Specifiska-LOCUS pastiprināta fragmentu sekvencēšana (slaf-seq)
Darbplūsma
Tehniskā shēma
Apkalpošanas funkcijas
● Sekvencēšana Novaseq ar PE150.
● Bibliotēkas sagatavošana ar dubultu svītrkodēšanu, ļaujot apvienot vairāk nekā 1000 paraugu.
● Šo paņēmienu var izmantot ar vai bez atsauces genoma ar dažādiem bioinformātiskiem cauruļvadiem katram gadījumam:
Ar atsauces genomu: SNP un Indel Discovery
Bez atsauces genoma: paraugu klasterizācijas un SNP atklāšana
●SilicoIepriekš aprakstītais posms tiek pārbaudīts vairāku restrikcijas enzīmu kombinācijas, lai atrastu tās, kas ģenerē vienotu slafu tagu sadalījumu gar genomu.
● Pirmsekvenciena laikā 3 paraugos tiek pārbaudītas trīs fermentu kombinācijas, lai izveidotu 9 slafu bibliotēkas, un šī informācija tiek izmantota, lai izvēlētos optimālu restrikcijas enzīmu kombināciju projektam.
Pakalpojumu priekšrocības
●Augsts ģenētisko marķieru atklājums: Augstas caurlaides dubultā svītrkodu sistēmas integrēšana ļauj vienlaicīgi secināt lielas populācijas, un lokusam specifiska pastiprināšana palielina efektivitāti, nodrošinot, ka tagu skaits atbilst dažādu pētījumu jautājumu dažādajām prasībām.
● Zema atkarība no genoma: To var pielietot sugām ar atsauces genomu vai bez tā.
●Elastīgs shēmas dizains: Vienas enzīmu, divu enzīmu, vairāku enzīmu gremošanu un dažāda veida fermentus var izvēlēties, lai rūpētos par dažādiem pētniecības mērķiem vai sugām. LīdzSilicoIepriekšējs tiek veikts, lai nodrošinātu optimālu enzīmu dizainu.
● Augsta efektivitāte fermentatīvajā gremošanā:SilicoPirmsprojektēšana un iepriekšējs ekspertīzes nodrošināja optimālu dizainu, vienmērīgi sadalot SLAF tagus hromosomā (1 SLAF tag/4KB) un samazināja atkārtotu secību (<5%).
●Plaša kompetence: Mūsu komanda katram projektam sniedz daudz pieredzes, ar sasniegumiem vairāk nekā 5000 slaf-seq projektiem uz simtiem sugu, ieskaitot augus, zīdītājus, putnus, kukaiņus un ūdens organismus.
● Pašattīstīta bioinformatiskā darbplūsma: BMKGENE izstrādāja integrētu bioinformātisku darbplūsmu SLAF-seq, lai nodrošinātu galīgā izlaides uzticamību un precizitāti.
Pakalpojumu specifikācijas
| Analīzes veids | Ieteicamā populācijas skala | Sekvencēšanas stratēģija | |
| Tagu sekvencēšanas dziļums | Tagu numurs | ||
| Ģenētiskās kartes | 2 vecāki un> 150 pēcnācēji | Vecāki: 20X WGS Izslēgšana: 10x | Genoma lielums: <400 MB: ieteicams WGS <1GB: 100k tagi 1-2GB :: 200k tagi > 2GB: 300K tagi Max 500K tagi |
| Genoma mēroga asociācijas pētījumi (GWAS) | ≥200 paraugi | 10x | |
| Ģenētiskā evolūcija | ≥30 paraugi ar> 10 paraugiem no katras apakšgrupas | 10x | |
Pakalpojuma prasības
Koncentrācija ≥ 5 ng/µl
Kopējais daudzums ≥ 80 ng
NanoDrop OD260/280 = 1,6-2,5
Agarozes želeja: nav vai ierobežota degradācija vai piesārņojums
Ieteicamā parauga piegāde
Konteiners: 2 ml centrifūgas caurule
(Lielākajai daļai paraugu mēs iesakām nesaglabāt etanolā)
Parauga marķēšana: Paraugi ir skaidri jāmarķē un jāņem vērā iesniegtajā informācijas informācijas veidlapā.
Sūtījums: Sausais ledus: Paraugi vispirms jāaizpilda maisos un jāapglabā sausā ledus.
Dienesta darbplūsma
Paraugs QC
Izmēģinājuma eksperiments
Slafs-eksperiments
Bibliotēkas sagatavošana
Sekvencēšana
Datu analīze
Pēcpārdošanas pakalpojumi
Ietver šādu analīzi:
- Datu sekvencēšana QC
- Slafa tagu izstrāde
Kartēšana uz atsauces genomu
Bez atsauces genoma: klasterizācija
- SLAF tagu analīze: statistika, sadalījums pa genomu
- Marķiera atklājums: SNP, Indel, SNV, CV zvana un anotācija
SLAF tagu sadalījums hromosomās:
SNP sadalījums hromosomās:
SNP anotācija
| Gads | Žurnāls | IF | Tituls | Pieteikumi |
| 2022 | Dabas komunikācija | 17.694 | Koku peonijas giga-hromosomu genomiskais pamats un koku peonijas giga-genoms Paeonia ostii | Slafs-gwas |
| 2015 | Jauns fitologs | 7.433 | Mājīguma pēdas nospiedumi no enkura genoma reģioniem, kuriem ir agronomiski svarīgi sojas pupas | Slafs-gwas |
| 2022 | Papildu pētījumu žurnāls | 12.822 | Gossipium Barbadense mākslīgās mākslīgās introgresijas Genoma Barbadense uz G. hirsutum Atklājiet labākus lokusus vienlaicīgai kokvilnas šķiedru kvalitātes un ražas uzlabošanai iezīmes | Slaf-evolucionary ģenētika |
| 2019 | Molekulārais augs | 10.81 | Iedzīvotāju genoma analīze un de novo asambleja atklāj nezāļu izcelsmi Rīsi kā evolūcijas spēle | Slaf-evolucionary ģenētika |
| 2019 | Dabas ģenētika | 31.616 | Genoma secība un parasto karpu ģenētiskā daudzveidība, Cyprinus carpio | SLAF-Linkage karte |
| 2014 | Dabas ģenētika | 25.455 | Izkopta zemesriekstu genoms sniedz ieskatu pākšaugu kariotipos, poliploīdā Evolūcija un kultūraugi piedzimšana. | SLAF-Linkage karte |
| 2022 | Augu biotehnoloģijas žurnāls | 9.803 | ST1 identifikācija atklāj atlasi, kas saistīta ar sēklu morfoloģijas autostopu veikšanu un naftas saturs sojas pupu piedzimšanas laikā | SLAF-Marker attīstība |
| 2022 | Starptautiskais molekulāro zinātņu žurnāls | 6.208 | Identifikācija un DNS marķieru attīstība kviešu-limusa mollis 2ns (2d) Disomiska hromosomu aizstāšana | SLAF-Marker attīstība |
| Gads | Žurnāls | IF | Tituls | Pieteikumi |
| 2023. gads | Robežas augu zinātnē | 6.735 | QTL kartēšana un cukura satura analizēšana cukura satura laikā Pyrus pirifolijas augļu nogatavošanās laikā | Ģenētiskā karte |
| 2022 | Augu biotehnoloģijas žurnāls | 8.154 | ST1 identificēšana atklāj atlasi, kas saistīta ar sēklu morfoloģijas un eļļas satura aizturi sojas pupu mājvietā
| SNP zvana |
| 2022 | Robežas augu zinātnē | 6.623 | Genoma mēroga asociācijas korpusa kartēšana tik tikko fenotipi sausuma vidē.
| Gwas |
