Visa genoma bisulfīta sekvencēšana (WGBS)
Visa genoma bisulfīta sekvencēšana (WGBS) ir zelta standarta metodika padziļinātai DNS metilēšanas izpētei, īpaši piektajā pozīcijā citozīnā (5-mC), kas ir galvenais gēnu ekspresijas un šūnu aktivitātes regulators. WGBS pamatā esošais princips ietver apstrādi ar bisulfītu, izraisot nemetilētu citozīnu pārvēršanu par uracilu (C uz U), vienlaikus atstājot metilētus citozīnus nemainīgus. Šī metode piedāvā vienas bāzes izšķirtspēju, ļaujot pētniekiem vispusīgi izpētīt metilomu un atklāt neparastus metilēšanas modeļus, kas saistīti ar dažādiem apstākļiem, īpaši vēzi. Izmantojot WGBS, zinātnieki var gūt nepārspējamu ieskatu genoma mēroga metilēšanas ainavās, sniedzot niansētu izpratni par epiģenētiskajiem mehānismiem, kas ir dažādu bioloģisko procesu un slimību pamatā.
Pakalpojuma funkcijas
● Nepieciešams atsauces genoms.
● Lai uzraudzītu bisulfīta konversijas efektivitāti, tiek pievienota lambda DNS.
● Sekvencēšana uz Illumina NovaSeq.
Pakalpojuma priekšrocības
●Zelta standarts DNS metilēšanas pētījumiem: Šai nobriedušai metilēšanas konversijas apstrādes tehnoloģijai ir augsta precizitāte un laba reproducējamība.
●Plašs pārklājums un vienas bāzes izšķirtspēja:metilēšanas vietu noteikšana genoma līmenī.
●Pilnīga platforma:nodrošināt vienas pieturas izcilu servisu no paraugu apstrādes, bibliotēkas izveides, sekvencēšanas līdz bioinformātikas analīzei.
●Plaša ekspertīze: ar WGBS sekvencēšanas projektiem, kas veiksmīgi pabeigti dažādās sugās, BMKGENE piedāvā vairāk nekā desmit gadu pieredzi, augsti kvalificētu analīzes komandu, visaptverošu saturu un lielisku pēcpārdošanas atbalstu.
●Iespēja pievienoties transkriptomikas analīzei: ļauj integrēt WGBS analīzi ar citiem omikas datiem, piemēram, RNA-seq.
Parauga specifikācijas
| Bibliotēka | Sekvences stratēģija | Ieteicamā datu izvade | Kvalitātes kontrole |
| Apstrādāts ar bisulfītu | Illumina PE150 | 30x dziļums | Q30 ≥ 85% Bisulfīta konversija > 99% |
Prasību paraugs
| Koncentrācija (ng/µL) | Kopējais daudzums (µg) | Papildu prasības | |
| Genomiskā DNS | ≥ 5 | ≥ 400 ng | Ierobežota noārdīšanās vai piesārņojums |
Pakalpojuma darba plūsma
Paraugu piegāde
DNS ekstrakcija
Bibliotēkas celtniecība
Secība
Datu analīze
Datu piegāde
Ietver šādu analīzi:
● Neapstrādātas sekvences kvalitātes kontrole;
● Kartēšana uz atsauces genomu;
● 5mC metilētu bāzu noteikšana;
● Metilēšanas sadalījuma un anotācijas analīze;
● Diferenciāli metilētu reģionu (DMR) analīze;
● Ar DMR saistīto gēnu funkcionālā anotācija.
5mC metilēšanas noteikšana: metilēto vietu veidi
Metilēšanas karte. 5mC metilēšanas genoma mēroga sadalījums
Ļoti metilētu reģionu anotācija
Diferencēti metilēti reģioni: saistītie gēni
Diferencēti metilēti reģioni: saistīto gēnu anotācija (gēnu ontoloģija)
Izpētiet pētniecības sasniegumus, ko veicina BMKGene visa genoma bisulfīta sekvencēšanas pakalpojumi, izmantojot apkopotu publikāciju kolekciju.
Fan, Y. et al. (2020) "DNS metilēšanas profilu analīze aitu skeleta muskuļu attīstības laikā, izmantojot visa genoma bisulfīta sekvencēšanu",BMC Genomika, 21(1), 1.–15.lpp. doi: 10.1186/S12864-020-6751-5.
Zhao, X. et al. (2022) “Jauni dezoksiribonukleīnskābes metilēšanas traucējumi darbiniekiem, kas pakļauti vinilhlorīda iedarbībai”,Toksikoloģija un rūpnieciskā veselība, 38(7), 377.–388. lpp. doi: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. et al. (2020) "Saistība starp genoma metilēšanu, nekodējošu RNS, mRNS un metabolītu līmeni nogatavošanās tomātu augļos"Augu žurnāls, 103(3), 980.–994. lpp. doi: 10.1111/TPJ.14778.
