kokoa. Ankoatr'izay, ny fampifangaroana ny Sequening hi-C dia manatsara ny fahaiza-manao, izay mamela ny haharitra ny fototarazo-jenomenona feno.
Serivisy serivisy
Miaraka amin'ny safidy telo azo atao mba hisafidianana ny miankina amin'ny ambaratonga fanirian'ilay général:
● Draft Bill Genome: Sequencing fohy fohy miaraka amin'i Illumina Novaseq Pe150.
● Safidy tsara indrindra momba ny fahantrana:
Fanadihadiana Genome: illumina novasteq pe150.
Fivoriambe Genome: Pacbio Revio (Hifi dia mamaky) na nanopore Promedion 48.
● Genome ambaratonga kromôzôma:
Fanadihadiana Genome: illumina novasteq pe150.
Fivoriambe Genome: Pacbio Revio (Hifi dia mamaky) na nanopore Promedion 48.
Cont in dia mivory miaraka amin'ny fivoriambe hi-c.
Tombontsoa amin'ny serivisy
●Ny paikady misy fizarana maro dia misy: Ho an'ireo tanjona fikarohana samihafa sy zavatra takian'ny fahafenoana général
●Fenoy ny bioinformatics workflow:Anisan'izany ny fivorian'ny Genome sy ny faminaniana momba ny singa genomika marobe, ny fanangonam-bolo, ary ny fidiran'i Contig.
●Expertise be dia be: Miaraka amin'ny fitambaran-java-monina microbial 12000 mahery, dia manana traikefa am-panaovana iray izahay, ekipa mpandinika mahay, dia manana ny votoaty feno, ary ny fanohanan'ny varotra am-bava.
●Fanohanana aorian'ny varotra:Ny fanoloran-tenantsika dia miitatra mihoatra ny fahavitan'ny tetikasa miaraka amin'ny vanim-potoana serivisy 3 volana aorian'ny famarotana. Mandritra izao fotoana izao, manolotra fanampiana momba ny fanarahana ny tetikasa izahay, fanampiana fanampiana, ary ny fivoriana Q & A Seeks mba hamahana ireo fanontaniana mifandraika amin'ny valiny.
Fanondroana ny serivisy
| fanompoana | Paikady Sequencing | Ny fifehezana kalitao |
| Draft Genome | Illumina Pe150 100x | Q30≥85%% |
| Tsara genome | Fanadihadiana Genome: Illumina Pe150 50 x Fivoriambe: Pacbio Hifi 30x na nanopore 100x | Contig N50 ≥1MB (pacbio unicellular) Contig N50 ≥2MB (ONT Unicellular) Contig n50 ≥500kb (hafa) |
| Chromosome-ambaratonga genome | Fanadihadiana Genome: Illumina Pe150 50 x Fivoriambe: Pacbio Hifi 30x na nanopore 100x Fiangonan'ny Hi-C 100x | Contig Anchoring Ratio> 90%
|
Fanampiana Fanompoana
| Fifantohana (ng / μl) | Total be (μg) | Volume (μl) | OD260 / 280 | Od260 / 230 | |
| Pacbio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
Folom-borona tsy azo itokisana: ≥3.5x1010 sela
Macro holatra: ≥10 g
Mikoriana ny asa fanompoana
Fanaterana sampana
Fanamboarana trano
Sequencing
Famakafakana data
Serivisy serivisy
Dia ahitana ny famakafakana manaraka:
Fanadihadiana Genome:
- Ny fanaraha-maso ny angon-drakitra momba ny kalitao
- Tomban-kevibavy Genome: habe, heterozygosity, singa miverimberina
Fivoriambe tsara tarehy:
- Ny fanaraha-maso ny angon-drakitra momba ny kalitao
- De novoFIVORIAMBE
- Famakafakana singa genome: Faminaniana ny amin'ny CD sy ny singa genomika marobe
- Fanangonam-pahefana miasa miaraka amin'ny angon-drakitra ankapobeny (GO, Kegg, sns) ary angon-drakitra Advanced (Card, VFDB, sns)
Famantaran'ny Hi-C:
- Fiekena hi-c.
- Contigs Congtering Cluster, fandidiana sy fironana
- Fanombanana ny fivoriam-baravarana Hi-C: Miorina amin'ny sarintany genome sy hafanana
Fanadihadiana Genome: fizarana K-Mer
Fivoriambe Genome: Annotation Gene homologous (NR DATABASE)
Fivoriambe Genome: Functional Annotation (Mandehana)
Diniho ny fandrosoana anamorana ny serivisy fivorian'ny fivorian'ny BMKGENE Genome amin'ny alàlan'ny fanangonana boky vita an-tsoratra.
Hao, J. et al. .BMC Genomika, 24 (1), p. 1-12. Doi: 10.1186 / s12864-023-09656-Z / isa / 3.
Lu, L. et al. (2023) 'Ny Sequencing Genome dia manambara ny evolisiona sy ny mekanika pathogen an'ny varahina marshogen rhizoctonia cerealis',Ny Gazety Crop, 11 (2), p. 405-416. Doi: 10.1016 / j.cj.2022.07.024.
Zhang, H. et al. (2023) 'Loharano Genome ho an'ny karazana Clarireedia efatra mahatonga ny dolara dolara amin'ny turfgrasses samihafa',Mamboly aretina, 107 (3), p. 929-934. Doi: 10.1094 / PDIS-08-22-1921-A
Zhang, SS et al. (2023) 'porofon'ny fototarazo sy molekiola momba ny rafitry ny fanamafisam-peo tetrapolar ao amin'ny holatra holatra azo hanina frovola frondosa',Journal of Fungi9 (10), p. 959. Doi: 10.3390 / JOF9100959 / S1.
