Samazinātas reprezentācijas bisulfīta sekvencēšana (RRBS)
Samazinātas reprezentācijas bisulfīta sekvencēšana (RRBS) ir kļuvusi par rentablu un efektīvu alternatīvu visa genoma bisulfīta sekvencēšanai (WGBS) DNS metilēšanas pētījumos. Lai gan WGBS sniedz visaptverošu ieskatu, pārbaudot visu genomu ar vienas bāzes izšķirtspēju, tā augstās izmaksas var būt ierobežojošs faktors. RRBS stratēģiski mazina šo izaicinājumu, selektīvi analizējot reprezentatīvu genoma daļu. Šī metodoloģija balstās uz CpG salām bagāto reģionu bagātināšanu ar MspI šķelšanos, kam seko 200–500/600 bps fragmentu lieluma atlase. Līdz ar to tiek sekvencēti tikai reģioni, kas atrodas tuvāk CpG salām, savukārt tie, kuriem ir attālas CpG salas, tiek izslēgti no analīzes. Šis process apvienojumā ar bisulfīta sekvencēšanu ļauj noteikt DNS metilēšanu ar augstu izšķirtspēju, un secības noteikšanas pieeja PE150 koncentrējas īpaši uz ieliktņu galiem, nevis uz vidu, palielinot metilēšanas profilēšanas efektivitāti. RRBS ir nenovērtējams rīks, kas nodrošina rentablu DNS metilēšanas izpēti un uzlabo zināšanas par epiģenētiskajiem mehānismiem.
Pakalpojuma funkcijas
● Nepieciešams atsauces genoms.
● Lambda DNS izmanto, lai uzraudzītu bisulfīta konversijas efektivitāti.
● Tiek uzraudzīta arī MspI gremošanas efektivitāte.
● Augu paraugu dubultā fermentācija.
● Sekvencēšana uz Illumina NovaSeq.
Pakalpojuma priekšrocības
●Rentabla un efektīva alternatīva WGBS: ļauj veikt analīzi par zemākām izmaksām un ar mazākām paraugu prasībām.
●Pilnīga platforma:nodrošināt vienas pieturas izcilus pakalpojumus no paraugu apstrādes, bibliotēkas izveides un secības noteikšanas līdz bioinformātikas analīzei.
●Plaša ekspertīze: ar RRBS sekvencēšanas projektiem, kas veiksmīgi pabeigti dažādās sugās, BMKGENE piedāvā vairāk nekā desmit gadu pieredzi, augsti kvalificētu analīzes komandu, visaptverošu saturu un lielisku pēcpārdošanas atbalstu.
Pakalpojuma specifikācijas
| Bibliotēka | Sekvences stratēģija | Ieteicamā datu izvade | Kvalitātes kontrole |
| MspI sagremota un ar bisulfītu apstrādāta bibliotēka | Illumina PE150 | 8 Gb | Q30 ≥ 85% Bisulfīta konversija > 99% MspI griešanas efektivitāte > 95% |
Prasību paraugs
| Koncentrācija (ng/µL) | Kopējais daudzums (µg) |
| |
| Genomiskā DNS | ≥ 30 | ≥ 1 | Ierobežota noārdīšanās vai piesārņojums |
Pakalpojuma darba plūsma
Paraugu piegāde
Bibliotēkas celtniecība
Secība
Datu analīze
Pēcpārdošanas pakalpojumi
Ietver šādu analīzi:
● Neapstrādātas sekvences kvalitātes kontrole;
● Kartēšana uz atsauces genomu;
● 5mC metilētu bāzu noteikšana un motīvu identifikācija;
● Metilēšanas sadalījuma analīze un paraugu salīdzināšana;
● Diferenciāli metilētu reģionu (DMR) analīze;
● Ar DMR saistīto gēnu funkcionālā anotācija.
Kvalitātes kontrole: gremošanas efektivitāte (genoma kartēšanā)
Kvalitātes kontrole: bisulfīta konversija (metilēšanas informācijas ekstrakcijā)
Metilēšanas karte: 5mC metilēšanas genoma mēroga sadalījums
Parauga salīdzinājums: galveno komponentu analīze
Diferenciāli metilētu reģionu (DMR) analīze: siltuma karte
Izpētiet pētniecības sasniegumus, ko veicina BMKGene visa genoma bisulfīta sekvencēšanas pakalpojumi, izmantojot apkopotu publikāciju kolekciju.
Li, Z. et al. (2022) “Augstas precizitātes pārprogrammēšana Leidigam līdzīgās šūnās, aktivizējot CRISPR un parakrīnos faktorus”,PNAS Nexus, 1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
Tian, H. et al. (2023) "Ķermeņa sastāva genoma mēroga DNS metilēšanas analīze Ķīnas monozigotiskajos dvīņos",European Journal of Clinical Investigation, 53(11), 1. lpp. e14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Wu, Y. et al. (2022) "DNS metilēšana un vidukļa un gūžas attiecība: epigenoma mēroga asociācijas pētījums Ķīnas monozigotiskajos dvīņos",Endokrinoloģisko pētījumu žurnāls, 45(12), 2365.–2376. lpp. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
