Famakafakana miorim-paka
Tombontsoa amin'ny serivisy
Takagi et al., Ny Gazety fambolena, 2013
● Fandraisana an-toerana tsara: mifangaro ny boka misy 30 + 30 ka hatramin'ny 200 + olona mba hanamaivana ny feo eo ambadika; tsy mitovy ny faminaniana momba ny kandidà mifototra amin'ny kandida mifototra amin'ny faritra.
● Famakafakana feno: Ny kandidà lalina dia miroborobo ny fanangonam-bokatra, anisan'izany ny nr, swissprot, mandehana, kegg, cog, kog, sns.
● Fotoam-pandehanana haingana kokoa: haingana ny fanontana ravidenization ao anatin'ny 45 andro fiasana.
● Fanandramana lehibe: Ny BMK dia nandray anjara tamin'ny toetra fandraisam-bahiny an'arivony, nanarona karazana isan-karazany toy ny voly, ny vokatra aquatic, ny ala, ny voankazo, sns.
Fanondroana ny serivisy
Mponina:
Manasaraka ny maha-ray aman-dreny ny ray aman-dreny manana endrika manohitra.
Eg F2 Progeny, Backcrossing (BC), Recombinant Line (Ril)
Mifangaro dobo filomanosana
Ho an'ny toetra mendrika: 30 ka hatramin'ny 50 (farafahakeliny 20) / be dia be
Ho an'ny Tratis Quantit: Top 5% amin'ny olona 10% miaraka amin'ny penotypes tafahoatra amin'ny mponina manontolo (farafahakeliny 30 + 30).
Ny halalin'ny sivana
Farafahakeliny 20x / ray aman-dreny sy 1x / tarihiny (ohatra ho an'ny tsirairay (ohatra, ny fitrandrahana ny dobo 30 + 30, ny halalin'ny SEQUMENCing dia ho 30x isaky ny marobe)
Bioinformatics manadihady
● Genome rode resquencing
● Fanodinana data
● Antso SNP / indel
● Faritra kandidà screening
● Kandidà Gene Generation Annotation
Fangatahana santionany sy fanaterana
Fangatahana santionany:
Nucleotides:
| GDNA santionany | Tissue santionany |
| Fifantohana: ≥30 NG / μl | Zavamaniry: 1-2 G |
| Vola: ≥2 μg (volumn ≥15 μl) | Biby: 0.5-1 G |
| Fahadiovana: OD260 / 280 = 1.6-2.5 | Ra manontolo: 1,5 ml |
Mikoriana ny asa fanompoana
Famolavolana fanandramana
Fanaterana sampana
Fanesorana RNA
Fanamboarana trano
Sequencing
Famakafakana data
Serivisy serivisy
1.Association famakafakana ao amin'ny Euclidean Distance (ed) mba hamantarana ny faritra kandidà. Amin'ity tarehimarika manaraka ity
X-axis: isa chromosome; Ny dot tsirairay dia maneho ny sandan'ny ed amin'ny SNP. Ny tsipika mainty dia mifanandrify amin'ny sandany ed. Ny sanda ed avo kokoa dia manondro fikambanana lehibe kokoa eo amin'ny tranokala sy ny phenotype. Ny tsipika mena mena dia maneho ny tokonam-pianakaviana lehibe.
2. Famakafakana famakafakana miorina tsy misy SNP-index
X-axis: isa chromosome; Ny dot tsirairay dia maneho ny sandan'ny SNP-Index. Ny tsipika mainty dia mijoro amin'ny sandan'ny SNP-Index index. Ny lehibe kokoa dia ny lanjany dia ny tena manan-danja kokoa ny fikambanana.
Raharaha bmk
Ny lozam-pifamoivoizana lehibe indrindra dia ny locus fnl7.1 Encedog embryogenesis tara be dia be ny proteinina izay mifandray amin'ny halavan'ny voam-bary amin'ny kôkôlà
Navoaka: Haorina biotechnology journal, 2020
Paikady Sequencing:
Ny ray aman-dreny (Jin5-508, YN): Genome manontolo ny famonosana ny 34 × sy 20 ×.
Pools DNA (50 efa-taona 50 ary 50 tsy voakaly): Ny famonosana ny 61 × sy 52 ×
Vokatra lehibe
Amin'ity fandalinana ity, ny mponina misaraka (F2 sy F2: 3) dia novolavolaina tamin'ny alàlan'ny fiampitana ny tsipika kôkôjika lava vita amin'ny tenda Dobo filomanosana roa no naorin'ny olona roa tonta 50 ary olona 18 henony 50 mahery. Ny QTL lehibe dia fantatra tamin'ny CHR07 tamin'ny alàlan'ny famakafakana BSA sy ny sarintany QTL nentim-paharazana. Ny faritry ny kandidà dia tery lavitra kokoa noho ny fanandramana tsara, ny fanandramana mahazatra sy ny fanandramana transgenika, izay nanamarika ny fototarazo-key amin'ny fifehezana ny tendany, CSFNL7.1. Ankoatr'izay, ny polymorphism ao amin'ny faritra CSFNL7.1 dia hita fa mifandray amin'ny fanehoana mifanandrify. Ny famakafakana phylogenetic dia nanolo-kevitra fa ny Locus Locus dia mety ho avy any India.
 QTL-Mapping ao amin'ny famakafakana BSA hamantarana ny faritra kandidà mifandray amin'ny halavan'ny kôkômbra |  Lod profil of cucumber-henan-kôkôla |
Xu, X., et al. "Ny lozam-pifamoivoizana lehibe indrindra amin'ny Locus fnl7.1 dia mameno ny embryoniana tara tara be dia be ny proteinina mifandraika amin'ny halavan'ny voam-bary ao anaty kôkôlà." Fambolena biotechnology journal 18.7 (2020).
