Exclusive Agency for Korea

Products

MRNA Sequencing-Nanopore feno

MRNA Sequencing-Nanopore Sary nasongadina

Raha ny fizotry ny mRNA mifototra amin'ny NGS dia fitaovana isan-karazany hamaritana ny fitenin'ny fototarazo, ny fiankinany amin'ny famakiana fohy dia mametra ny fahombiazany amin'ny famakafakana transcriptomic sarotra. Amin'ny lafiny iray, ny filaharan'ny nanopore dia mampiasa teknolojia efa ela novakiana, mamela ny filaharan'ny transcript mRNA feno. Ity fomba fiasa ity dia manamora ny fikarohana feno amin'ny fifandimbiasana hafa, ny fifangaroan'ny fototarazo, ny poly-adenylation, ary ny fanombanana ny isoforme mRNA.

Nanopore sequencing, fomba iray izay miankina amin'ny nanopore molekiola tokana famantarana elektrika amin'ny fotoana tena izy, dia manome vokatra amin'ny fotoana tena izy. Notarihin'ny proteinina maotera, ny ADN misy tady roa dia mifatotra amin'ny proteinina nanopore tafiditra ao anaty biofilm iray, miala sasatra rehefa mandalo amin'ny fantsona nanopore eo ambanin'ny elanelana malefaka. Ny famantarana elektrika miavaka ateraky ny fototra samihafa amin'ny tady ADN dia hita sy voasokajy amin'ny fotoana tena izy, manamora ny fizotry ny nucleotide marina sy mitohy. Ity fomba fiasa vaovao ity dia mandresy ny fetran'ny famakiana fohy ary manome sehatra mavitrika ho an'ny famakafakana génomika be pitsiny, ao anatin'izany ny fandalinana transcriptomic sarotra, miaraka amin'ny valiny avy hatrany.

Platform: Nanopore PromethION 48

Mifandraisa aminay

Details momba ny serivisy

Bioinformatics

Valin'ny Demo

Publications nasongadina

Toetoetra

● Fisamborana mRNA poly-A arahin'ny synthesis cDNA sy fanomanana tranomboky

● Filaharan'ny dika mitovy amin'ny halavany

● Famakafakana bioinformatika mifototra amin'ny fampifanarahana amin'ny génome reference

● Ny famakafakana bioinformatic dia tsy ahitana afa-tsy ny fanehoana amin'ny ambaratongan'ny fototarazo sy ny isoforme fa ny famakafakana ny lncRNA, ny fifangaroan'ny fototarazo, ny poly-adenylation ary ny firafitry ny fototarazo.

Tombontsoa amin'ny serivisy

●Famaritana ny fitenenana amin'ny ambaratonga isoform: mamela ny famakafakana fomba fiteny amin'ny antsipiriany sy marina, mampiseho ny fiovana mety ho saron-tava rehefa mamakafaka ny fanehoana ny fototarazo manontolo

●Mitaky angona ahena:Raha ampitahaina amin'ny Next-Generation Sequencing (NGS), ny nanopore sequencing dia mampiseho ny fepetra takian'ny angona ambany kokoa, mamela ny haavon'ny fatran'ny fatran'ny fototarazo mitovy amin'ny angona kely kokoa.

●Fahamarinana ambony kokoa amin'ny fatran'ny fitenenana: na eo amin'ny ambaratongan'ny fototarazo sy ny isoforme

●Famantarana fampahalalana fanampiny transcriptomic: polyadenylation alternative, génées fusion ary lcnRNA sy ny fototarazony

●Extensive Expertise: Ny ekipanay dia mitondra traikefa be dia be amin'ny tetikasa tsirairay, rehefa nahavita tetikasa transcriptome feno 850 Nanopore ary nahavita santionany 8,000 mahery.

●Fanohanana aorian'ny varotra: Ny fanoloran-tenantsika dia mihoatra ny fahavitan'ny tetikasa miaraka amin'ny fe-potoana 3 volana aorian'ny fivarotana. Mandritra izany fotoana izany dia manolotra fanaraha-maso ny tetikasa, fanampiana famahana olana ary fotoam-pivoriana Q&A izahay mba hamahana ireo fanontaniana mifandraika amin'ny valiny.

Santionany takiana sy ny fanaterana

-BOKIN'NY Vavolombelon'i Jehovah	Strategy sequencing	Data soso-kevitra	Fanaraha-maso kalitao
Poly A manankarena	Illumina PE150	6/12 Gb	Salan'isa kalitao: Q10

Santionany takiana:

Nucleotides:

Conc.(ng/μl)

Vola (μg)

fahadiovana

Tsy Nivadika

≥ 100

≥ 1.0

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

Voafetra na tsy misy fandotoana proteinina na ADN aseho amin'ny gel.

Ho an'ny zavamaniry: RIN≥7.0;

Ho an'ny biby: RIN≥7.5;

5.0≥28S/18S≥1.0;

voafetra na tsy misy elevation baseline

● Zavamaniry:

Root, Stem na Petal: 450 mg

Ravina na voa: 300 mg

Voankazo: 1,2 g

● Biby:

Fo na tsinay: 300 mg

Viscera na ati-doha: 240 mg

Hozatra: 450 mg

Taolana, volo na hoditra: 1g

● Arthropoda:

bibikely: 6g

Crustacea: 300 mg

● Ra manontolo: 1 tavy

● sela: 10⁶sela

Fanaterana santionany soso-kevitra

Container: 2 ml centrifuge tube (tsy soso-kevitra)

Famaritana santionany: Vondrona + adika ohatra A1, A2, A3; B1, B2, B3.

fandefasana:

1. Dry-ice: Ny santionany dia mila atao anaty kitapo ary alevina ao anaty ranomandry maina.

2. RNAstable tubes: RNA santionany dia azo maina ao amin'ny RNA stabilization tube (oh RNAstable®) ary alefa amin'ny mari-pana.

Fizotry ny asa fanompoana

Nucleotides:

Fanaterana santionany

Fananganana tranomboky

Sequencing

Famakafakana angona

Serivisy aorian'ny varotra

Fizotry ny asa fanompoana

Tisy:

Famolavolana andrana

Fanaterana santionany

fitrandrahana RNA

Fananganana tranomboky

Sequencing

Famakafakana angona

Serivisy aorian'ny varotra

teo aloha: Fizarana mRNA feno -PacBio

Manaraka: 10x Genomics Visium Spatial Transcriptome

● fanodinana angona manta

● Famantarana an-tsoratra

● Fampifangaroana hafa

● Famaritana ny fanehoana amin'ny haavon'ny fototarazo sy ny haavon'ny isoform

● Famakafakana fomba fiteny samihafa

● Famaritana momba ny asa sy fanatsarana (DEG sy DET)

Alternative splicing analysis Alternative Polyadenylation Analysis (APA)

LncRNA faminaniana

Famaritana ny fototarazo vaovao

Clustering ny DET

Tambajotra proteinina-proteinina ao amin'ny DEGs

Tadiavo ny fandrosoana notarihin'ny BMKGene's Nanopore's Nanopore full-length mRNA sequence services amin'ny alàlan'ny fanangonana boky voarindra.

Gong, B. et al. (2023) 'Epigenetic and transcriptional activation of the secretory kinase FAM20C ho oncogene in glioma', Journal of Genetics and Genomic, 50 (6), pp. 422-433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.

Izy, Z. et al. (2023). 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.

Ma, Y. et al. (2023) 'Famakafakana fampitahana momba ny fomba fizotry ny PacBio sy ONT RNA ho an'ny famantarana ny poizina Nemopilema Nomurai', Genomics, 115 (6), p. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.

Yu, D. et al. (2023) 'Ny famakafakana Nano-seq dia manambara ny fironana miasa samihafa eo amin'ny exosomes sy microvesicles avy amin'ny hUMSC', Stem Cell Research and Therapy, 14 (1), p. 1-13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6.