Eukaryotic mRNA Sequencing-NGS
Toetoetra
● Alao ny poly mRNA alohan'ny fanomanana tranomboky
● Fanomanana tranomboky mRNA misy toromarika mba ahafahana mahazo angon-drakitra momba ny filaharana manokana
● Famakafakana bioinformatika momba ny firafitry ny fototarazo sy ny firafitry ny fandikana
tombony
●Extensive Expertise: Ny ekipanay dia nanamboatra santionany 600.000 mahery tao amin'ny BMKgene, izay ahitana karazana santionany isan-karazany toy ny kolontsaina sela, tavy ary ranon-javatra. Mitondra traikefa be dia be amin'ny tetikasa tsirairay izahay ary nahavita tetikasa mRNA-Seq 100,000 mahery amin'ny sehatra fikarohana isan-karazany.
●Fanaraha-maso kalitao henjana: Mampihatra teboka fanaraha-maso fototra amin'ny dingana rehetra, manomboka amin'ny fanomanana santionany sy tranomboky ka hatramin'ny filaharana sy ny bioinformatics. Ity fanaraha-maso tsara ity dia miantoka ny fandefasana vokatra avo lenta tsy tapaka, manome toky anao fa eo am-pelatananao ny tetikasanao.
●Fanazavana feno: Mampiasa angon-drakitra maromaro izahay mba hanoratana ny Genes Differentially Expressed Genes (DEGs) sy hanaovana famakafakana fanatsarana mifanaraka amin'izany. Ity fomba fiasa feno ity dia manome fanazavana momba ny fizotran'ny sela sy ny molekiola ao ambanin'ny valin'ny transcriptome, miantoka ny fampahafantarana feno momba ny vokatry ny tetikasanao.
●Fanohanana aorian'ny varotra: Ny fanoloran-tenantsika dia mihoatra ny fahavitan'ny tetikasa miaraka amin'ny fe-potoana 3 volana aorian'ny fivarotana. Mandritra izany fotoana izany dia manolotra fanaraha-maso ny tetikasa, fanampiana famahana olana ary fotoam-pivoriana Q&A izahay mba hamahana ireo fanontaniana mifandraika amin'ny valiny.
Santionany takiana sy ny fanaterana
| -BOKIN'NY Vavolombelon'i Jehovah | Strategy sequencing | Data soso-kevitra | Fanaraha-maso kalitao |
| Poly A manankarena | Illumina PE150 DNSSEQ-T7 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Santionany takiana:
Nucleotides:
| Conc.(ng/μl) | Vola (μg) | fahadiovana | Tsy Nivadika | |
| Tranomboky mahazatra | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Voafetra na tsy misy fandotoana proteinina na ADN aseho amin'ny gel. | Ho an'ny zavamaniry: RIN≥4.0; Ho an'ny biby: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; voafetra na tsy misy elevation baseline |
| Directional Library | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Voafetra na tsy misy fandotoana proteinina na ADN aseho amin'ny gel. | Ho an'ny zavamaniry: RIN≥4.0; Ho an'ny biby: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; voafetra na tsy misy elevation baseline |
● Zavamaniry:
Root, Stem na Petal: 450 mg
Ravina na voa: 300 mg
Voankazo: 1,2 g
●Biby:
Fo na tsinay: 300 mg
Viscera na ati-doha: 240 mg
Hozatra: 450 mg
Taolana, volo na hoditra: 1g
● Arthropoda:
bibikely: 6g
Crustacea: 300 mg
● Ra manontolo: 1 tavy
● sela: 106 sela
Fanaterana santionany soso-kevitra
Container: 2 ml centrifuge tube (tsy soso-kevitra)
Famaritana santionany: Vondrona + adika ohatra A1, A2, A3; B1, B2, B3...
fandefasana:
1. Dry-ice: Ny santionany dia mila atao anaty kitapo ary alevina ao anaty ranomandry maina.
2. Tavoahangin-databatra RNA: Ny santionan'ny ARN dia azo maina ao anaty fantsona fanamafisana RNA (ohatra RNAstable®) ary alefa amin'ny mari-pana amin'ny efitrano.
Fizotry ny asa fanompoana
Famolavolana andrana
Fanaterana santionany
fitrandrahana RNA
Fananganana tranomboky
Sequencing
Famakafakana angona
Serivisy aorian'ny varotra
Bioinformatics
Eukaryotic MRNA sequencing analysis workflow
Bioinformatics
ØFanaraha-maso ny kalitaon'ny angona manta
ØReference genome alignment
ØFamakafakana firafitry ny transcript
ØFamaritana ny fomba fiteny
ØFamakafakana fomba fiteny samihafa
ØFamaritana ny asa sy fanatsarana
Reference Genome Alignment
Data Saturation
Fampifandraisana santionany sy fanombanana ny replika biolojika
Genes samy hafa (DEGs)
Fampandrenesana fampiasa amin'ny DEGs
Fampiroboroboana ny DEGs
Diniho ny fandrosoana notarihin'ny BMKGene's eukaryotic NGS mRNA sequence services amin'ny alàlan'ny fanangonana boky voarindra.
Huang, L. et al. (2023) 'Ny triclosan sy triclocarban dia manalefaka ny fahafahan'ny olfactory ny trondro volamena amin'ny alàlan'ny faneriterena ny fankatoavana ny fofona, ny fanelingelenana ny fampidinana famantarana olfactory, ary ny fanodinana fampahalalana momba ny olfactory', Water Research, 233, p. 119736. doi: 10.1016/J.WATRES.2023.119736.
Jia, LJ et al. (2023) 'Aspergillus fumigatus dia maka ny p11 olombelona mba hamindra ny phagosomes misy holatra mankany amin'ny lalana tsy manimba', Cell Host & Microbe, 31(3), p. 373-388.e10. doi: 10.1016/J.CHOM.2023.02.002.
Jin, K. et al. (2022) 'TCP Transcription Factors involved in the shoot development of Ma Bamboo (Dendrocalamus latiflorus Munro)', Frontiers in Plant Science, 13, p. 884443. doi: 10.3389/FPLS.2022.884443/BIBTEX.
Wen, X. et al. (2022) 'The Chrysanthemum lavandulifolium genome and the molecular mechanism underlying diverse capitulum type', Horticulture Research, 9. doi: 10.1093/HR/UHAB022.
Zhang, Yujie et al. (2023) 'Nanoreactor cascade ho fanatsarana ny fitsaboana sonodynamic amin'ny homamiadan'ny koloro amin'ny alàlan'ny fampitomboana ROS sy sakana autophagy', Nano Today, 49, p. 101798. doi: 10.1016/J.NANTOD.2023.101798.
