BMKMANU S3000_Spatial Transcriptome
BMKMANU S3000 Spatial Transcriptome Technical Scheme
Toetoetra
- Fanapahan-kevitra: 3.5 µM
- Savaivony: 2.5 µM
- Isan'ny toerana: manodidina ny 4 tapitrisa
- 3 mety ho endrika faritra fisamborana: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm na 15 mm * 20 mm
- Ny vakana misy barcode tsirairay dia feno primer misy fizarana 4:
• poly(dT) rambony ho an'ny mRNA priming sy cDNA synthesis,
• Unique Molecular Identifier (UMI) hanitsiana ny fitongilanana fanamafisana
• Barcode spatial
• Filaharana mamatotra ny ampahany amin'ny famakiana fizarana 1
- Fandokoana H&E sy fluorescent amin'ny fizarana
- Fahafahana mampiasa teknolojia fizarana sela: ny fampidirana ny H&E staining, fluorescent staining, ary RNA sequencing mba hamaritana ny sisin-tanin'ny sela tsirairay ary manendry tsara ny fanehoana fototarazo amin'ny sela tsirairay. Fanodinana ny famakafakana profiling spatial midina amin'ny cellule.
- Azo atao ny manatratra ny famakafakana vahaolana amin'ny ambaratonga maro: Famakafakana ambaratonga maro samihafa manomboka amin'ny 100um ka hatramin'ny 3.5 um mba hamahana ireo endri-javatra isan-karazany amin'ny famahana tsara indrindra.
Ny tombony amin'ny BMKMANU S3000
-Ampitomboina avo roa heny ny toerana fisamborana ho 4 tapitrisa: miaraka amin'ny famahana 3.5 uM nohatsaraina, mitarika ho amin'ny fototarazo avo kokoa sy ny fahitana UMI isaky ny sela. Izany dia miteraka fanatsarana ny fivondronan'ny sela mifototra amin'ny mombamomba ny transcriptional, miaraka amin'ny antsipiriany tsara kokoa izay mifanaraka amin'ny firafitry ny tavy.
- Famahana ny sub-cellular:Ny faritra fisamborana tsirairay dia misy> 2 tapitrisa Spatial Barcoded Spots miaraka amin'ny savaivony 2.5 µm ary ny elanelana 5 µm eo anelanelan'ny ivon-toerana, mamela ny famakafakana transcriptome spatial miaraka amin'ny fanapahan-kevitra sub-cellular (5 µm).
-Fanadihadiana fanapahan-kevitra maromaro:Famakafakana sehatra maro samihafa manomboka amin'ny 100 μm ka hatramin'ny 5 μm hamahana ireo endri-javatra isan-karazany amin'ny famahana tsara indrindra.
-Fahafahana mampiasa teknolojia fizarana sela "Telo amin'ny slide iray":Ny fampifangaroana ny fandokoana fluorescence, ny fandokoana H&E, ary ny filaharan'ny RNA amin'ny slide tokana, ny algorithm famakafakana "telo-in-iray" dia manome hery ny famantarana ny sisin'ny sela ho an'ny transcriptomic mifototra amin'ny sela manaraka.
-Mifanaraka amin'ny sehatra sequencing maro: misy ny NGS na ny filaharana efa ela novakiana.
-Famolavolana malefaka amin'ny faritra fisamborana mavitrika 1-8: ny haben'ny faritra fisamborana dia miovaova, azo atao ny mampiasa endrika 3 (6.8 mm * 6.8 mm., 11 mm * 11 mm ary 15 mm * 20 mm)
-Serivisy tokana: mampiditra ny traikefa rehetra sy ny dingana mifototra amin'ny fahaiza-manao, ao anatin'izany ny cryo-sectioning, ny fandokoana, ny fanatsarana ny tissue, ny barcode spatial, ny fanomanana tranomboky, ny sequencing, ary ny bioinformatics.
-Bioinformatika feno sy fijerena ny vokatra azo ampiasaina:Ny fonosana dia misy famakafakana 29 sy tarehimarika avo lenta 100+, miaraka amin'ny fampiasana rindrambaiko novolavolaina ao an-trano mba hijerena sy hamolavolana ny fizarana sela sy ny clustering.
-Famakafakana angon-drakitra namboarina sy fijerena sary: azo ampiasaina amin'ny fangatahana fikarohana samihafa
-Ekipa teknika tena mahay: manana traikefa amin'ny karazana tavy mihoatra ny 250 sy karazana 100+ anisan'izany ny olombelona, ny totozy, ny biby mampinono, ny trondro ary ny zavamaniry.
-Fanavaozana tena misy amin'ny tetikasa manontolo: miaraka amin'ny fifehezana tanteraka ny fivoaran'ny andrana.
-Famakafakana iombonana azo atao miaraka amin'ny filaharana mRNA sela tokana
Service Specifications
| Fepetra takiana | -BOKIN'NY Vavolombelon'i Jehovah | Strategy Sequencing | Data soso-kevitra | Fanaraha-maso kalitao |
| Santionany cryo misy OCT (Diameter tsara indrindra: eo ho eo. 6×6×6 mm³) 2 blocs isaky ny santionany 1 ho an'ny fanandramana, 1 ho an'ny backup | S3000 CDNA Library | Illumina PE150 | 160K PE mamaky isaky ny 100υM (250 Gb) | RIN> 7 |
Raha mila antsipiriany bebe kokoa momba ny torolàlana fanomanana santionany sy ny fizotran'ny serivisy, azafady miangavy anao hiresaka amin'ny aBMKGENE manam-pahaizana
Fizotry ny asa fanompoana
Ao amin'ny dingana fanomanana santionany, ny fitsapana fitrandrahana RNA betsaka voalohany dia atao mba hahazoana antoka fa azo alaina ny RNA avo lenta. Ao amin'ny dingan'ny fanatsarana ny tavy dia voaloto sy aseho ny fizarana ary amboarina ny fepetra permeabilisation amin'ny famoahana mRNA avy amin'ny tavy. Ny protocol optimized dia ampiharina mandritra ny fananganana tranomboky, arahin'ny sequencing sy ny fanadihadiana angona.
Ny fizotran'ny serivisy feno dia misy fanavaozana amin'ny fotoana tena izy sy fanamafisana ny mpanjifa mba hitazonana ny valin-kafatra mamaly, hiantohana ny fanatanterahana ny tetikasa.
Ny angon-drakitra novokarin'ny BMKMANU S3000 dia nodinihina amin'ny alàlan'ny rindrambaiko "BSTMatrix", izay novolavolain'ny BMKGENE tsy miankina, mamokatra ambaratonga sela sy famahana multilevel Gene Expression Matrix. Avy eo dia misy tatitra manara-penitra avoaka izay ahitana ny fanaraha-maso ny kalitaon'ny angona, ny famakafakana santionany anatiny ary ny famakafakana eo amin'ny vondrona.
- Fanaraha-maso ny kalitaon'ny data:
- Ny famoahana angon-drakitra sy ny fizarana isa kalitao
- Famantarana ny fototarazo isaky ny toerana
- Fandrakofana ny tavy
- Famakafakana santionany anatiny:
- Harena fototarazo
- Fampivondronana toerana, ao anatin'izany ny famakafakana ny refy
- Famakafakana fanehoana tsy mitovy eo amin'ny cluster: famantarana ny fototarazo marika
- Fanambarana miasa sy fanatsarana ny fototarazo marika
- Famakafakana eo anivon'ny vondrona
- Fampifangaroana indray ny tasy avy amin'ny santionany roa (oh: marary sy voafehy) ary mivondrona indray
- Famantarana ny fototarazon'ny marika isaky ny cluster
- Fanambarana miasa sy fanatsarana ny fototarazo marika
- Fanehoan-kevitra tsy mitovy amin'ny cluster mitovy amin'ny vondrona
Fanampin'izany, ny BMKGene novolavolain'ny "BSTViewer" dia fitaovana mora ampiasaina ahafahan'ny mpampiasa mijery ny fanehoana ny fototarazo sy ny fivondronana amin'ny fanapahan-kevitra samihafa.
Ny BMKGene dia manolotra serivisy fametahana spatial amin'ny famahana ny sela tokana (mifototra amin'ny kobay cellule na multilevel square bin manomboka amin'ny 100um ka hatramin'ny 3.5um).
Ny angon-drakitra momba ny spatial avy amin'ny fizarana tissue amin'ny slide S3000 dia vita tsara toy ny etsy ambany.
Fandinihana tranga 1: atidoha totozy
Ny famakafakana ny fizarana ati-doha amin'ny totozy miaraka amin'ny S3000 dia nahatonga ny famantarana ny ~ 94 000 sela, miaraka amin'ny filaharan'ny mediana ~ 2000 fototarazo isaky ny sela. Ny famahana ny 3.5 uM nohatsaraina dia nahatonga ny fivondronan'ny sela amin'ny antsipiriany mifototra amin'ny lamina transcriptional, miaraka amin'ireo vondron'ny sela manahaka ny rafitra samihafa ao amin'ny atidoha. Mora jerena izany amin'ny alàlan'ny fijerena ny fizarana sela mivondrona ho oligodendrocytes sy sela microglia, izay saika hita ao amin'ny zavatra fotsy sy fotsy.
Fandinihana tranga 2: Embryon ny totozy
Ny famakafakana ny fizarana embryon totozy miaraka amin'ny S3000 dia nahatonga ny famantarana ny ~ 2200 000 sela, miaraka amin'ny filaharana mediana ~ 1600 fototarazo isaky ny sela. Ny famahana ny famahana ny 3.5 uM dia nahatonga ny fivondronan'ny sela tena amin'ny antsipiriany mifototra amin'ny lamina transcriptional, miaraka amin'ny clusters 12 ao amin'ny faritry ny maso ary cluster 28 ao amin'ny faritry ny atidoha.
Famakafakana santionany anatiny Clustering sela:
Famantarana ny fototarazo sy ny fitsinjarana ny toerana:
- fanapahan-kevitra ambany-seluler avo kokoa: Raha oharina amin'ny S1000 slide, isaky ny faritra fisamborana an'ny S3000 dia misy >4 tapitrisa Spatial Barcoded Spots miaraka amin'ny savaivony 2.5 µm ary halavirana 3.5 µm eo anelanelan'ny ivon-toerana, mamela ny famakafakana transcriptome spatial miaraka amin'ny fanapahan-kevitra ambony kokoa. (biby efamira: 3,5 µm).
- Ny fahombiazan'ny fisamborana avo kokoa: raha oharina amin'ny S1000 slide, ny Median_UMI dia mitombo avy amin'ny 30% ka hatramin'ny 70%, ny Median_Gene dia mitombo hatramin'ny 30% ka hatramin'ny 60%
Tetikasa S1000 chip:
Tetikasa S3000 chip:
