Kodolu izolēšana tiek panākta ar 10 × Genomics Chromium ™, kas sastāv no astoņu kanālu mikrofluidikas sistēmas ar dubultiem krustojumiem. Šajā sistēmā nanolitra izmēra eļļas pilienā tiek iekapsulētas želejas lodītes ar svītrkodiem un grunti, fermenti un viens kodols, kas rada želejas lodītes emulsijā (GEM). Kad dārgakmens veidojas, katrā dārgakmenī tiek veikta šūnu līze un svītrkodu izdalīšanās. MRNS tiek reversi transkribēts cDNS molekulās ar 10 × svītrkodiem un UMI, uz kuriem attiecas standarta sekvencēšanas bibliotēkas konstrukcija.
● Vienas nukle suspensijas sagatavošana no saldētiem audiem
● Želejas lodītes veidošanās (GEM), kam seko cDNS sintēze
● Katra dārgakmens lodīte ir piekrauta ar grunti, kas sastāv no 4 sekcijām:
poli (dt) aste mRNS gruntēšanai un cDNS sintēzei,
Unikāls molekulārais identifikators (UMI), lai labotu pastiprināšanas neobjektivitāti
10x svītrkods
Daļējas lasīšanas 1 sekvencēšanas gruntēšanas iesiešanas secība
Viena nucēšanas RNS sekvencēšana apiet vienas šūnas RNS sekvencēšanas ierobežojumus, ļaujot:
● Saldētu paraugu izmantošana un ne tikai ar svaigiem paraugiem
● Zems sasalušo šūnu stress, salīdzinot ar svaigu šūnu fermentatīvo apstrādi, atspoguļots transkriptoma datos mazāk stresa izraisītu gēnu veidā
● Nav nepieciešama iepriekšēja sarkano asins šūnu noņemšana
● Neierobežots šūnu diametrs
● Liels paraugu klāsts, kas ir tiesīgi veikt analīzi, ieskaitot sarežģītus un trauslus audu veidus, kuriem ir pakļauti šūnu salipšana vai iznīcināšana audu disociācijas laikā
Šūna / audi | Iemesls |
Nesasalas saldēti audi | Nespēj iegūt svaigas vai ilgi skartas organizācijas |
Muskuļu šūna, megakariocīti, tauki… | Šūnas diametrs ir pārāk liels, lai ievadītu instrumentu |
Aknas ... | Pārāk trausls, lai sadalītos, nespējot atšķirt atsevišķas šūnas |
Neironu šūna, smadzenes… | Jutīgāks, viegli stresa līdzeklis, mainīs secības rezultātus |
Aizkuņģa dziedzeris, vairogdziedzeris… | Bagāts ar endogēniem fermentiem, ietekmējot vienas šūnas suspensijas veidošanos |
Vientuļnieks | Vienšūns |
Neierobežots šūnu diametrs | Šūnu diametrs: 10–40 μm |
Materiālu var sasaldēt audus | Materiālam jābūt svaigiem audiem |
Saldētu šūnu zems stress | Fermentu ārstēšana var izraisīt šūnu stresa reakciju |
Nav jānoņem sarkanās asins šūnas | Sarkanās asins šūnas ir jānoņem |
Kodols izsaka bioinformāciju | Visa šūna izsaka bioinformāciju |
Parauga prasības | Bibliotēka | Sekvencēšanas stratēģija | Ieteicamie dati | Kvalitātes kontrole |
Dzīvnieku audi ≥ 200 mg Augu audi ≥ 400 mg | 10x Genomics SN CDNS bibliotēka | Illumina PE150 | 100k PE nolasiet vienu šūnu (100-200 GB) | 700-1200 kodolu/μL un kodolu integritāte, kas novēroti mikroskopā |
Lai iegūtu sīkāku informāciju par sagatavošanas sagatavošanas vadību un pakalpojumu darbplūsmu, lūdzu, nekautrējieties runāt ar aBMKGENE eksperts
Ietver šādu analīzi:
● Kvalitātes kontrole: šūnu skaits, gēnu noteikšana, precīza šūnu identificēšana, RNS molekulas un ekspresijas kvantitatīvā noteikšana
● Iekšējā parauga analīze:
Šūnu klasterizācijas un klasteru anotācija
Diferenciālās ekspresijas analīze: DEG identificēšana kopās
Klasteru DEG funkcionālā anotācija un bagātināšana
● Starp grupu analīze:
Datu kombinācija
Diferenciālās ekspresijas analīze: DEG identificēšana grupās
Grupas DEG funkcionālā anotācija un bagātināšana
● Papildu analīze:
Šūnu cikla analīze
Pseidotime analīze
Šūnu sakaru analīze (CellPhonedb)
Gēnu komplekta bagātināšanas analīze (GSEA)
Iekšējā parauga analīze
Šūnu klasterizācija:
Diferenciālās ekspresijas analīze: kopas DEGS
Starp grupu analīze
Diferenciālās ekspresijas analīze: grupas DEGS
Uzlabota analīze:
Pseidotime analīze:
Šūnu cikla analīze:
Izpētiet sasniegumus, ko veicina BMKGENE viena nukleus RNS sekvencēšanas pakalpojumi, ko veic 10x hroms šajās piedāvātajās publikācijās:
Wang, L. et al. (2021) “Vienšūnu transkriptiskā analīze atklāj plaušu imūno ainavu steroīdu izturīgā astmas saasināšanās laikā”, ”,Amerikas Savienoto Valstu Nacionālās zinātņu akadēmijas raksti, 118 (2), lpp. E2005590118. doi: 10.1073/pnas.2005590118
Zheng, H. et al. (2022) “Globālais regulējošais tīkls disregulētas gēnu ekspresijas un patoloģiskas metabolisma signālu pārnešanai imūno šūnās Graves slimības un Hashimoto tiroidīta mikrovidē”,Robežas imunoloģijā, 13, lpp. 879824. Doi: 10.3389/fimmu.2022.879824/bibtex.
Tian, H. et al. (2023) “Vienšūnu transkripts atklāj leikocītu neviendabīgumu un imūno reakciju pēc vakcinācijas ar inaktivētu Edwardsiella Tarda plekstē (Paralichthys olivaceus)”,Akvakultūra, 566, lpp. 739238. Doi: 10.1016/j.aquaculture.2023.739238.
Yu, Y. et al. (2023) “Fotodinamiskā terapija uzlabo imūno kontrolpunkta inhibitoru iznākumu, pārveidojot pretvēža imunitāti pacientiem ar kuņģa vēzi”,Kuņģa vēzis, 26 (5), 798. - 813. Lpp. doi: 10.1007/s10120-023-01409-x/metrika.