BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome
BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome Technical Scheme
Toetoetra
● Fanapahan-kevitra: 5 µM
● Savaivony: 2,5 µM
● Isan'ny toerana: 2 tapitrisa eo ho eo
● 3 mety ho endrika faritra fisamborana: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm na 15 mm * 20 mm
● Ny vakana misy barcode tsirairay dia feno primer misy fizarana 4:
poly(dT) rambony ho an'ny mRNA priming sy cDNA synthesis
Unique Molecular Identifier (UMI) hanitsiana ny fitongilanana fanamafisana
Barcode spatial
Fitohizan'ny fifamatorana amin'ny vakisiny ampahany 1
● H&E sy fandokoana fluorescent amin'ny fizarana
● Azo ampiasainateknolojia fizarana sela: fampidirana ny fandokoana H&E, ny fandokoana fluorescent, ary ny filaharan'ny RNA mba hamaritana ny fetran'ny sela tsirairay ary hanendry tsara ny fanehoana fototarazo amin'ny sela tsirairay.
Ny tombony amin'ny BMKMANU S1000
●Fanapahan-kevitra sub-cellular: Ny faritra fisamborana tsirairay dia misy > 2 tapitrisa Spatial Barcoded Spots miaraka amin'ny savaivony 2.5 µm ary ny elanelana 5 µm eo anelanelan'ny ivon-toerana, ahafahan'ny fanadihadiana transcriptome spatial miaraka amin'ny fanapahan-kevitra sub-cellular (5 µm).
●Famakafakana vahaolana amin'ny ambaratonga maro:Famakafakana sehatra maro samihafa manomboka amin'ny 100 μm ka hatramin'ny 5 μm hamahana ireo endri-javatra isan-karazany amin'ny famahana tsara indrindra.
●Azo ampiasaina ny Teknolojian'ny fizarana sela “Telo amin'ny slide iray”:Ny fampifangaroana ny fandokoana fluorescence, ny fandokoana H&E, ary ny filaharan'ny RNA amin'ny slide tokana, ny algorithm famakafakana "telo-in-iray" dia manome hery ny famantarana ny sisin'ny sela ho an'ny transcriptomic mifototra amin'ny sela manaraka.
●Mifanaraka amin'ny sehatra filaharana marobe: Samy misy ny NGS na ny filaharana efa ela novakiana.
●Famolavolana mora azo amin'ny faritra 1-8 mavitrika: Ny haben'ny faritra fisamborana dia miovaova, azo atao ny mampiasa endrika 3 (6,8 mm * 6,8 mm., 11 mm * 11 mm ary 15 mm * 20 mm)
●Serivisy tokana: Izy io dia mampiditra ny traikefa rehetra sy ny dingana mifototra amin'ny fahaiza-manao, ao anatin'izany ny cryo-sectioning, ny fandokoana, ny fanatsarana ny tissue, ny barcode spatial, ny fanomanana tranomboky, ny sequencing, ary ny bioinformatics.
●Bioinformatics feno sy fijerena ny vokatra azo ampiasaina:Ny fonosana dia misy famakafakana 29 sy tarehimarika avo lenta 100+, miaraka amin'ny fampiasana rindrambaiko novolavolaina ao an-trano mba hijerena sy hamolavolana ny fizarana sela sy ny clustering.
●Famakafakana angon-drakitra namboarina sy fijerena sary: azo ampiasaina amin'ny fangatahana fikarohana samihafa
●Ekipa teknika tena mahay: manana traikefa amin'ny karazana tavy mihoatra ny 250 sy karazana 100+ anisan'izany ny olombelona, ny totozy, ny biby mampinono, ny trondro ary ny zavamaniry.
●Fanavaozana tena misy amin'ny tetikasa manontolo: miaraka amin'ny fifehezana tanteraka ny fivoaran'ny andrana.
●Famakafakana iombonana azo atao miaraka amin'ny sequencing mRNA sela tokana
Service Specifications
|
Santionany NY LALÀN'I
| -BOKIN'NY Vavolombelon'i Jehovah |
Strategy sequencing
| Data soso-kevitra | Fanaraha-maso kalitao |
| Santionany cryo misy OCT, blocs 3 isaky ny santionany | Famakiam-boky S1000 cDNA | Illumina PE150 (sehatra hafa misy) | 100K PE mamaky isaky ny 100 uM (60-150 Gb) | RIN>7 |
Raha mila antsipiriany bebe kokoa momba ny torolàlana fanomanana santionany sy ny fizotran'ny serivisy, azafady miangavy anao hiresaka amin'ny aBMKGENE manam-pahaizana
Fizotry ny asa fanompoana
Ao amin'ny dingana fanomanana santionany, ny fitsapana fitrandrahana RNA betsaka voalohany dia atao mba hahazoana antoka fa azo alaina ny RNA avo lenta. Ao amin'ny dingan'ny fanatsarana ny tavy dia voaloto sy aseho ny fizarana ary amboarina ny fepetra permeabilisation amin'ny famoahana mRNA avy amin'ny tavy. Ny protocol optimized dia ampiharina mandritra ny fananganana tranomboky, arahin'ny sequencing sy ny fanadihadiana angona.
Ny fizotran'ny serivisy feno dia misy fanavaozana amin'ny fotoana tena izy sy fanamafisana ny mpanjifa mba hitazonana ny valin-kafatra mamaly, hiantohana ny fanatanterahana ny tetikasa.
Ny angon-drakitra novokarin'ny BMKMANU S1000 dia nodinihina amin'ny alàlan'ny rindrambaiko "BSTMatrix", izay noforonin'ny BMKGENE tsy miankina, miteraka Gene Expression Matrix. Avy eo dia misy tatitra manara-penitra avoaka izay ahitana ny fanaraha-maso ny kalitaon'ny angona, ny famakafakana santionany anatiny ary ny famakafakana eo amin'ny vondrona.
● Fanaraha-maso ny kalitaon'ny angona:
Ny famoahana angon-drakitra sy ny fizarana ny isa kalitao
Famantarana ny fototarazo isaky ny toerana
Fandrakofana tavy
● Famakafakana santionany anatiny:
Ny harena voajanahary
Fampivondronana toerana, anisan'izany ny famakafakana refy mihena
Famakafakana fanehoan-kevitra samihafa eo amin'ny kluster: famantarana ny fototarazo marika
Fanamafisana sy fanatsarana ny fototarazo marika
● Famakafakana eo anivon'ny vondrona:
Fampifangaroana indray ny tasy avy amin'ny santionany roa (oh: marary sy voafehy) ary mivondrona indray
Famantarana ny fototarazo marika ho an'ny cluster tsirairay
Fanamafisana sy fanatsarana ny fototarazo marika
Fanehoan-kevitra tsy mitovy amin'ny cluster mitovy amin'ny vondrona
Fanampin'izany, ny BMKGENE dia namolavola ny "BSTViewer" dia fitaovana mora ampiasaina ahafahan'ny mpampiasa mijery ny fanehoana ny fototarazo sy ny fivondronan'ny toerana amin'ny fanapahan-kevitra samihafa.
Ny BMKGene dia namolavola rindrambaiko ho an'ny mpampiasa sary an-tsaina
BSTViewer toerana clustering amin'ny multi-ambaratonga vahaolana
BSTellViewer: fizarana sela mandeha ho azy sy manual
Famakafakana santionany anatiny
Fivondronana toerana:
Famantarana ny fototarazo sy ny fitsinjarana ny toerana:
Famakafakana eo anivon'ny vondrona
Ny fitambaran'ny angona avy amin'ny vondrona roa sy ny re-cluster:
Genes marika amin'ny cluster vaovao:
Tadiavo ny fandrosoana notarihin'ny tolotra transcriptomic spatial an'ny BMKGene miaraka amin'ny teknolojia BMKManu S1000 amin'ity boky ity:
Song, X. et al. (2023) 'Ny transcriptomics spatial dia manambara ny sela chlorenchyma azo avy amin'ny hazavana mandray anjara amin'ny fampiroboroboana ny fanavaozana ny tifitra amin'ny callus voatabia',Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 120(38), p. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
Ianao, Y. et al. (2023) 'Fampitahana systèmetika amin'ny fomba transcriptomic spatial mifototra amin'ny sequencing',bioRxiv, p. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
