Exclusive Agency for Korea

Products

16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio

Ny fototarazo 16S sy 18S rRNA, miaraka amin'ny faritra Internal Transcribed Spacer (ITS), dia toy ny marika fanondro molekiolan'ny molekiolan'ny rantsantanana noho ny fitambaran'ireo faritra tena voatahiry sy hyper-variable, ka mahatonga azy ireo ho fitaovana sarobidy hamaritana ny zavamananaina prokaryotic sy eukaryotic. Ny fanamafisam-peo sy ny filaharana amin'ireo faritra ireo dia manolotra fomba fiasa tsy misy fitokanana amin'ny fanadihadiana ny firafitry ny mikraoba sy ny fahasamihafan'ny tontolo iainana isan-karazany. Raha mazàna mikendry faritra hypervariable fohy toa ny V3-V4 an'ny 16S sy ITS1 ny filaharana Illumina, dia hita fa azo tanterahina amin'ny alàlan'ny fametahana ny halavan'ny 16S, 18S ary ITS ny fanondroana taxonomika ambony. Ity fomba fiasa feno ity dia miteraka isan-jato ambony kokoa amin'ny filaharana voasokajy araka ny marina, mahatratra ny haavon'ny famahana izay miitatra amin'ny famantarana ny karazana. PacBio's Single-Molecule Real-Time (SMRT) sequence platform dia misongadina amin'ny fanomezana famakiana lava be (HiFi) tena marina izay mandrakotra ny amplicons lava lava, mifanandrify amin'ny fahamarinan'ny sequence Illumina. Io fahaiza-manao io dia ahafahan'ny mpikaroka mahazo tombony tsy manan-tsahala - fijery panoramic amin'ny tontolon'ny fototarazo. Ny fandrakofana miitatra dia mampiakatra be ny famahana ny fanamarihan'ny karazana, indrindra ao anatin'ny vondrom-piarahamonina bakteria na holatra, ahafahana mahazo fahalalana lalindalina kokoa ny saro-piaro amin'ny mponina mikraoba.

Mifandraisa aminay

Details momba ny serivisy

Bioinformatics

Valin'ny Demo

Publications nasongadina

Service Features

● Sequence sequence: PacBio Revio

● Fomba filaharana: CCS (HiFi mamaky)

● Fanamafisana ny faritra kendrena arahin'ny fampifandraisana tandem amin'ny amplicons alohan'ny fanomanana lakolosy HiFi SMRT

Tombontsoa amin'ny serivisy

●Fanapahan-kevitra ambony kokoa: Than short-amplicon sequencing,mamela ny tahan'ny fanasokajiana OTU ambony kokoa amin'ny ambaratonga karazana.

●Tena marina ny fiantsoana fototra: PacBio CCS fomba filaharana (HiFi mamaky).

●Tsy mitokana: Famantarana haingana ny firafitry ny mikraoba amin'ny santionany amin'ny tontolo iainana.

●Azo ampiharina betsaka: Fandalinana fiaraha-monina mikraoba isan-karazany.

●Famakafakana bioinformatika feno: Ny fonosana QIIME2 farany (fahitana fatra amin'ny ekolojia mikraoba) miaraka amin'ny famakafakana isan-karazany amin'ny resaka angon-drakitra, fanamarihana, OTU/ASV.

●Extensive Expertise: Miaraka amin'ny tetikasa filaharana amplicon an'arivony atao isan-taona, ny BMKGENE dia mitondra traikefa mihoatra ny folo taona, ekipa mpanadihady tena mahay, votoaty feno ary fanohanana tsara aorian'ny varotra.

Service Specifications

-BOKIN'NY Vavolombelon'i Jehovah	Strategy Sequencing	Data soso-kevitra
Amplicon	PacBio Revio	10/30/50 K tag (CCS)

Fepetra takiana

Fifantohana (ng/µL)	Vola manontolo (µg)	Vola (µL)
≥5	≥0.3	≥20

Fanaterana santionany soso-kevitra

Afangaro ny santionany amin'ny azota ranoka mandritra ny 3-4 ora ary tehirizo ao anaty azota ranona na -80 degre ho famandrihana maharitra. Ilaina ny fandefasana santionany miaraka amin'ny gilasy maina.

Fizotry ny asa fanompoana

Fanaterana santionany

Fananganana tranomboky

Sequencing

Famakafakana angona

Serivisy aorian'ny varotra

teo aloha: 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS

Manaraka: Fanadihadiana ho an'ny Chromatin Transposase-Accessible miaraka amin'ny Sequencing High Throughput (ATAC-seq)

Ahitana izao fanadihadiana manaraka izao:

●Ny fanaraha-maso ny kalitaon'ny angona manta

●OTU clustering/De-noise(ASV)

●OTU fanamarihana

●Famakafakana ny fahasamihafan'ny alfa: tondro maromaro, anisan'izany i Shannon, Simpson ary ACE.

●Famakafakana ny fahasamihafana beta

●Famakafakana eo anivon'ny vondrona

●Famakafakana fifandraisana: eo amin'ny anton-javatra ara-tontolo iainana sy ny firafitry ny OUT ary ny fahasamihafana

●16S faminanian'ny fototarazo

Histogram amin'ny fizarana taksonomika

Hazo filogenetika fizarana vondrom-piarahamonina

Fandinihana ny fahasamihafana Alpha: ACE

Fanondroana

Fandinihana ny fahasamihafana Beta: PCoA

Fanadihadiana intergroup: ANOVA

Tadiavo ny fandrosoana notarihin'ny tolotra famandrihana amplicon an'ny BMKGene miaraka amin'ny PacBio amin'ny alàlan'ny fanangonana boky voarindra.

Gao, X. and Wang, H. (2023) 'Fanadihadiana fampitahana ny mombamomba ny bakteria sy ny asan'ny rumen mandritra ny fampifanarahana amin'ny Phenology samihafa (Regreen vs. Grassy) amin'ny ondry Alpine Merino miaraka amin'ny dingana roa mitombo eo amin'ny kijana Alpine', Fermentation, 9 ( 1), p. 16. doi: 10.3390/FERMENTATION9010016/S1.

Li, S. et al. (2023) 'Misambotra ny zava-maizina mikraoba amin'ny tany efitra amin'ny fampiasana metagenomika mifototra amin'ny kolontsaina sy famakafakana avo lenta', npj Biofilms and Microbiomes 2023 9:1, 9(1), p. 1–14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.

Mu, L. et al. (2022) 'Ny fiantraikan'ny sira asidra matavy amin'ny toetran'ny fermentation, ny fahasamihafan'ny bakteria ary ny fahamarinan'ny aerôbika amin'ny silage mifangaro voaomana amin'ny alfalfa, mololo ary varimbazaha', Journal of the Science of Food and Agriculture, 102 (4), pp. 1475- 1487. doi: 10.1002/JSFA.11482.

Yang, J. et al. (2023) 'Ny Fifandraisana eo amin'ny Oxidative Stress Biomarkers sy ny Gut Microbiota amin'ny Antioxidant Effects of Extracts avy amin'ny Sonchus brachyotus DC. ao amin'ny Oxazolone-Induced Intestinal Oxidative Stress in Adult Zebrafish', Antioxidants 2023, Vol. 12, pejy 192, 12(1), p. 192. doi: 10.3390/ANTIOX12010192.