Exclusive Agency for Korea

条形 Banner-03

Produkti

Vienas kodolu RNS sekvencēšana

Vienšūnu uztveršanas un pielāgotu bibliotēku būvniecības metožu izstrāde kopā ar augstas caurlaides secību ir mainījusi gēnu ekspresijas pētījumus šūnu līmenī. Šis izrāviens ļauj dziļāk un visaptverošāk analizēt sarežģītas šūnu populācijas, pārvarot ierobežojumus, kas saistīti ar vidējo gēnu ekspresiju visās šūnās un saglabājot patieso neviendabīgumu šajās populācijās. Kaut arī vienas šūnas RNS sekvencēšanai (scRNS-seq) ir nenoliedzamas priekšrocības, tā sastopas ar izaicinājumiem noteiktos audos, kur vienas šūnas balstiekārtas izveidošana izrādās sarežģīta un prasa svaigus paraugus. Bmkgene mēs risinām šo šķērsli, piedāvājot viena nukleus RNS sekvencēšanu (snRNA-seq), izmantojot vismodernāko 10x genomikas hroma tehnoloģiju. Šī pieeja paplašina paraugu spektru, ko var izmantot transkripta analīzei vienšūnu līmenī.

Kodolu izolēšana tiek veikta, izmantojot novatorisko 10X Genomics Chromium Chip, ar astoņu kanālu mikrofluidikas sistēmu ar dubultiem krustojumiem. Šajā sistēmā gēla lodītes, kas satur svītrkodus, gruntējumus, fermentus un vienu kodolu, ir iekapsulēti nanolitera lieluma eļļas pilienos, veidojot želejas lodītes emulsijā (GEM). Pēc dārgakmeņu veidošanās šūnu lizēšana un svītrkoda izdalīšanās notiek katrā dārgakmenī. Pēc tam mRNS molekulas tiek reversas transkripcijas cDNS, iekļaujot 10x svītrkodus un unikālus molekulāros identifikatorus (UMIS). Pēc tam šīs CDNS tiek pakļautas standarta sekvencēšanas bibliotēkas konstrukcijai, atvieglojot stabilu un visaptverošu gēnu ekspresijas profilu izpēti vienas šūnas līmenī.

Platforma: 10 × genomikas hroma un Illumina Novaseq platforma


Sīkāka informācija par pakalpojumu

Bioinformātika

Demonstrācijas rezultāti

Piedāvātās publikācijas

Tehniskā shēma

Kodolu izolēšana tiek panākta ar 10 × Genomics Chromium ™, kas sastāv no astoņu kanālu mikrofluidikas sistēmas ar dubultiem krustojumiem. Šajā sistēmā nanolitra izmēra eļļas pilienā tiek iekapsulētas želejas lodītes ar svītrkodiem un grunti, fermenti un viens kodols, kas rada želejas lodītes emulsijā (GEM). Kad dārgakmens veidojas, katrā dārgakmenī tiek veikta šūnu līze un svītrkodu izdalīšanās. MRNS tiek reversi transkribēts cDNS molekulās ar 10 × svītrkodiem un UMI, uz kuriem attiecas standarta sekvencēšanas bibliotēkas konstrukcija.

企业微信截图 _1737445364188

Funkcijas

● Vienas nukle suspensijas sagatavošana no saldētiem audiem

● Želejas lodītes veidošanās (GEM), kam seko cDNS sintēze

● Katra dārgakmens lodīte ir piekrauta ar grunti, kas sastāv no 4 sekcijām:

poli (dt) aste mRNS gruntēšanai un cDNS sintēzei,

Unikāls molekulārais identifikators (UMI), lai labotu pastiprināšanas neobjektivitāti

10x svītrkods

Daļējas lasīšanas 1 sekvencēšanas gruntēšanas iesiešanas secība

Priekšrocības

Viena nucēšanas RNS sekvencēšana apiet vienas šūnas RNS sekvencēšanas ierobežojumus, ļaujot:

● Saldētu paraugu izmantošana un ne tikai ar svaigiem paraugiem

● Zems sasalušo šūnu stress, salīdzinot ar svaigu šūnu fermentatīvo apstrādi, atspoguļots transkriptoma datos mazāk stresa izraisītu gēnu veidā

● Nav nepieciešama iepriekšēja sarkano asins šūnu noņemšana

● Neierobežots šūnu diametrs

● Liels paraugu klāsts, kas ir tiesīgi veikt analīzi, ieskaitot sarežģītus un trauslus audu veidus, kuriem ir pakļauti šūnu salipšana vai iznīcināšana audu disociācijas laikā

Paraugus, kurus nevar analizēt ar vienšūnu RNS sekvencēšanu un ir tiesīgi saņemt atsevišķu kodolu RNS sekvencēšanu:

Šūna / audi

Iemesls

Nesasalas saldēti audi

Nespēj iegūt svaigas vai ilgi skartas organizācijas

Muskuļu šūna, megakariocīti, tauki…

Šūnas diametrs ir pārāk liels, lai ievadītu instrumentu

Aknas ...

Pārāk trausls, lai sadalītos, nespējot atšķirt atsevišķas šūnas

Neironu šūna, smadzenes…

Jutīgāks, viegli stresa līdzeklis, mainīs secības rezultātus

Aizkuņģa dziedzeris, vairogdziedzeris…

Bagāts ar endogēniem fermentiem, ietekmējot vienas šūnas suspensijas veidošanos

Viena nukle vs viena šūna

Vientuļnieks

Vienšūns

Neierobežots šūnu diametrs

Šūnu diametrs: 10–40 μm

Materiālu var sasaldēt audus

Materiālam jābūt svaigiem audiem

Saldētu šūnu zems stress

Fermentu ārstēšana var izraisīt šūnu stresa reakciju

Nav jānoņem sarkanās asins šūnas

Sarkanās asins šūnas ir jānoņem

Kodols izsaka bioinformāciju

Visa šūna izsaka bioinformāciju

Specifikācija

Parauga prasības

Bibliotēka

Sekvencēšanas stratēģija

Ieteicamie dati

Kvalitātes kontrole

Dzīvnieku audi ≥ 200 mg

Augu audi ≥ 400 mg

10x Genomics SN CDNS bibliotēka

Illumina PE150

100k PE nolasiet vienu šūnu

(100-200 GB)

700-1200 kodolu/μL un kodolu integritāte, kas novēroti mikroskopā

Lai iegūtu sīkāku informāciju par sagatavošanas sagatavošanas vadību un pakalpojumu darbplūsmu, lūdzu, nekautrējieties runāt ar a

Servisa darba plūsma

图片 117

  • Iepriekšējais:
  • Nākamais:

  • wps_doc_9

     

    Ietver šādu analīzi:

     

    ● Kvalitātes kontrole: šūnu skaits, gēnu noteikšana, precīza šūnu identificēšana, RNS molekulas un ekspresijas kvantitatīvā noteikšana

    ● Iekšējā parauga analīze:

    Šūnu klasterizācijas un klasteru anotācija

    Diferenciālās ekspresijas analīze: DEG identificēšana kopās

    Klasteru DEG funkcionālā anotācija un bagātināšana

    ● Starp grupu analīze:

    Datu kombinācija

    Diferenciālās ekspresijas analīze: DEG identificēšana grupās

    Grupas DEG funkcionālā anotācija un bagātināšana

    ● Papildu analīze:

    Šūnu cikla analīze

    Pseidotime analīze

    Šūnu sakaru analīze (CellPhonedb)

    Gēnu komplekta bagātināšanas analīze (GSEA)

    Iekšējā parauga analīze

    Šūnu klasterizācija:

    wps_doc_10

     

    Diferenciālās ekspresijas analīze: kopas DEGS

    图片 9

     

    Starp grupu analīze

    Diferenciālās ekspresijas analīze: grupas DEGS

    图片 10 

    Uzlabota analīze:

    Pseidotime analīze:

    图片 11

     

     

    Šūnu cikla analīze:

    图片 12

     

    Izpētiet sasniegumus, ko veicina BMKGENE viena nukleus RNS sekvencēšanas pakalpojumi, ko veic 10x hroms šajās piedāvātajās publikācijās:

     

    Wang, L. et al. (2021) “Vienšūnu transkriptiskā analīze atklāj plaušu imūno ainavu steroīdu izturīgā astmas saasināšanās laikā”, ”,Amerikas Savienoto Valstu Nacionālās zinātņu akadēmijas raksti, 118 (2), lpp. E2005590118. doi: 10.1073/pnas.2005590118

    Zheng, H. et al. (2022) “Globālais regulējošais tīkls disregulētas gēnu ekspresijas un patoloģiskas metabolisma signālu pārnešanai imūno šūnās Graves slimības un Hashimoto tiroidīta mikrovidē”,Robežas imunoloģijā, 13, lpp. 879824. Doi: 10.3389/fimmu.2022.879824/bibtex.

    Tian, ​​H. et al. (2023) “Vienšūnu transkripts atklāj leikocītu neviendabīgumu un imūno reakciju pēc vakcinācijas ar inaktivētu Edwardsiella Tarda plekstē (Paralichthys olivaceus)”,Akvakultūra, 566, lpp. 739238. Doi: 10.1016/j.aquaculture.2023.739238.

    Yu, Y. et al. (2023) “Fotodinamiskā terapija uzlabo imūno kontrolpunkta inhibitoru iznākumu, pārveidojot pretvēža imunitāti pacientiem ar kuņģa vēzi”,Kuņģa vēzis, 26 (5), 798. - 813. Lpp. doi: 10.1007/s10120-023-01409-x/metrika.

     

    Iegūstiet cenu

    Uzrakstiet savu ziņojumu šeit un nosūtiet to mums

    Nosūtiet mums savu ziņojumu: