Fizarana mRNA feno -PacBio
Toetoetra
● cDNA synthesis avy amin'ny poly-A mRNA arahin'ny fanomanana tranomboky
● Manaova filaharana amin'ny fomba CCS, miteraka famakiana HiFi
● Filaharan'ny dika mitovy amin'ny halavany
● Tsy mila genome reference ny famakafakana; azo ampiasaina anefa izany
● Ny famakafakana bioinformatic dia ahafahan'ny famakafakana ny transcripts isoform lncRNA, fifangaroana fototarazo, poly-adenylation, ary firafitry ny fototarazo
Tombontsoa amin'ny serivisy
●High Accuracy: HiFi mamaky marina >99.9% (Q30), azo ampitahaina amin'ny NGS
● Famakafakana Fampitahana Alternative: Ny filaharan'ny transcript rehetra dia ahafahana mamantatra sy mamariparitra ny isoforme
●Extensive Expertise: miaraka amin'ny firaketana an-tsoratra nahavitana tetikasa transcriptome feno 1100 PacBio sy fanodinana santionany mihoatra ny 2300, mitondra traikefa be dia be amin'ny tetikasa tsirairay ny ekipanay.
●Fanohanana aorian'ny varotra: Ny fanoloran-tenantsika dia mihoatra ny fahavitan'ny tetikasa miaraka amin'ny fe-potoana 3 volana aorian'ny fivarotana. Mandritra izany fotoana izany dia manolotra fanaraha-maso ny tetikasa, fanampiana famahana olana ary fotoam-pivoriana Q&A izahay mba hamahana ireo fanontaniana mifandraika amin'ny valiny.
Santionany takiana sy ny fanaterana
| -BOKIN'NY Vavolombelon'i Jehovah | Strategy sequencing | Data soso-kevitra | Fanaraha-maso kalitao |
| PolyA nanankarena mRNA CCS tranomboky | PacBio Sequel II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
Santionany takiana:
Nucleotides:
● Zavamaniry:
Root, Stem na Petal: 450 mg
Ravina na voa: 300 mg
Voankazo: 1,2 g
● Biby:
Fo na tsinay: 300 mg
Viscera na ati-doha: 240 mg
Hozatra: 450 mg
Taolana, volo na hoditra: 1g
● Arthropoda:
bibikely: 6g
Crustacea: 300 mg
● Ra manontolo: 1 tavy
● sela: 106 sela
| Conc.(ng/μl) | Vola (μg) | fahadiovana | Tsy Nivadika |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Voafetra na tsy misy fandotoana proteinina na ADN aseho amin'ny gel. | Ho an'ny zavamaniry: RIN≥7.5; Ho an'ny biby: RIN≥8.0; 5.0≥ 28S/18S≥1.0; voafetra na tsy misy elevation baseline |
Fanaterana santionany soso-kevitra
Kaontenera: 2 ml centrifuge tube (tsy soso-kevitra)
Famaritana santionany: Vondrona + adika ohatra A1, A2, A3; B1, B2, B3.
fandefasana:
1. Dry-ice: Ny santionany dia mila atao anaty kitapo ary alevina ao anaty ranomandry maina.
2. RNAstable tubes: RNA santionany dia azo maina ao amin'ny RNA stabilization tube (oh RNAstable®) ary alefa amin'ny mari-pana.
Fizotry ny asa fanompoana
Famolavolana andrana
Fanaterana santionany
fitrandrahana RNA
Fananganana tranomboky
Sequencing
Famakafakana angona
Serivisy aorian'ny varotra
Ahitana izao fanadihadiana manaraka izao:
● Fanaraha-maso ny kalitaon'ny angona manta
● Alternative Polyadenylation Analysis (APA)
● Famakafakana transcript fusion
● Famakafakana Fampitahana Alternative
● Famakafakana Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO).
● Famakafakana transcript vaovao: faminaniana momba ny filaharan'ny kaody (CDS) sy ny fanamarihan'ny asa
● famakafakana lncRNA: faminaniana momba ny lncRNA sy tanjona
● Famantarana MicroSatelite (SSR)
BUSCO analysis
Alternative Splicing Analysis
Alternative Polyadenylation Analysis (APA)
Famaritana fampiasa amin'ny transcript vaovao
Tadiavo ny fandrosoana notarihin'ny BMKGene's Nanopore feno tolotra mRNA sequence amin'ity boky ity.
Ma, Y. et al. (2023) 'Famakafakana fampitahana momba ny fomba fizotry ny PacBio sy ONT RNA ho an'ny famantarana ny poizina Nemopilema Nomurai', Genomics, 115 (6), p. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Chao, Q. et al. (2019) 'Ny dinamika fivoaran'ny Populus stem transcriptome', Plant Biotechnology Journal, 17(1), pp. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) 'Fiovana mavitrika amin'ny votoatin'ny asidra ascorbic mandritra ny fivoaran'ny voankazo sy ny fahamasahan'ny Actinidia latifolia (voankazo manankarena amin'ny ascorbate) sy ny mekanika Molecular mifandraika', International Journal of Molecular Sciences, 23(10), p. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) 'Faminaniana mahomby momba ny fototarazon'ny lalan'ny biosynthetic tafiditra amin'ny polyphyllins bioactive ao Paris polyphylla', Communications Biology 2022 5: 1, 5 (1), pp. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'PacBio Iso-Seq sy Illumina RNA-Seq Fanadihadiana momba ny Transcriptome Tuta absoluta (Meyrick) sy Cytochrome P450', Bibikely, 14(4), p. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) 'Fanadihadiana momba ny fahasarotan'ny transcriptome amin'ny alàlan'ny famakafakana tena misy molekiola tokana PacBio miaraka amin'ny sequencing Illumina RNA ho an'ny fahatakarana tsara kokoa ny biosynthesis asidra ricinoleic ao amin'ny Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), pp. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
